در روزهای پایانی دولت اصلاحات، همه توان حامیان این جریان برای تداوم وضع موجود به میدان آمده بود تا اجازه ندهد دولتی دیگر با گرایش فکری‌ـ سیاسی دیگری به قدرت برسد. در این میان، طیف ساختارشکن و رادیکال اصلاح‌طلب که در ماه‌های پایانی از خاتمی نیز عبور کرده بودند، برای پیروزی در انتخابات دکتر مصطفی معین را به میدان آورده بودند!
وزیر اسبق علوم و تحقیقات و فناوری و مشاور خاتمی چند روز زودتر از مهدی کروبی در تاریخ هفتم دی ماه 1383 در دیدار با دبیرکل، معاونان و اعضای شورای مرکزی جبهه مشارکت به طور رسمی کاندیداتوری خود را اعلام کرد و علی شکوری‌راد ریاست ستاد وی را برعهده گرفت. نخستین نشست سراسری یک روزه گروه‌های حامی معین در روز جمعه، 18 دی ماه در سالن وزارت کار و امور اجتماعی برگزار شد.
چند روز قبل، دبیرکل سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی ایران با اشاره به حمایت سازمان متبوع خود و گروه‌های دیگری مانند جبهه مشارکت از حضور دکتر معین در انتخابات ریاست‌جمهوری گفت: «در آستانه انتخابات، سازمان و سایر دوستان تصمیم گرفتند سراغ کسی بروند که هم ظرفیت‌های لازم و هم مقبولیت داشته باشد و با چنین ذهنیتی، مدت‌هاست که بر حضور شما (معین) در این عرصه اصرار داریم.»
انتخاب معین همراه با ابهامات فراوانی بود. اول سؤالاتی که در مورد توانمندی و برنامه‌ریزی سازمان مجاهدین و حزب مشارکت و دیگر جریان‌های همسو برای اداره کشور مطرح بود. عملکرد پرانتقاد دولت دوم خرداد و نداشتن برنامه‌ای مشخص برای اداره کشور و تکرار شعارهای هشت سال گذشته تا آنجا ملال‌آور بود که جریان ضدانقلاب داخل در اردوگاه جریان دوم خرداد را نیز به واکنش واداشت. برای نمونه، نویسنده نشریه «نامه» متعلق به جریان‌های ملی‌ـ مذهبی که در ائتلافی نانوشته با جریان دوم خرداد قرار داشتند، در مقاله‌ای با عنوان «انتخابات، هدف یا وسیله» عملکرد سازمان مجاهدین و جبهه مشارکت در حمایت از معین را نقد کرد و با بیان اینکه اصرار بر نگاه به آینده، بدون واکاوی گذشته؛ ساده‌دلی و حماقت است، بیان داشت: «حزب حامی مصطفی معین، بدون جمع‌بندی آنچه در دولت خاتمی و مجلس کرد، بدون نقد صریح و روشن گذشته و بدون واکاوی صادقانه عملکرد حزبی‌اش در دو قوه مجریه و مقننه، هرگز نخواهد توانست اعتماد عمومی را برای مشارکت در پروژه جدید خود جلب کند... یقیناً حزب مشارکت و سازمان مجاهدین انقلاب بدون نقادی آنچه کردند، شانسی برای به سرانجام رساندن پروژه «شهروند قدرتمند» ندارند. اگر دانایی شرط اول قدرت شهروندی است، نباید بنا را بر سوء استفاده ابزاری از نادانی دیگران گذاشت.»
امکان رد صلاحیت معین به دلیل عملکرد پرابهام وی در دوران تصدی وزارت علوم در دولت خاتمی، به ویژه اقدام غیرقانونی در همراهی با ضدانقلاب در ماجرای 18 تیر سال 1378، مسئله دیگری بود که از همان ابتدای نام معین به عنوان نامزد جریان دوم خرداد مطرح بود و بخشی از جریان‌های دوم خرداد محور قرار دادن وی را تلاش بیهوده‌ای می‌دانستند که ثمری برای جبهه دوم خرداد نخواهد داشت.
معین با اعلام مواضع خود به خوبی نشان داد که می‌تواند نامزد مورد علاقه جریان رادیکال و ساختارشکن باشد و با طرح شعار «راه‌اندازی جبهه دموکراسی‌خواهی و حقوق بشر» حتی نهضت آزادی و جریان‌های ملی‌ـ مذهبی را نیز با خود همراه کرد. بعد از ملاقات چند ساعته بین سران این جریان و معین در 16/3/1384، بیانیه مشترک ابراهیم یزدی، دبیرکل نهضت آزادی و عزت‌الله سحابی، رئیس شورای فعالان ملی‌ـ مذهبی منتشر می‌شود و در آن ضمن اشاره به تأمین برخی شروط و خواسته‌های این جریان و «ترقی‌خواهانه» خواندن برنامه‌های آقای معین، اعلام می‌دارد: «اکنون، نهضت آزادی ایران و فعالان ملی‌ـ مذهبی، پس از ملاقات با آقای دکتر معین و اطمینان از اینکه ایشان ـ صرف‌نظر از نتیجه انتخابات پیش‌روـ در پی‌گیری برنامه‌های خود، به ویژه تحقق جبهه دموکراسی‌خواهی و حقوق بشر مصمم است، حمایت خود را از نامزدی وی در نهمین انتخابات ریاست‌جمهوری اعلام می‌کنند.»
البته تاج‌زاده از پشت پرده این معامله سخن گفت و با صراحت اعلام داشت: «ملی‌ـ مذهبی‌های ایران در کابینه دولت دکتر معین نقش خواهند داشت.» مصطفی معین نیزدر جمع مردم شهرکرد مواضعی جالب توجه گرفت و ضمن انتقادی ظریف به خاتمی، اعلام کرد: «زمانه عوض شده است. خاتمی، خاتمی بود و من معین هستم. او یک فرد فرهنگی و من یک دانشگاهی هستم. او منفرد بود و من از طریق احزاب آمده‌ام. من جبهه دموکراسی و حقوق بشر را اعلام کرده‌ام و این یک چشم‌انداز تشکیلاتی برای آینده است. زمان فردسالاری، شخصیت‌های کاریزماتیک و قهرمانی گذشته است. همه گروه‌های محذوف زیر چتر جبهه دموکراسی و حقوق بشر جمع خواهند شد.»
مواضع معین حتی اپوزیسیون را نیز امیدوار می‌کند؛ به گونه‌ای که «فرخ نگهدار» از ضدانقلابیون فعال در خارج از کشور در مقاله‌ای با عنوان «انتخابات ٢٧ خرداد و جبهه دموکراسی و حقوق بشر» وضعیت ضدانقلاب را در صورت انتخاب معین چنین توصیف می‌کند: «اگر معین رأی بیاورد، قطعاً برای نیروهای ناراضی و سرکوب شده حاشیه امنیتی و فضای تنفسی بیشتری فراهم می‌شود و فکر تشکیل یک جبهه وسیع برای پیشبرد اصلاحات ساختاری در نظام سیاسی به امکانات مساعدتری دست می‌یابد.»
حزب توده ایران با انتشار بیانیه‌ای (24/3/1384) از معین حمایت کرد و اظهار داشت: «انتخاب نامزد مشترک جبهه واحد دموکراسی و حقوق بشر به عنوان رئیس قوه مجریه، و تلاش در راه تحقق تعهدات دموکراتیک سپرده شده وی می‌تواند گام بلندی در راه فراهم ساختن زمینه تحولات بنیادین در میهن ما باشد.»
حمایت همه‌جانبه از معین تا آخرین ساعات تبلیغات رسمی ادامه داشت. سیدمحمد خاتمی رئیس‌جمهور نیز نتوانست بی‌تفاوت بماند و سرانجام دو سه روز مانده به انتخابات به صورت تلویحی از معین حمایت کرد و چنین گفت: «باید به سراغ کسانی برویم که واقعاً به حاکمیت مردم بر سرنوشت خود و جامعه مدنی سازگار با معیارهای فرهنگی این جامعه، معتقد باشد.» عجیب‌ترین اظهارات را مصطفی تاج‌زاده از اعضای اصلی سازمان مجاهدین داشت که برای روحیه بخشیدن به هواداران بدون پشتوانه اعلام کرد: «شک نکنید که کاندیدای ما(معین) درهمان دور اول پنجاه درصد آرا را کسب می‌کند و ان‌شاءالله مستقیم و بدون رفتن به دور دوم ، رئیس‌جمهور می‌شود.»
فضای توهمی بر ستاد معین تا آنجا گسترش یافت که حرف‌های تاج‌زاده را به نحوی دیگر، محمدرضا خاتمی که از وی به عنوان معاون اول معین یاد می‌کردند، تکرار کرد و در پاسخ به این پرسش که «فکر می‌کنید انتخابات یک مرحله‌ای است یا دو مرحله‌ای؟» گفت: «تا دو هفته پیش یقین داشتم که انتخابات دو مرحله‌ای است. الان خیلی تردید دارم و ممکن است در روزهای باقیمانده، تردیدم به یقین تبدیل شود که انتخابات یک مرحله‌ای خواهد بود.»
در عین حال شاید واقع‌بینانه‌ترین اظهارنظر از اردوگاه دوم خرداد را سعید حجاریان در ابتدای خرداد ماه داشت که در گفت‌وگو با ایسنا ضمن پیش‌بینی دو مرحله شدن انتخابات گفته بود: «شانس معین در انتخابات حدود ۹ درصد است.»