یکی از مهم‌ترین موانع آزاداندیشی و بسط و پیشرفت و ماندگاری یک تفکر، وجود رگه‌ها و نشانه‌هایی از ایستا و ماندگاری است که از آن با عنوان تحجر و قشری‌گری در اندیشه یاد می‌کنند. «تَحَجُّر» در لغت به معنای سنگ شدن و در اصطلاح به معنای امتناع انسان از پذیرش حق و روی‌گردانی از حقیقت است و نقطه مقابل آن شرح صدر است. تَحَجُّر از نظر اسلام امری مذموم و در آیات قرآن از آن به قساوت قلب تعبیر شده است. تحجر نه تنها مانع زایش اندیشه نزد صاحب آن است، بلکه مانعی برای بسط دیگر اندیشه‌ها نیز هست. تصلب ذاتی اندیشه متحجران از آنان دشمنانی سرسخت و همیشگی در پیشگام متفکران و اندیشمندان ساخته است و همواره آزاداندیشان به دست متحجران در تنگنا قرار گرفته و با حکم تکفیر به قربانگاه رفته‌اند!
تحجر همواره تلاش دارد به خود رنگ تقدس ببخشد و این تقدس معمولاً پشتوانه‌هایی الهی و دینی برای خود دست و پا کرده است. آمیختگی تحجر و تقدس دینی، یکی از تلخ‌ترین داستان‌های تاریخ است که فرجامی خونین برای بزرگان اندیشه به همراه داشته است. این جریان‌های قشری در برابر هر نوع تحول و اجتهاد ایستاده‌اند و با نوعی واپس‌گرایی، چهره‌ای خشن از خود ظهور و بروز داده‌اند که آخرین آنان را می‌توان در شکل‌گیری سلفی‌گری و وهابیت در جهان اسلام مشاهده کرد. نمونه‌های تاریخی در مسیحیت و در قرون وسطی نیز در این باره بسیار است که حاصلی جز عقب‌ماندگی و جاهلیت و جنایت به همراه نداشته است.
تحجر تنها در قامت تقدسات دینی عیان نشده است. تصلب و تقدس متحجران جدید در قرن نوزدهم و بیستم میلادی در لباس علم‌گرایی و پوزیتیویسم سر برافراشت و مخالفان خود را با برچسب ضدیت با علم و عقل ابزاری، تکفیر کرد! امروز این تصلب و تک بعدی دیدن هستی با سلاح علم تجربی، خود به آفتی در مسیر آزاداندیشان عالم بدل شده است، به گونه‌ای که چارچوب‌هایی، چون ساینتیسم، اومانیسم، سکولاریسم و ارزش‌های لیبرالیستی را آیات مقدسی برای همه جهانیان می‌خوانند و از جهانی شدن سخن می‌گویند و ارزش‌های دیگر جوامع را به رسمیت نمی‌شمارند. تحجر مدرن نیز پیوندی ناگسستنی با خشونت دارد؛ هرچند نقابی دروغین از آزادی و برابری و حقوق بشر بر چهره‌اش زده است و اگر چنین نبود، شاهد این همه جنایت در اقصی نقاط جهان در طول یک قرن گذشته نبودیم!
حضرت امام خمینی(ره) در مقام رهبر و پرچم‌دار آزاداندیشی و اجتهاد پویای فقه اسلامی که همواره در برابر جریان تحجر و واپس‌گرایی قرار داشته، با طعن و خشم و عداوت آنان مواجه شده است. حضرت امام(ره) با تبیین مرزهای اسلام ناب محمدی(ص) از اسلام آمریکایی، شاخص‌های این دو نوع اسلام را شرح داد که یکی از ویژگی‌های اسلام آمریکایی، همان اسلام تحجر و واپس‌گرایی بود. ایشان در پیامی که به مناسبت شهادت سیدعارف‌حسین حسینی، از رهبران شیعیان پاکستان صادر کردند، در باب اهمیت تبیین مرزهای این دو گونه اسلام می‌فرمایند: «راه مبارزه با اسلام آمریکایی از پیچیدگی خاصی برخوردار است که تمامی زوایای آن باید برای مسلمانان پابرهنه روشن گردد؛ که متأسفانه هنوز برای بسیاری از ملت‌های اسلامی مرز بین «اسلام آمریکایی» و «اسلام ناب محمدی» و اسلام پابرهنگان و محرومان، و اسلام مقدس‌نماهای متحجر و سرمایه‌داران خدانشناس و مرفهین بیدرد، کاملاً مشخص نشده است و روشن ساختن این حقیقت که ممکن نیست در یک مکتب و در یک آیین دو فکر متضاد و رودررو وجود داشته باشد، از واجبات سیاسی بسیار مهمی است، که اگر این کار توسط حوزه‌های علمیه صورت پذیرفته بود، به احتمال بسیار زیاد سید عزیز ما، عارف حسین، در میان ما بود.» (1367/6/14)
حضرت امام(ره) در نامه تاریخی خود به سیدحمید روحانی ضمن مأمور کردن وی به تدوین تاریخ انقلاب اسلامی، بار دیگر مسئله تحجر و واپس‌گرایان را گوشزد می‌کنند و از وی می‌خواهند تا خیانت‌های تاریخی را که این جریان علیه مکتب تشیع انجام داده‌اند، برای ماندگاری در تاریخ ثبت کند. حضرت امام(ره) چنین می‌نویسند: «اگر شما میتوانستید تاریخ را مستند به صدا و فیلم حاوی مطالب گوناگون انقلاب از زبان تودههای مردم رنجدیده کنید، کاری خوب و شایسته در تاریخ ایران نمودهاید. باید پایههای تاریخ انقلاب اسلامی ما چون خود انقلاب بر دوش پابرهنگان مغضوب قدرت‌ها و ابرقدرت‌ها باشد. شما باید نشان دهید که چگونه مردم، علیه ظلم و بیداد، تحجر و واپس‌گرایی قیام کردند و فکر اسلام ناب محمدی را جایگزین تفکر اسلام سلطنتی، اسلام سرمایه‌داری، اسلام التقاط و در یک کلمه اسلام آمریکایی کردند. شما باید نشان دهید که در جمود حوزه‌های علمیه آن زمان که هر حرکتی را متهم به حرکت مارکسیستی و یا حرکت انگلیسی میکردند، تنی چند از عالمان دین باور دست در دست مردم کوچه و بازار، مردم فقیر و زجر کشیده گذاشتند و خود را به آتش و خون زدند و از آن پیروز بیرون آمدند. شما باید به روشنی ترسیم کنید که در سال 41، سال شروع انقلاب اسلامی و مبارزه روحانیت اصیل در مرگ‌آباد تحجر و تقدس‌مآبی چه ظلم‌ها بر عدهای روحانی پاک‌باخته رفت، چه نالههای دردمندانه کردند، چه خون دل‌ها خوردند، متهم به جاسوسی و بیدینی شدند ولی با توکل بر خدای بزرگ کمر همت را بستند و از تهمت و ناسزا نهراسیدند و خود را به توفان بلا زدند و در جنگ نابرابر ایمان و کفر، علم و خرافه، روشنفکری و تحجرگرایی، سرافراز‌ـ ولی غرقه به خون یاران و رفیقان خویش‌ـ پیروز شدند.» (1367/10/25)
اوج افشاگری و انزجار حضرت امام(ره) از این جریان انحرافی را می‌توان در پیامی مکتوب از حضرت امام(ره) مشاهده کرد که آن را خطاب به روحانیت و بزرگان حوزه‌های علمیه نوشته‌اند. این پیام ماندگار که جزء مهم‌ترین آثار قلمی ایشان نیز به شمار می‌آید و به نام «منشور روحانیت» شهرت یافته است، در آخرین روزهای زندگی پربرکت‌شان و قریب به صد روز قبل از ارتحال ایشان به رشته تحریر درآمده است. حضرت امام(ره) در این کلام با صراحت تمام طلاب انقلابی را از خطر نفوذ مروجان اسلام آمریکایی در حوزه‌های علمیه یاد می‌کنند و می‌فرمایند: «در حوزه‌های علمیه هستند افرادی که علیه انقلاب و اسلام ناب محمدی فعالیت دارند. امروز عدهای با ژست تقدس‌مآبی چنان تیشه به ریشه دین و انقلاب و نظام میزنند که گویی وظیفهای غیر از این ندارند. خطر تحجرگرایان و مقدس‌نمایان احمق در حوزه‌های علمیه کم نیست. طلاب عزیز لحظهای از فکر این مارهای خوش خط و خال کوتاهی نکنند، اینها مروّج اسلام آمریکاییاند و دشمن رسول‌اللّه. آیا در مقابل این افعی‌ها نباید اتحاد طلاب عزیز حفظ شود؟» (1367/12/3)