حضرت امام خمینی(ره) که در طول مبارزه تحقق حکومت اسلامی را به ملت وعده داده بودند و آن را جایگزین حکومت پهلوی معرفی کرده بودند، پس از پیروزی انقلاب اسلامی کوشیدند تا حرکت جامعه و حکومت را در مسیر تحقق عینی احکام اسلامی هدایت کنند. طبیعی بود که این جهت‌گیری کلان در کلام امام(ره) آشکار شود و ابعاد آن در دل سخنرانی‌ها و مطالبه‌گری‌ها در مواجهه با مسئولان کشور شرح داده شود.
در این میان، جریان لیبرال با این جهت‌گیری کلان حضرت امام(ره) مخالف بود و عملاً در مسیر اسلامی کردن امور کشور پیش نمی‌رفت. حتی تلاش می‌کرد تا حضرت امام را متهم کرده و مدعی شود که امام مسیر ناصوابی را برای اسلامی کردن جامعه در پیش گرفته‌اند. برای نمونه، نهضت آزادی و سران دولت موقت در تحلیلی از شرایط انقلاب اسلامی می‌نویسند: «امام‌خمینی نگران غیراسلامی شدن یا گریز از اسلام در انقلاب ایران و تکرار حوادث و بلاهای صدر مشروطه هستند و این نگرانی بسیار بجا و واقعی است. ولی رفع این نگرانی مستلزم تأکید و فشار بر تکرار بی‌حد لفظ «اسلامی» نیست، این روش بیشتر به روش تلقینی و تحمیلی شبیه است، نه روش اقناعی. روش‌های تلقینی هدف از بیرون و از بالا، فرد انسان را به سوی قالبی شدن و قشریت می‌برد، در حالی که روش اقناعی فکر را توسعه می‌دهد و حقایق را به دل و قلب فرو می‌نشاند. همچنین مستلزم تأکید و فشار بر حاکمیت و فسادناپذیر بودن گروه یا افرادی خاص نیست. همه ما، اعم از روحانی و غیرروحانی، افراد بشریم و همه در معرض خطا و هواهای نفسانی، تقوا، لباس و حرفه خاص نمی‌شناسد. بگذارید هم مسلمانان یا طرفداران انقلاب اسلامی در کارها با هم شرکت کنند و به تناسب تقوا و لیاقت خود به مسئولیت‌ها برسند و همه بدون تبعیض در معرض سؤال و انتقاد مردم و امر به معروف و نهی از منکر مؤمنین قرار گیرند تا معلوم شود چگونه تفرقه‌ها به سوی وحدت می‌گراید. ما همه شائقان پرشور اجرای احکام نورانی اسلام هستیم؛ ولی این شوق و شور مقدمه کسب صلاحیت است و همه آن نیست. احکام اسلام وقتی به معنای واقعی اجرا می‌شوند که مردمانی الگو و نمونه اسلام دست‌اندرکار قانونگذاری و اجرا و قضای امور جامعه باشند. وقتی صلاحیت اسلامی ما مردم هنوز کامل نیست، از آن بیم که مبادا بی‌عدالتی و بی‌تقوایی ما در عمل قانون اسلامی را ضایع یا بدنام کند، در گذاردن نام اسلام روی هر عمل و هر ادراک خود باید احتیاط کنیم.»
این ادعاها در حالی صورت می‌گرفت که اولاً حضرت امام(ره) تأکیدی صرفاً شعاری و زبانی بر اسلامی کردن امور نداشتند و خواهان تحول بنیادین در ساختار حکومت و بوروکراسی حاکم بر کشور بودند که این امر باید اتفاقاً از سوی دولت موقت صورت می‌گرفت. ثانیاً امام(ره) هیچ‌گاه رویکرد اجبار را برای گسترش اسلام در سطح جامعه پیشنهاد نداده و مدافع اقدامات رادیکال در این زمینه نبوده‌اند و معلوم نیست چنین ادعایی چگونه از سوی این جریان مطرح شده است!
اتفاقاً ماجرا از آنجایی آغاز می‌شد که لیبرال‌ها اعتقادی به گسترش اسلام در جامعه نداشته و اسلامی کردن امور را از وظایف دولت نمی‌دانند، لذا اقدامی عملی در این مسیر بر نداشته و عملاً کار انقلاب را معطل کرده بودند. در همین وضعیت، امام(ره) معتقد بودند اندیشه‌های لیبرال و سوسیال نخواهند توانست اهداف اسلامی انقلاب ملت ایران را محقق کنند؛ بنابراین، انحراف جریان‌های سیاسی و بالاخص مسئولان کشور به این دو گرایش را تاب نمی‌آوردند و نسبت به انحراف در سخنرانی‌های خود هشدار می‌دادند و تلاش می‌کردند تا افکار عمومی جامعه را نیز نسبت به این انحراف آگاه کنند.
جالب آنکه این دغدغه تنها به حضرت امام(ره) مختص نبود و جریان‌های سیاسی که بخشی از آنان حتی در خط امام نبودند نیز در ظاهر به این مسئله حساسیت نشان داده و در اظهار نظرات‌شان نسبت به محقق نشدن اهداف انقلاب هشدار می‌دادند. برای نمونه، جنبش مسلمان مبارز از جمله این احزاب سیاسی بود که همواره در این زمینه سخن گفته و در اظهار نظرات صریحی نسبت به این مسئله هشدار می‌داد. «حبیب‌الله پیمان» دبیرکل این حزب به تازگی گفته است: «ما آن زمان اعتقاد داشتیم که این دولت لیبرال نمی‌تواند اهداف انقلاب اسلامی را محقق کند.»
در همین زمان مواضع برخی از منسوبان به دولت موقت و جریان لیبرال حساسیت‌های جامعه را برمی‌انگیخت. به واقع برخی از اعضای دولت موقت نتوانستند خود را با ارزش‌های اسلامی‌ـ انقلابی آن دوران به‌طور کامل هماهنگ کنند و حتی علیه مبانی دینی و انقلابی اظهاراتی کردند. برای نمونه، حسن نزیه در نهم خرداد ماه سال 1358 درباره عدم امکان اجرای قوانین اسلامی می‌گوید: «این نه ممکن و نه مفید و نه خوب است که بخواهیم تمامی مسائل سیاسی‌ـ اقتصادی و حقوقی کشور را براساس موازین و مقررات اسلامی مورد حل و فصل قرار دهیم.»
تأکید حضرت امام(ره) بر اجرای اسلام، به تدریج به مهم‌ترین موضوع مناقشه خط امام و جریان‌های مخالف تبدیل شد، به گونه‌ای که مهندس بازرگان حتی آشکارا ابراز می‌دارد: «هدف اتخاذی دولت موقت خدمت به ایران از طریق اسلام و به دستور اسلام بود، در حالی‌که آقای خمینی برای انقلاب و برای رسالت خود خدمت به اسلام از طریق ایران را اختیار کرده بوده‌اند.»
مرحوم هاشمی‌رفسنجانی نیز در به انحای مختلفی به این مسئله اشاره دارد. از جمله وی در خاطراتش به دیداری اشاره می‌کند و می‌نویسد: «[دوشنبه، 1360/1/17] آقای محمد مجتهدشبستری آمد و بیش از یک ساعت درباره ماهیت اختلاف ما با لیبرال‌ها توضیحاتی می‌خواست. گفتم مسئله بر سر «اسلام فقاهتی» است. آنها این فقه را قبول ندارند و ما راهی در حکومت اسلامی جز با اجرای همین فقه نمی‌بینیم و نمونه‌های زیادی آوردم که این در حقیقت خواست امام است و ما سپر شده‌ایم.»
ریشه بخشی از مخالفت‌ها با اجرای شریعت از سوی برخی از گروه‌های سیاسی را باید در حوزه خصوصی افرادی دید که متولیان و دست‌اندرکاران اداره این احزاب بودند. واقعیت آن است که این افراد به ظاهر مدعی دینداری بودند، وگرنه در زندگی فردی و خصوصی‌شان کمتر نشانه‌ای از متشرع بودن دیده می‌شد. برای نمونه، می‌توان به خانواده بنی‌صدر اشاره کرد که در منزل در برابر نامحرمان بدون حجاب حاضر می‌شدند.