با انتخاب «محمود احمدی‌نژاد» به عنوان رئیس‌جمهور منتخب مردم در سوم تیرماه 1384، مسئله تشکیل کابینه و آغاز به کار دولت مناقشاتی را در فضای سیاسی کشور ایجاد کرد.
احمدی‌نژاد در تاریخ ۲۳ مرداد ۱۳۸۴ کابینه پیشنهادی خود را به مجلس معرفی کرد. یکی از شروط گزینش وزرا از سوی احمدی‌نژاد موافقت آنان با مفاد میثاق‌نامه‌ای 12بندی تحت عنوان «میثاق‌نامه دولت اسلامی» و امضای آن بود. برخلاف بسیاری از پیش‌بینی‌ها مبنی بر انتخاب تمامی نامزدها از سوی مجلس شورای اسلامی، نمایندگان پس از تحقیق و بحث پیرامون وزرای پیشنهادی، در تاریخ ۲ شهریور ۱۳۸۴ چهار نفر از آنان را فاقد صلاحیت احراز پست وزارت تشخیص داده و به بقیه رأی اعتماد دادند. آقایان اشعری، علی احمدی، هاشمی و سعیدلو که به ترتیب برای وزارتخانه‌های آموزش و پرورش، تعاون، رفاه و تأمین اجتماعی و نفت پیشنهاد داده شده بودند، موفق به کسب رأی اعتماد از مجلس نشدند. صادق محصولی نیز که پیش از جلسه رأی اعتمادش، موضع‌گیری‌های نمایندگان مجلس علیه خود را درک کرده بود، از نامزدی برای تصدی وزارت نفت انصراف داد. این در حالی بود که پیش‌بینی نمی‌شد مجلس اصولگرای هفتم، این‌گونه در چالش با دولت قرار گیرد!
در این بین مجلس و حامیانش در برابر سؤالات مطروحه در باب آرای شکننده مجلس به نخستین کابینه احمدی‌نژاد، دلایلی را عنوان می‌کردند. برای نمونه، «غلامعلی حدادعادل» رئیس وقت مجلس در پاسخ به پرسش خبرنگاران می‌گوید: «این نشانه اختلاف یا عدم همکاری مجلس با دولت نیست، بلکه نشانه آن است که دولت قوی‌تری تشکیل شود.» وی در پاسخ به پرسشی مبنی بر تشکیلاتی بودن رأی ندادن به چهار وزیر پیشنهادی گفت: «در این چند روز که بحث اعتماد در مجلس مطرح بود، بسیاری از مطبوعات تحلیل‌های خاص خود را نوشتند که مجلس بدون بحث و بررسی، به همه وزرا رأی خواهد داد؛ اما نتیجه نشان داد که مجلس سیاسی به معنای سیاسی‌کاری عمل نمی‌کند... برای ما مهم نیست که فرد پیشنهادی از مجلس باشد... مجلس هیچ سهم‌خواهی نسبت به دولت ندارد و رأی ندادن به معنای این نیست که مجلس مایل است وزرا از میان نمایندگان مجلس باشند.»
عباس سلیمی‌نمین نیز در این باره می‌گوید: «مجلس با چنین عملکردی اعتبار خود را در میان مردم تقویت کرد و نشان داد علیرغم همگونی سیاسی با دولت نسبت به انجام وظیفه خود ملاحظه‌ای نمی‌کند، چیزی که در مجلس ششم شاهد آن نبودیم. مجلس در این اقدام نمودی از اصولگرایی را از خود به نمایش گذاشت که قابل تحسین است.»
در مورد ترکیب کابینه و تیمی که احمدی‌نژاد آنان را به خدمت گرفت، باید به این نکته توجه کرد که روند وی با آنچه رئیس‌جمهور پیشین اتخاذ کرده بود، متفاوت بود. چند سال پیش هنگام بستن کابینه در سال 1376، اصلاح‌طلبان از هیچ یک از منسوبان به رقیب سیاسی خود در اداره کشور بهره نبردند و با یکدست کردن دستگاه اجرایی اداره کشور را تمام‌عیار در اختیار گرفتند. به واقع در مجموعه دولت خاتمی نه تنها در سطوح عالی آن حتی در سطوح میانی، مدیری که به رقیب اصلی وی، یعنی ناطق‌نوری رأی داده باشد، یافت نمی‌شد و اساسااین ویژگی در ردیف ملاک‌های اصلی گزینش مدیران دوران اصلاحات قرار گرفته بود. منطق آنان این بود که کسی می‌تواند در این دولت حضور یابد که ضوابط و مبانی فکری آن را قبول داشته باشد! اما این رسم در دولت نهم شکسته شد و علاوه بر برخی وزرا، در میان معاونان آنها و در حساس‌ترین مناصب، مانند معاونت وزارت کشور و معاونت وزارت امور خارجه افرادی حضور پیدا کردند که به نوعی به جناح اصلاح‌طلب تعلق داشتند.
جمعیت ایثارگران انقلاب اسلامی در تحلیلی تحت عنوان «مردان رئیس‌جمهور از چند منظر» که در پاییز سال 1384 منتشر شد، آورده است: «علاوه بر رئیس سازمان انرژی اتمی و وزیر راه و ترابری، چهار معاونت از معاونت‌های سازمان برنامه‌ریزی و مدیریت، شامل رحمتی معاون امور زیربنایی، تفضلی معاون امور فنی، محمدقاسم حسینی معاون امور مجلس و استان‌ها و کرمی معاون اداری مالی و منابع انسانی از جمله دولتمردان خاتمی هستند که از سوی رئیس سازمان برنامه‌ریزی و مدیریت ابقا شدند. ضمن اینکه برادران شرکای رئیس سابق سازمان برنامه‌ریزی و مدیریت به سمت مشاور عالی و عبدالحمید معافیان، غلامرضا تاج‌گردون و ابراهیم بهادرانی معاونان سابق این سازمان به عنوان مشاور رئیس منصوب شدند. تعدادی از مدیران ارشد سابق وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی در دوران خاتمی، یعنی شعاعی، معاون فرهنگی، ایمانی، معاون هنری و زرهانی رئیس سازمان حج و زیارت نیز از سوی صفارهرندی، وزیر فرهنگ و ارشاد اسلامی دولت احمدی‌نژاد ابقا شدند. بازگشت مظاهری وزیر سابق امور اقتصادی و دارایی به عنوان معاون کل این وزارتخانه نیز از این دست است.»
دولت به فرآیند کاری خود در تشکیل و تکمیل کابینه ادامه داد و آنهایی که به واسطه نظر مجلس از حضور در کابینه جا مانده بودند، به نحو دیگری در کنار رئیس‌جمهور قرار گرفتند. علی سعیدلو، معاون سابق شهردار و وزیر پیشنهادی نفت که نتوانست از مجلس رأی اعتماد بگیرد، به عنوان معاون اجرایی رئیس‌جمهور فعالیت خود را آغاز کرد. سیدمهدی هاشمی، معاون سابق امور استان‌های شهردار تهران نیز که نتوانست برای تصدی وزارت رفاه رأی مناسب کسب کند، معاون عمرانی وزیر کشور شد. شیخ‌الاسلامی، رئیس دفتر احمدی‌نژاد در شهرداری به عنوان استاندار هرمزگان تعیین شد. همچنین اسفندیار رحیم‌مشایی که ریاست سازمان فرهنگی‌ـ هنری شهرداری تهران را به عهده داشت، در مقام رئیس سازمان میراث فرهنگی کار خود را آغاز کرد.
رهبر معظم انقلاب اسلامی در اولین دیدار با اعضای کابینه که در هشتم شهریور 1384 صورت گرفت، ضمن تبریک به اعضای کابینه برای حضور در میدان خدمت به مردم، به آنان چنین گوشزد کردند: «شما چهار سال، یعنی حدود 1450 روز وقت دارید. هر روزی که می‌گذرد، یکی از این عددها برداشته می‌شود و مجموعه به صفر نزدیک می‌شود. هر یک روزتان غنیمت است. این 1450 روز، چشم‌انداز و گستره وسیعی است. برای این مدتِ نسبتاً طولانی خیلی کارها می‌شود کرد. امیرکبیر که یک چهره ماندگار در تاریخ ماست و واقعاً کارهای بزرگی هم کرده، همه حکومت او سه سال بود؛ یعنی یک سال از مدتی که بناست علی‌العجاله شما در این مسئولیت مشغول باشید، کمتر است؛ اما آنقدر این کار، مهم و بزرگ و جدی بود که تاریخ امیرکبیر را فراموش نمی‌کند؛ و الا قبل از اینکه بیاید در رأس صدارت قرار بگیرد، و بعد که به کاشان تبعید شد، دیگر چیزی در پرونده او وجود ندارد؛ همین سه سال است.»