همان‌طور که در شماره‌های پیشین اشاره شد، اختلافات در نوع مدیریت کشور در دهه 1360 ابعاد گوناگونی یافت، به گونه‌ای که اختلافات حتی به درون دولت و بین اعضای کابینه نیز کشیده شد و باز‌تاب‌های رسانه‌ای یافت. عمده اختلافات در نحوه مواجهه با مسائل اقتصادی بود که حتی موجب ایجاد اخلال در روند اداره کشور شد.
از حوزه‌های اختلافی، بحث معادن کشور و میزان مالکیت افراد بر معادنی بود که در زمین‌های آنها کشف می‌شد. یک نگاه سنتی باور داشت معادن از مصادیق خمس به شمار می‌آیند و در صورتی که در زمین افراد، معدنی وجود داشته باشد، مالک زمین پس از پرداخت خمس، مالک آن معدن تلقی می‌شود. این حکم اگر با توجه به مصادیق معدن، نظیر نفت و زغال سنگ و فلزات گران‌قیمت مانند طلا و نقره در نظر گرفته شود، مشکل‌آفرین خواهد شد.
در مالکیت منابع نفتی کشف شده در زمین افراد هم اختلاف‌نظرهایی وجود داشت، اما حضرت امام(ره) با طرح یک فتوا درباره حدود مالکیت افراد بر معادن زیرزمینی، مانع از ظهور مناقشه‌ای جدی در این زمینه شدند. ایشان در این باره فتوا دادند که افراد از نظر مالکیت بر زمین و منابع زیرزمینی و نیز فضای بالای سر هر ملک، محدودیت دارند و این‌گونه نیست که مالک همه فضای بالای سر ملک خود و همه معادن زیرزمینی در عمق بسیار زیاد باشند؛ بلکه این امر، تابع عرف است و قاعدتاً نمی‌توان افراد صاحب ملک را مالک آن منابع مهم زیرزمینی دانست.
مسئله اختلافی دیگر، چگونگی تدوین قانون کار بود. در دولت شهید رجایی، آیت‌الله مهدوی‌کنی در سال 1360، وزیر وقت کار، لایحه قانون کار را تهیه کرده و در دولت به تصویب رسانده بود، اما با تغییر دولت، وزیر کار بعدی (احمد توکلی) اقدام به تهیه قانون جدیدی کرد. این قانون از نظر جهت‌گیری و نحوه نگارش، منطبق بر نظرات فقهای شورای نگهبان بود؛ زیرا آنان به وزیر کار توصیه کرده بودند این قانون را بر اساس باب اجاره که یکی از عقود اسلامی است، تهیه کند. مطابق احکام شرعی، هر عقدی هنگامی صحیح است که دو طرف عقد به مفاد و محتوای آن راضی باشند؛ یعنی اصل «تراضی طرفین عقد» رعایت شده باشد. بر این اساس، در قانون کار که تنظیم‌کننده رابطه میان کارگر و کارفرماست، مسائلی باید گنجانده شود که بر کارگر یا کارفرما، شرط یا شروطی را تحمیل نکند؛ زیرا در صورت ملزم کردن یکی از دو طرف به رعایت برخی از شروط، دیگر یک عقد شرعی تحقق نخواهد یافت.
در قانون کار تهیه شده، این برداشت مبنای تهیه قانون شده بود و لذا در آن شروط ذکر شده به صورت یک الزام قانونی برای کارفرما مطرح نشده بودند؛ بلکه امور مطلوبی تلقی شده بودند که فقط در صورت توافق کارگر و کارفرما به صورت داوطلبانه اجرا می‌شدند. مخالفان، این‌گونه قانون‌گذاری را رها کردن میلیون‌ها کارگر در مقابل کارفرمایانی می‌دانستند که فقط به منافع خود می‌اندیشند. از سویی، کارگران که نیازمند کسب درآمدند، به هر شرایطی تن می‌دهند؛ چرا که مجبور به کارند و لذا دولت اسلامی نباید آنان را در مقابل کارفرمایان رها کند؛ بلکه باید شروط ذکر شده را به منزله شروط الزامی برای کارفرمایان در نظر بگیرد.
این اختلافات آنچنان بالا گرفت که واکنش جامعه را برانگیخت و در درون هیئت دولت هم شکاف‌هایی را پدید آورد و سرانجام به استعفای وزیر کار و وزیر وقت بازرگانی (عسگر‌اولادی) منجر شد.
در ردیف همان موضوعات مورد اختلاف، می‌توان به نظر دو جناح درباره تعاونی‌ها اشاره کرد. بخشی از نیروهای خط امام اساساً به تعاونی‌ها اعتقاد نداشتند و به هنگام مطرح شدن این موضوع در دولت و شورای اقتصاد، با آن مخالفت کردند و عملاً مانع شکل‌گیری قوانین تعاونی‌ها شدند. به نظر این عده، تعاونی‌ها سازوکاری هستند که در نظام غربی پدید آمده‌اند و از رژیم گذشته الگوبرداری شده‌اند و «بدیهی است که از کارشناسان خارجی تعاونی‌ها یا متخصصِ ایرانی تربیت شده غرب، نسخه‌ای جز قانون‌های برگرفته از افکار و ایده‌های مطروحه در دنیای الحادی و مبتنی بر نظریات تئوریسین‌های مادی مسلک غرب، چیز دیگری قابل تجویز نیست.»
در مقابل این طیف، دولت و طرفداران آن قرار داشتند که شکل‌دهی به تعاونی‌ها را جدی تلقی کرده و آن را به معنای سلب اختیار از مردم نمی‌دانستند؛ بلکه بهترین شکل مشارکت مردم در امور اقتصادی تفسیر می‌کردند؛ زیرا در صورت شکل‌گیری تعاونی‌ها، بدون آنکه سرمایه‌داری لجام‌گسیخته و سرمایه‌های بزرگ بخش خصوصی پدید آید، مشکل سرمایه‌گذاری در بخش‌های تولیدی با سرمایه‌های کوچک نیز حل می‌شود و رشد و توسعه اقتصادی پدید می‌آید.
تجارت خارجی نیز یکی دیگر از موضوعات اختلاف‌برانگیز بود که به میزان اقتدار حکومت ارتباط داشت. دولت در دوران جنگ، معتقد به کنترل تجارت خارجی بود و آن را منطبق با اصول قانون اساسی (اصل 44) می‌دانست که در آن تجارت خارجی در اختیار دولت و در حوزه بخش دولتی قرار گرفته بود. در مقابل، کسانی به ویژه آنان که با امر تجارت خارجی در عمل سر و کار داشتند، با این سیاست مخالف بودند.
فقهای شورای نگهبان بسیاری از مدرسان و اعضای جامعه مدرسان و اعضای جامعه روحانیت و گروه‌هایی از نمایندگان و مسئولان نیز بنا به دلایل مختلف با سیاست بازرگانی خارجی دولتی مخالفت می‌کردند. عده‌ای آن را خلاف شرع می‌دانستند؛ چون از نظر آنها، دولت نباید یک امر مباح، یعنی تجارت را بر بخش خصوصی حرام اعلام کند، مگر در مواردی که موضوع تجارت، مبادله کالایی باشد که شرعاً خرید و فروش آن حرام است. برخی دیگر به نقادی این سیاست از منظر کنار گذاشته شدن مردم و بخش خصوصی از اقتصاد کشور نگاه می‌کردند و معتقد بودند: «مسئولان محترم بگذارند هر کس کار خودش را بکند، بازرگانی و اقتصاد را بدهید به بازار، این کارها متعلق به بازار است.»
طرفداران دولت، اجرای سیاست اقتصاد کنترل شده به ویژه در حوزه بازرگانی خارجی را، هم منطبق بر نص قانون اساسی می‌دانستند، هم عامل کنترل و ابزار نظارت دولت بر اقتصاد و جلوگیری از قدرت‌یابی سرمایه‌داران داخلی و تروریست‌های اقتصادی تلقی می‌کردند و هم در شرایط جنگی، بهترین شکل اداره اقتصاد کشور را این شیوه می‌دانستند که درآن، دولت حرف آخر را می‌زند و هر روز با فتنه‌ای از سوی سرمایه‌داری وابسته مواجه نیست. همین مناقشات به استعفای وزیر بازرگانی منجر شد.