یکی از مهم‌ترین دغدغه‌های حضرت امام خمینی(ره) در طول مبارزه که گاه نشانه‌هایی از آن در کلام و مرام‌شان آشکار می‌شد، نگرانی از نفاق و التقاط بود. ایشان به اسلامی بودن مبارزه اعتقاد داشتند و در این مسیر الگوهای غیراسلامی و التقاطی را قبول نداشتند. از سویی دیگر گروه‌های سیاسی مختلف مایل بودند که حمایت امام را جلب کرده و از این حمایت برای اعتبارسازی خود در نزد افکار عمومی ملت ایران بهره بگیرند. در این وضعیت بود که حساسیت‌ها و دقت نظرات حضرت امام(ره) در مشی و مرام اسلامی مبارزه موجب شد تا بخشی از این گروه‌ها هیچگاه نتوانند حمایت امام را برای خود جلب کنند.
از جمله این گروه‌های سیاسی که اعضای آن در مقطعی تلاش کردند خود را به امام نزدیک کنند، می‌توان به سازمان مجاهدین خلق اشاره کرد. این سازمان نمایندگانی را به دیدار امام(ره) در نجف فرستاد تا ضمن معرفی سازمان به امام، تأییداتی را از ایشان کسب کند. اولین ملاقات نماینده سازمان با امام خمینی(ره) در نجف و در سال ۱۳۴۹ در رابطه با بازداشت ۹ نفر از اعضای سازمان در عراق که یک هواپیما را ربوده و به آن کشور برده بودند، به دست «تراب حق‌شناس» از کادرهای قدیمی سازمان صورت گرفت. اواخر سال ۱۳۵۰ و همزمان با تشکیل دادگاه رهبران و اعضای سازمان نیز «حسین روحانی» عضو مرکزیت که در خارج از کشور به سر می‌برد، طی چند جلسه با امام ملاقات کرد؛ ملاقات‌هایی که بی‌ثمر ماند.
نکته قابل ملاحظه آنکه این مجاهدین در میان یاران امام نیز موافقان و حامیانی داشتند که در طول دهه 1350 تلاش کردند اعتماد امام را نسبت به این گروه حفظ کنند. برای نمونه، مرحوم طالقانی یکی از کسانی بود که به امام نامه نوشت و این سازمان را جوانانی، مانند اصحاب کهف معرفی کرد! مرحوم هاشمی‌رفسنجانی نیز با توجه به اوضاع انقلاب در آن زمان تصور می‌کرد که اگر امام از سازمان مجاهدین خلق حمایت کند، این کار به نفع نهضت اسلامی بود. هاشمی در بخشی از نامه خود به امام که در سال 1350 نوشته شده است، آورده بود:
«بدون کوچک‌ترین تردید بپذیرید که نهضت مقاومت مسلحانه و اقدامات پارتیزانی ایران کاملاً حقیقی، ریشه‌دار، اصیل و متکی به جوانان فداکار و پاک و بی‌آلایش است و دامنه آن به‌قدری وسیع و همه‌جانبه است که به‌موجب اطلاعات موثق، تاکنون حدود ۷۰۰ نفر از پارتیزان‌ها و گروه‌های وابسته به آنان دستگیر شده‌اند و نهضت با این همه زندانی و تلفات به‌صورت روزافزون در توسعه است و هر روز در تهران و شهرستان‌ها حوادث مهمی رخ می‌دهد. مهم اینکه اکثریت نزدیک به تمام این گروه، تحصیلکرده و شاغل هستند. ضمناً برخلاف ادعای دستگاه، تاکنون سند محکمی به دست نیامده که این نهضت ریشه مارکسیستی و کمونیستی داشته باشد. اینها جوانان مسلمان، تحصیلکرده، فداکار، مؤمن، پاک، متعبد و آشنا به معارف اسلام و جهان‌بینی اسلام و صددرصد مذهبی و تا آنجا که ما اطلاع پیدا کرده‌ایم، خالی از نقاط ضعف هستند... اگر ممکن باشد [و] صلاح بدانید، اقدامی جهانی برای نجات این گروه مجاهد و مؤمن بفرمایید که در داخل و هم در خارج تأیید و تقویت اینها محسوب شود، خیلی مؤثر و باارزش خواهد بود.»
واقعیت آن است که سازمان توانسته بود اعتماد بخشی از روحانیت را نسبت به خود کسب کند. به نوشته رسول جعفریان نویسنده کتاب «جریان‌ها و سازمان‌های مذهبی و سیاسی ایران»، از جمله این افراد می‌توان به آقایان منتظری، ربانی‌شیرازی، لاهوتی، فضل‌الله محلاتی، سیدمحمود دعایی، عبدالحسین دستغیب و... اشاره کرد که در مقطعی از آنان حمایت کردند. مرحوم حجت‌الاسلام سیدرضا برقعی از اعضای بیت امام در نجف طی خاطره‌ای به واسطه‌گری‌های برخی از یاران امام برای راضی کردن حضرت امام(ره) به منظور حمایت از سازمان چنین اشاره می‌کند:
«مجاهدین خلق در آغاز در میان مبارزین و حتی بعضی از مقامات فعلی ایران محبوبیت داشتند. چنانکه یکی از همین آقایان در نامه‌ای برای امام، آنها را حافظان قرآن، قاریان نهج‌البلاغه و سمبل مبارزه معرفی کرده بود. بالاخره زمانی فرا رسید که حنیف‌نژاد و عده‌ای دیگر از یارانش دستگیر شده و در شرف اعدام قرار گرفتند. از قضای روزگار، من به همراه عده‌ای از دوستان در بیرونی منزل امام نشسته بودیم که یکی از دوستان که از طرفداران سازمان مجاهدین خلق بود، آمد و گفت که از آقا وقت گرفته‌ام و می‌خواهم به خدمت‌شان برسم. من و یکی دیگر از دوستان نیز فرصت را غنیمت شمرده و به همراه او به خدمت امام وارد شدیم. او از آن بزرگوار درخواست کرد که آقا در مورد حنیف‌نژاد و یاران که در شرف اعدام هستند، اظهارنظر و اعلامیه‌ای بدهید تا ان‌شاءالله رژیم تخفیفی به آنها بدهد.
امام فرمودند: من تصمیم ندارم که در مورد این آقایان صحبتی بنمایم.
او گفت: در این شرایط حساس، تمام مردم ایران چشم‌شان به نجف است و از شما توقع اظهارنظر دارند. مسلماً صحبت شما در نجات آنها مؤثر خواهد شد.
فرمودند: من با مطالعه تصمیم گرفتم که نسبت به این آقایان چیزی نگویم.
گفت: آقا شما راجع به حاج شیخ نصرالله خلخالی که نقش آن چنانی ندارد،نامه دادهاید که ایشان وکیل من است تا دولت عراق ایشان را اذیت نکند؛ ولی راجع به این جوان‌هایی که جان‌شان را کف دست گرفته و به میدان مجاهده آمده‌اند، چیزی نمی‌گویید؟!
فرمودند: حاج شیخ نصرالله خلخالی وکیل من است و به خاطر من گرفتار شده بود. ایشان رفیق چهل ساله من است این چه مسئله‌ای دارد که شما بگویید که چرا برای ایشان نوشتم! و نسبت به این آقایان نمینویسم! من اگر بنا بود موضعی بگیرم موضع مخالف می‌گرفتم.
گفت: یعنی نسبت به این جوان‌هایی که در این شرایط اختناق با رژیم پهلوی مبارزه می‌کنند، موضع مخالف میگرفتید؟!
امام به تندی فرمودند: من مبارزهای را که کمونیست می‌کند، قبول ندارم. من از جریان فکری منحرف حمایت نمیکنم.
او گفت: آقا از کجا می‌دانید؟! به شما گزارش بد دادهاند.
امام در حالی که به کتابی روی میز اشاره میکردند، فرمودند: گزارش بد کدام است. مگر این کتاب را شما برای من نیاورده‌اید؟ این کتاب به غیر از آن کلمه «به نام خدا»، بقیه اش همه مبانی «مائو» است. شما نمیفهمید، این افکار التقاطی است که اینها کار ما را عقب انداختند، نهضت را عقب انداختند!
امام در اینجا صحبت را تمام کردند. من و دوستم که به همراه آن آقا به خدمت ایشان رسیده بودیم، دیدیم که کلاه سر ما رفته است و از همه جا بی‌خبر همراه او شده‌ایم. به این خاطر ما نشستیم تا این که آن شخص از خدمت امام مرخص شد. پس از رفتن او، به آقا عرض کردیم که خدا شاهد است ما برای این مسائل نیامده بودیم. ما در بیرونی نشسته بودیم که این آقا خواستند شرفیاب شوند و ما هم خواستیم از فرصت استفاده کرده و زیارتی بکنیم.
امام فرمودند: اینها معلومات ندارند و اسلام را وارونه معرفی می‌کنند.»