پرونده هسته‌ای یکی از مهم‌ترین مسائل سیاست خارجی جمهوری اسلامی در دهه اخیر است که دستگاه دیپلماسی جمهوری اسلامی را مشغول خود کرده است. این پرونده که از پاییز 1381 و در دوران دولت اصلاحات باز شد، به سرعت از خاستگاه فنی خود خارج و به پرونده‌ای سیاسی مبدل شد شد که رویارویی جمهوری اسلامی و غرب در ذیل آن شکل گرفت. دولت اصلاحات با محوریت قرار دادن راهبرد «اعتمادسازی» تلاش کرد با عقب‌نشینی از بخشی از فعالیت‌های فنی و آنچه «توقف داوطلبانه» نامید، از سطح تنش‌ها بکاهد.
با روی کارآمدن دولت نهم تغییری اساسی در سیاست هسته‌ای جمهوری اسلامی به وجود آمد و راهبرد «ایستادگی»، جایگزین راهبرد «اعتمادسازی» شد. این سیاست مبتنی بر این باور شکل گرفت که اعتمادسازی نتیجه‌ای جز عقب‌نشینی کامل از فعالیت‌های هسته‌ای ندارد و اعتمادسازی برای غرب تنها با پاک کردن صورت مسئله و به فراموشی سپردن دستیابی به انرژی هسته‌ای از سوی ملت ایران حاصل خواهد شد! لذا برای پیشبرد اهداف و رسیدن به استقلال سیاسی و علمی راهی جز ایستادگی در برابر زیاده‌خواهی‌های غرب وجود ندارد و فعالیت‌های توسعه علمی در زمینه فناوری هسته‌ای باید از سر گرفته شود.
این سیاست با هجمه همه‌جانبه جریان چپ مواجه شد و در قالب گفت‌وگوها و یادداشت‌های متعدد در رسانه‌های وابسته، به آن حمله برده شد. برای نمونه سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی با صدور بیانیه‌ای نسبت به وضعیت پرونده هسته‌ای و ارجاع پرونده به شورای امنیت اعتراض کرد و با ادبیاتی فرافکنانه گفت: «سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی ایران مسئولیت عواقب چالش‌های موجود در پرونده هسته‌ای برای کشور و نظام را متوجه آمران و عاملان اجرای سیاست‌ها و تصمیمات کنونی می‌داند و مصرانه از آنان می‌خواهد در فرصت محدود باقی مانده از تمامی امکانات سیاسی و اجرایی برای جلوگیری از ارجاع پرونده ایران به شورای امنیت سازمان ملل متحد و مختومه ساختن آن بهره گیرند.»
این ادبیات در اعلام مواضع دیگر نیز ادامه یافت و بارها و در سال‌های دیگر نیز تداوم یافت. برای نمونه نوشته شد: «صدور قطعنامه با اجماع اعضا به مفهوم شکست سیاست کنونی هسته‌ای کشور بوده و در عمل حل مسئله را از شرایط برد برد مورد نظر مسئولان کنونی کشور به بغرنج کردن آن و باخت باخت تغییر داده است.اگرچه در پس پرده این اجماع و توافق، لابی صهیونیست‌ها، کینه‌توزی‌های آمریکا با ایران، ناعادلانه بودن نظام بین‌الملل، تمامیت‌خواهی کشورهای متروپل در انحصار علم و فناوری و به ویژه دوگانه عمل کردن همراهان آمریکا در مسئله هسته‌ای کشورها و... نهفته است.
اما بی‌اهمیت تلقی کردن گزارش پرونده هسته‌ای به شورای امنیت توسط دولتمردان ایران در یک سال و نیم اخیر و کشاندن پرونده به شورای امنیت، زورگویی و افزون‌خواهی طرف مقابل و بدتدبیری حاکمیت جدید راهکار مغلوب مذاکره ایران با آژانس بین‌المللی انرژی اتمی و اروپا در دوران سیدمحمد خاتمی را در دوران احمدی‌نژاد به سنگلاخ رساند.
مصوبه فوق اکنون جمهوری اسلامی ایران را در شرایطی قرار داده است که یا باید به مفاد قطعنامه 1737 شورای امنیت تن دهد یا عواقب مقابله با مصوبات قدرتمندترین نهاد بین‌المللی که صلاحیت آن را نیز پذیرفته، تحمل کند. در این صورت راه برای اقدام‌های بعدی آنها هموارتر خواهد شد.»
جریان چپ باصراحت مخالفت خود را با ادامه تلاش کشور برای دستیابی به انرژی صلح‌آمیز هسته‌ای اعلام کرد و برخلاف اجماع ملت ایران برای ادامه مسیر دستیابی به استقلال علمی و تأکیدات رهبر معظم انقلاب و برخلاف مصالح و منافع ملی مدعی شد: «اگر روزی بتوان هزینه صرف شده برای فعالیت‌های دیپلماتیک در مورد پرونده هسته‌ای را برآورد و میزان آن را با نتایج کسب شده مقایسه کرد، مردم متوجه زیان‌های ناشی از طولانی شدن روند دیپلماسی پرونده هسته‌ای خواهند شد. به صراحت باید اعلام کرد تقبل هزینه‌های سنگین طولانی شدن روند این پرونده با هدف برخورداری از حق تحقیقات هسته‌ای مقرون به صرفه نیست»
عناد و دشمنی با دولت نهم تا آنجا ادامه داشت که آنها مدعی بودند: «طی این دوره ایران نه تنها عزمی برای جلوگیری از روند اجماع جهانی علیه خود نشان نداده، بلکه تعمدی برای انزوای ایران در جهان اسلام هم احساس می‌شود.» هجمه رسانه‌ای اصلاح‌طلبان تمامی نداشت و آنها معتقد بودند، «یک خطای کوچک می‌تواند کشور را در معرض تحریم‌های جهانی و حتی جنگ قرار دهد. بنابراین نباید ساکت نشست و اجازه داد میهن در معرض تهدیدهای بزرگ و تاریخی قرار گیرد.»
جریان چپ حتی وقتی که دیپلماسی موفق جمهوری اسلامی مانع صدور قطعنامه علیه جمهوری اسلامی می‌شد و همه ملت ایران و فعالیت دیپلماسی جهانی آن را موفقیت و پیروزی برای جمهوری اسلامی معرفی می‌کردند، دست از تخریب برنمی‌داشتند و به جای عذرخواهی از ملت به دلیل ارائه تحلیل‌های غلط به افکار عمومی، با همان غرور و عناد خود در جهت کوچک‌شماری پیروزی دولت نهم می‌نویسد: «اکنون فرصتی مجدد برای ایران فراهم آمده است تا مسئله فعالیت صلح‌آمیز هسته‌ای خود را به درایت و هوشیاری تدبیر کند. شعارهای دُن کیشوت‌واری مانند اینکه اروپا عقب نشست، اروپا کم آورد، آمریکا شکست خورد، حتی اگر مصرف داخلی داشته باشد به کار این میدان نمی‌آیند. آنچه پیش آمده نه یک پیروزی بلکه فرصت مغتنمی است که می‌توان با بهره‌برداری مناسب از آن آثار و نتایج سیاست‌های اشتباه ماه‌های اخیر را زدود.»
جریان چپ در تحلیل‌های روان‌پریشانه و مبتنی بر تئوری توطئه، معتقد بودند تلاش دولت در پرونده هسته‌ای نه برای دستیابی حقیقی به فناوری هسته‌ای و تأمین منافع ملی است؛ بلکه «به امید فتح بصره‌ای در زمینه انرژی هسته‌ای هستند تا در مذاکره با آمریکا و اروپا، ایران از موضع قدرتمندتری سخن بگوید و بدین منظور دست به ریسک بزرگی زده‌اند و کشور را در موقعیت آسیب‌پذیری قرار داده‌اند.»
همانطور که مشاهده می‌شود نگاه مرعوبانه در برابر غرب در تمامی تحلیل‌های جریان چپ مشاهده می‌شد و تمامی مخالفت‌ها تنها به دلیل نداشتن شجاعت لازم برای مواجهه با استکبار جهانی بود. نگاهی که در طول هشت سال دولت نهم و دهم در ماجرای پرونده هسته‌ای جمهوری اسلامی دنبال شد.