در مباحث قبل درباره آغاز جنگ تحمیلی به اختصار اشاره شد. با توجه به اختلافات رئیس‌جمهور با نخست‌وزیر و مجلس و نهادهای انقلابی رژیم متجاوز بعث عراق فرصت را غنیمت دانست و علاوه بر بمباران شهرها، بخش‌هایی از پنج استان ایران را به اشغال درآورد. تا اینکه در تاریخ ۲۰ مهرماه ۱۳۵۹ منجر به صدور فرمان امام(ره) مبنی بر تشکیل شورای عالی دفاع شد که بر حسب ضرورت و اهمیت آن متن فرمان ذیلاً ارائه می‌شود که مرقوم فرمودند: «نظر به موقعیت استثنایی دفاع از کشور اسلامی و حساسیت فوق‌العاده آن، تا موقعی که جنگ‌افروزان به کار تجاوزگرانه خود ادامه می‌دهند مراتب زیر مقرر می‌شود.
1ـ کلیه امور مربوط به جنگ تحت نظر شورای عالی دفاع به اضافه یک نفر از نمایندگان مجلس شورای اسلامی باید اداره شود و این شورا موظف است تمام قوای مسلح را هماهنگ کند و هیچ گروه یا شخص تخلفی از عوامل شورای مذکور نباید بکند و در غیاب آقای خامنه‌ای و آقای چمران دو نفر از نمایندگان که یکی از آنها رئیس مجلس شورای اسلامی است، باید در شورا شرکت کند.
2ـ در اداره مناطق جنگی کلیه نیروها باید از شورای مذکور تبعیت نمایند و تصمیمات در این باره با شورای مذکور است.
3ـ تبلیغات چه به وسیله رادیو و تلویزیون یا مطبوعات باید تحت نظر شورای مذکور اجرا شود و رسانه‌های گروهی و مطبوعات حق پخش مصاحبات یا نطق‌ها و نوشته‌ها را بدون مراجعه و دستور از شورای مذکور ندارند.
4ـ سیاست خارجی مربوط به دفاع یا شورای مذکور است و کسان دیگر بدون اجازه حق دخالت ندارند.
5ـ کلیه بیان‌ها و نوشته‌ها و تبلیغات و پخش اعلامیه‌های بدون اجازه مستقیم از شورای مذکور جدا ممنوع است.
6ـ دولت مأمور جلب متخلفان و تحویل به دادگاه‌های انقلاب است.
7ـ دادگاه‌ها بر اصول دفاعی و انقلابی عمل می‌کنند.
8ـ شورا موظف است در مناطق جنگی نمایندگی تعیین کند که به وسیله آنها امور انجام گیرد و موجب تأخیر نشود.
(۲۰ مهرماه ۱۳۵۹ صحیفه امام، جلد سیزدهم، صفحات ۲۶۳ـ۲۶۴)
مرحوم هاشمی‌رفسنجانی در خاطراتش درباره نقش بنی‌صدر در این رابطه توضیح داده و آورده است: «از آنجا که بنی‌صدر به عنوان جانشین فرمانده کل قوا و رئیس شورا حاضر نبود تصمیمات جمعی را اجرا کند، اما این شورا نتوانست در آن روزهای نخست به طور جدی به مسائل رسیدگی کند. اولین شبی که جلسه شورا در تاریخ ۲۱ مهر ۱۳۵۹... تشکیل دادیم قرار جلسات منظم را گذاشتیم؛ اما فردای صبح آن جلسه، آقای بنی‌صدر و فرماندهان نظامی به جنوب رفتند و ماهم بلافاصله به دنبال آنها به مناطق جنگی در جنوب رفتیم و همانجا یک جلسه تشکیل دادیم؛ اما به خاطر کارهای روزمره معلوم بود که شورا در آنجا نمی‌تواند فعال باشد؛ زیرا اولاً از مسائل کلی کشور منزوی بودیم و ثانیاً اطلاعات کافی و امکانات مرکز در آنجا نبود و... .» با تکرار رویه رفتار بنی‌صدر شورای عالی دفاع در آن ایام نتوانست شکل جدی به خودش بگیرد و این رویه تا مدت‌ها بعد از جنگ ادامه داشت و ضربات زیادی به منافع کشور زد.