با رحلت حکیم متأله، علامه حسن حسن‌زاده آملی، جهان اسلام یکی دیگر از نوادر خود را از دست داد و خُسرانی بزرگ را متحمل شد. توصیف شخصیت عظیم و دانش کم‌نظیر آیت‌الله حسن‌زاده فراتر از حد این قلم است، اما مراجعه به توصیف علما و فلاسفه بزرگ معاصر، همچون علامه طباطبایی، علامه شعرانی و آیت‌الله بهاءالدینی از علامه حسن‌زاده و نیز تعابیر علمای معاصر به ویژه رهبر معظم انقلاب در پیام‌های تسلیت، در وصف ایشان، سند معتبر و روشنی به منظور شناخت شخصیت آن حکیم ذوفنون است. در بسیاری از این اوصاف و تعابیر، فضایل بزرگی همچون عالم ربانی و سالک توحیدی، جامع علوم منقول و معقول، حکیم و عارف کم نظیر، دانشمند ذوفنون و ... در توصیف علامه حسن‌زاده به کار رفته است که هر یک از این تعابیر، خود معانی ژرفی دارد. در این میان، پیام آیت‌الله جوادی‌آملی، شرح مبسوط و عمیقی از چگونگی وصول علامه حسن‌زاده به «فیض علمی» و «فوز عملی» باری‌تعالی است. گویا آیت‌الله جوادی با این توصیف از شخصیت و دانش حکیم متأله، رخ از طریق الی‌الله و چگونگی ایصال الی‌المطلوب می‌گشاید و این پیام را مجالی برای هدایت رهروان راه حق می‌داند.آیت‌الله حسن‌زاده علاوه بر اینکه در فقه، فلسفه، عرفان، حدیث و علوم قرآنی، درایه و رجال تحصیل و تدریس کرده بود و تسلط داشت، در ادبیات، علوم غریبه، ریاضی، هیئت و طب نیز متبحر بود و به زبان عربی و فرانسه نیز اشراف داشت. ایشان در تمامی این دانش‌ها صاحب اثر بود و بیش از ۱۹۰ اثر علمی در این علوم تألیف کرده بود و از این رو به «علامه ذوالفنون» مشهور شد. علامه حسن‌زاده با استفاده از عرفان ابن‌عربی به تفسیر انفسی آیات و روایات پرداخته و بر مبنای برهان این معارف را تبیین و مستدل کرده است. این همانی است که در حکمت متعالیه صورت گرفته و نزد علامه ذوفنون، به عنوان یکی از رهروان مهم حکمت متعالیه، تکامل می‌یابد. ضمن اینکه حکمت مشاء و اشراق نیز همزمان حفظ شده و علامه آثار مهمی را هم در این دو حیطه ارائه کرده‌اند. به این ترتیب، آیت‌الله حسن‌زاده منبع گرانبهایی از دانش‌های مختلف اسلامی بود و این موضوع درس‌های مهمی برای جامعه نخبگانی و عامه ما دارد. با تأمل در جامعیت دانش و سیره و سلوک علمی آیت‌الله حسن‌زاده می‌توان به ثمرات ارزشمندی دست یافت که نسبت به مسائل کنونی حوزه اندیشه و فرهنگ ایران امروز راهگشاست و پرتویی بر حل بخش‌هایی از مسائل و مشکلات امروز ما می‌افکند:
علامه حسن‌زاده نگاهی وحدت‌گرایانه به دانش و علوم اسلامی داشتند و این، البته نزد بسیاری از علمای اسلامی دیده می‌شود، اما نزد آیت‌الله حسن‌زاده این موضوع شکوفا شده بود و جامعیت ایشان در دانش‌های مختلف اسلامی خود گواهی بر آن است. علامه حسن‌زاده معتقد بود میان دین، فلسفه و عرفان در اسلام هماهنگی وجود دارد و کسانی که میان قرآن، برهان و عرفان فرق می‌گذارند، حرف هیچ یک از این سه را فهم نکرده‌اند. این دیدگاه علامه که در سلوک علمی و عملی ایشان عینیت یافته بود، در مقابل منتقدان دینی و غیردینی فلسفه اسلامی در شرایط کنونی، ذخیره و پشتوانه‌ای برای دفاع از فلسفه اسلامی است. آیت‌الله حسن‌زاده حقیقت دین و عرفان را یکی می‌داند که همان معرفت به خدا، اسماء، افعال، احکام و کتاب خداست و فلسفه را – در قامت حکمت متعالیه- برهان آمیخته با شهود(عرفان) تعریف می‌کند. اینکه هر یک از این دانش‌ها چگونه در هماهنگی با یکدیگر انسان را به کمال الهی می‌رساند، با مطالعه پیام آیت‌الله جوادی آملی در سوگ علامه، بهتر فهم می‌شود.
تمایل نداشتن به وحدت دانش‌ها و تلاش برای تجزیه و تخصصی کردن علوم، رویکردی برخاسته از عصر روشنگری و عقلانیت مدرن است که هرچند نتایج مفیدی در زمینه توسعه و پیشرفت دانش تجربی و تکنیکی داشته است، اما زمینه‌ساز جدایی علم از اخلاق بوده و بحران‌های بزرگی همچون جنگ‌های جهانی را سبب شده است. از این رو، چنین رویکردی مدت زمانی است اعتبار خود را در غرب از دست داده و آنچه امروزه با عنوان «مطالعات میان رشته‌ای» رایج شده است، تلاشی برای «تلفیق دانش، روش و تجارب دو یا چند حوزه علمی و تخصصی برای شناخت و حل یک مسئله پیچیده یا معضل اجتماعی چندوجهی» به شمار می‌آید. در جامعه کنونی ایران اما، علاوه بر اینکه مطالعات میان رشته‌ای هنوز نو پا و ضعیف است، همچنان تخصص‌گرایی و به دنبال آن کمی‌گرایی پارادایم غالب در حوزه علوم و دانش‌ها به شمار می‌آید و اگر در حوزه علوم طبیعی این موضوع توجیهی داشته باشد، در حوزه علوم انسانی جامعه دینی را با مشکل مواجه خواهد کرد. ادامه این مسیر در علوم انسانی به جدایی ارزش و دانش منجر می‌شود و مسیری را پیش روی نخبگان علوم انسانی ایران می‌گشاید که ارتباطی با فرهنگ و سنت این جامعه ندارد. در چنین فضایی است که رویکرد وحدت‌گرایانه علامه حسن‌زاده به علوم و دانش‌ها، به عنوان منبع و ذخیره معرفتی و دانشی برای تقویت این مسیر، اهمیت زیادی می‌یابد.
جامعیت علامه حسن‌زاده در دانش‌های مختلف، به ویژه تسلط ایشان بر دانش‌هایی، همچون ریاضیات، نجوم و طب، خود به معنای زنده نگه داشتن پشتوانه‌های دانشی تمدن اسلامی و ایرانی است. اگر امروز از ضرورت بومی‌سازی علوم سخن گفته می‌شود، اولین لازمه آن زنده نگه داشتن سنت فکری و علمی ایران و اسلام است. اندیشه و آثار علامه حسن‌زاده از بحران انقطاع معرفتی در فرهنگ و تمدن ایرانی جلوگیری می‌کند و الگویی از نحوه حفظ، تقویت و طرح ذخایر معرفتی و فرهنگی اسلام و ایران در دنیای جدید محسوب می‌شود که البته باید نسبت به مسائل و مشکلات کنونی جامعه مورد بازخوانی قرار گرفته و پاسخ‌های مطلوب از آنها استخراج شود. این رویکرد، پاسخی به دیدگاه برخی از روشنفکران ایرانی است که از زوال اندیشه و انقطاع معرفتی در ایران سخن می‌گویند. اکنون نیز اگر فردی همچون محسن کدیور، در مطلبی با عنوان «حسن حسن زاده آملی عالمی از دوران سپری شده» تلاش‌های علمی آیت‌الله حسن‌زاده را مربوط به جهان قدیم دانسته و ایشان را فردی که «هنوز از حصار فیزیک و نجوم دوران پیشامدرن بیرون نیامده» توصیف می‌کند، همان دیدگاه زوال را تکرار کرده و چشم به روی تاریخ علم می‌بندد. در حالی که آیت‌الله حسن‌زاده علاوه بر تسلط به ریاضیات قدیم، به ریاضیات جدید مانند حساب دیفرانسیل و انتگرال یا مباحثی همچون تئوری اعداد و ترکیبات نیز علم داشت و با متفکران امروزی هندسه و ریاضی بحث و گفت‌وگو می‌کرد؛ اما موضوع مهم‌تر تاریخ علم و دانش است. تاریخ هر علمی، همچون علوم ریاضی، نزد متفکران غربی پشتوانه‌ای برای فهم و تطور بخشیدن به آن علم به شمار می‌آید، اما مدعی روشنفکری -که در غرب هم می‌زید- این‌گونه با آن برخورد می‌کند. برخوردهایی از این دست به تعبیر داوری اردکانی، برخوردهایی سیاسی است که اعتبار عقلی نداشته و اغراضی خارج از تفکر و حکمت را دنبال می‌کنند و آنچه امروزه اهمیت دارد و می‌تواند مسیر تمدن‌سازی را بگشاید، جدا کردن همین اغراض سیاسی از حکمت و اندیشه است.