حضرت امام خمینی(ره) با همه توان به دنبال اجرای شریعت در جامعه بود. این اصرار هم بر آمده از باورهای اسلام‌خواهانه ایشان بود که تنها راه سعادت بشریت و ساختن جامعه سالم را در عمل به آموزه‌های می‌دانستند و هم اینکه بر عهدی که در تمامی مراحل نهضت اسلامی با ملت بسته بودند، اصرار داشتند. اما این عمل به اسلام با نوعی تحجر و قشری‌گری و اشعری‌گری ملازم نبود که چهره‌ای کهنه و عبوس و عقب‌مانده از اسلام ارائه کند؛ بلکه با تدبیر و عقلانیت‌هایی همراه بود که با مقتضیات زمان تطابق داشت، به گونه‌ای که عمل به احکام اسلامی موجب وهن دین نشود. به واقع، رویکردی حکیمانه با احکام شریعت اسلامی داشتند و در عملی شدن آن مصلحت نظام اسلامی و مقتضیات زمانه را نیز در نظر می‌گرفتند. البته چنین تدبیری در نگاه شرعی حضرت امام جزئی از دین بوده و عملی خارج از چارچوب شرع به حساب نمی‌آید. نمونه‌های فراوانی از نظرات شرعی حضرت امام(ره) در این زمینه می‌توان برشمرد که از حکمت و فهم شرایط زمانه حکایت دارد. برای نمونه، آیت‌الله سیدحسین موسوی‌تبریزی، دادستان کل انقلاب در سال‌های ١٣۶٠ تا ١٣۶٣ می‌گوید: امام خمینی اجازه اجرای حکم رجم (سنگسار) و بریدن انگشت را نداد. وی اتفاقی را که به مخالفت امام با اجرای حکم سنگسار منجر شده، اینطور روایت کرده است: «خانمی را در کرمان رجم کردند، آن موقع خبرنگاران دنیا به ایران می‌آمدند. از آن ماجرای رجم یک فیلم هم ساخته شد، مرحوم آقای بهشتی ناراحت شده بود. یادم است که آن موقع، اوایل انقلاب سال 1358 بود و من قاضی دادگاه انقلاب تبریز بودم. خدمت امام رسیدم و عرض کردم که آقا، حتماً این خبرها را شنیده‌اید. ما باید در مورد رجم و اینطور احکام اسلام چه کار کنیم؟ وقتی چهار نفر شاهد باشند یا خود متهم چهار بار اعتراف کند و متأهل باشد، حکم رجم را اجرا کنیم یا نه؟ امام فرمود نه، اجرا نکنید. گفتم آقا چطور؟ امام گفت: «این چیزها ثابت نمی‌شود». گفتم آقا اگر خودش بیاید و اعتراف کند؟ فرمودند: «اگر شما اعتراف نگیرید، اعتراف نمی‌کند». بعد گفتند: «اعتراف گرفتن و اینکه به زور به کسی بگویی که این گناه را کرده‌ای، حرام است». البته زمانی گناه موضوعی اجتماعی یا جاسوسی است، فرق می‌کند؛ ولی موضوع شخصی، مانند مشروب خوردن، معذرت می‌خواهم، زنا و لواط و مانند این. امام در مورد این احکام فرمودند: «پرسیدنش هم حرام است. شما چه کار دارید؟ شما چرا باید اسرار مردم را فاش کنید؟» گفتم حالا فرض کنید یک آدمی بخواهد توبه کند، در زمان حضرت امیر هم شده است که کسی آمده و با اصرار گفته که من می‌خواهم پاک شوم. البته نزد من تا به حالا چنین موضوعی انجام نشده است، ولی در تاریخ آمده است. حضرت امام گفت: «نه، شما بگو توبه کن، خدا قبول می‌کند». حضرت امیر هم همین را گفت، یک بار گفت برو، دو بار، سه بار، حضرت امیر هم می‌خواست که این [مجازات] انجام نشود. به هرحال امام گفت این احکام را اجرا نکنید. من باز اصرار کردم اگر تمام مقدمات این حکم روشن باشد، چه کار باید انجام داد؟ گفت: حداقل رجم نکنید. در ماجرای انگشت بریدن هم ایشان فرمود که اجرا نکنید. تا زمانی که من دادستان کل انقلاب بودم، هم در تبریز و هم در جاهای دیگر، رجم و انگشت بریدن اجرا نشد. از آن وقت به بعد هم، در کل ایران رجم و انگشت بریدن اجرا نشد، تا بعد از آقای اردبیلی که آقای یزدی آمد، من می‌دانم که حکم رجم را در بعضی جاها اجرا کردند.»
در همین راستا آقای سیدمحمد موسوی‌بجنوردی که سال‌ها عضویت شورای عالی قضایی بود نیز نقل می‌کند: «در همان اوایل سال 1360 بود که سمیناری در یکی از کشورهای اروپایی برگزار شده بود که به عنوان اثبات اینکه اسلام دین خشونت است، مسئله رجم را مطرح کرده بودند، من خدمت امام رفتم و جریان را به ایشان عرض کردم و ایشان فرمودند چه طرحی دارید؟ گفتم اگر اجازه بدهید به ما در دادگاه‌ها حکم رجم را صادر نکنند، یک شق دیگری را بگیرند. امام فرمودند که این کار را بکنید. من عرض کردم ما این را به شما نسبت می‌دهیم که شما فرموده‌اید، گفتند اشکالی ندارد. من آمدم در شورای‌عالی قضایی مسئله را نقل کردم و شورای‌عالی هم آن را بخشنامه کردند برای همه کشور.»
حضرت امام(ره) بر دقت نظر در اجرای احکام اسلام تأکید داشتند و بر این باور بودند که شریعت باید به گونه‌ای اجرا شود که چهره اسلام مخدوش نشود. به ویژه آنکه دشمنان اسلام و انقلاب اسلامی نیز مترصد فرصتی برای هجمه به تفکر اسلامی هستند. برای نمونه، ایشان در جمع شرکت‌کنندگان در سمینار دادگاه‌های انقلاب و حکام شرع سراسر کشور، خطاب به قضات دادگاه‌ها اینگونه هشدار می‌دهند: «چنانچه خدای نخواسته به طور دقیق؛ به طور شایسته عمل نشود، علاوه بر مسئولیت شرعیه نسبت به اصل قضیه، یک مسئولیت بزرگ‌تری هم هست و آن این است که شما قاضی در جمهوری اسلامی هستید و ممکن است که جمهوری اسلامی در خطر بیفتد؛ یعنی وِجههاش یک وِجهه ناشایستهای بشود. شما میدانید که الآن اشخاص مختلف با اغراض شیطانی درصدد این هستند که این چهره اسلامی جمهوری را مُشوَّه کنند. یکی از راه‌های مشوَّه شدن، همین دادگاه‌هاست که اگر خدای نخواسته در دادگاه‌ها یک امر خلافی واقع بشود، این فقط به دادگاه صدمه نمی‌زند، به جمهوری فقط صدمه نمی‌زند، به اسلام ضربه میزند؛ صدمه، صدمه به اسلام است.» (1358/7/20)
توجه به مصلحت در اجرای شریعت را می‌توان در تذکرات حضرت امام(ره) به شورای نگهبان نیز مشاهده کرد. شورایی که وظیفه ذاتی آن تضمین شرعی بودن قوانین مصوب مجلس شورای اسلامی است و تا تأیید این شورا نباشد، هیچ مصوبه مجلسی به قانون کشور تبدیل نخواهد شد. حضرت امام با صراحت می‌نویسند: «تذکری پدرانه به اعضای عزیز شورای نگهبان می‌دهم که خودشان قبل از این گیرها، مصلحت نظام را در نظر بگیرند، چرا که یکی از مسائل بسیار مهم در دنیای پرآشوب کنونی نقش زمان و مکان در اجتهاد و نوع تصمیم‌گیری‌هاست. حکومتْ فلسفه عملی برخورد با شرک و کفر و معضلات داخلی و خارجی را تعیین می‌کند و این بحث‌های طلبگی مدارس، که در چارچوب تئوری‌هاست، نه تنها قابل حل نیست، که ما را به بن‌بست‌هایی می‌کشاند که منجر به نقض ظاهری قانون اساسی می‌گردد. شما در عین اینکه باید تمام توان خودتان را بگذارید که خلاف شرعی صورت نگیرد‌ـ و خدا آن روز را نیاورد‌ـ باید تمام سعی خودتان را بنمایید که خدای ناکرده اسلام در پیچ و خم‌های اقتصادی، نظامی، اجتماعی و سیاسی، متهم به عدم قدرت اداره جهان نگردد. خداوند به همه اعضای محترم مجمع تشخیص مصلحت توفیق دهد تا هرچه بهتر به اسلام خدمت کنید.» (1367/10/8)