حضرت امام(ره) از همان ابتدای شکل‌گیری نظام جمهوری اسلامی باب گفت‌وگو با همه جریان‌های سیاسی را که انقلاب اسلامی ملت ایران را پذیرفته بودند، باز گذاشتند. ایشان ضمن انتقادی که به رفتارهای برخی گروه‌ها و جریان‌های سیاسی داشتند، هیچ گاه این باب را نبستند و اجازه دادند تا حرف‌ها زده شده و حجت تمام شود. امام(ره) تلاش کردند از این طریق از آتش اختلافات و کدورت‌ها بکاهند و به نوعی زبان مصالحه و گفت‌وگو را جایگزین آن کنند. نمونه برجسته چنین فتح بابی را می‌توان در قبول درخواست سازمان مجاهدین خلق برای ملاقات با امام(ره) مشاهده کرد که حاصل آن برگزاری نشست پنج‌شنبه، 6 اردیبهشت 1358 بود که اعضای سازمان به منزل امام(ره) در قم رفتند. این دیدار بدون حضور خبرنگاران برگزار شد، لذا شرح مذاکرات به صورت مفصل و جزئی منتشر نشد و روزنامه‌های سراسری خبری بسیار کوتاه و چند خطی را منتشر کردند.
با توجه به ارتداد بخش اعظمی از نیروهای سازمان در سال‌های گذشته و برای جلوگیری از هر گونه شائبه‌ای در مبانی دینی باقیمانده سازمان، امام(ره) از مسئولان سازمان خواسته بودند تا مواضع اعتقادی خود را رسماً اعلام کنند و سپس به ملاقات ایشان بروند؛ لذا سازمان در قالب یک اطلاعیه و یک نامه به امام(ره)، مبانی عقیدتی خود را اعلام کرد. طبق این خبر، مسعود رجوی امام را نصیحت کرده بود که از قدرت سیاسی و معنوی خود در مسیر خدا و مردم استفاده کند و متذکر شده بود مجاهدین خلق، اسلام‌شان را در میادین جهاد و جوخه‌های اعدام و شکنجه پیدا کرده‌اند. تنها چیزی که از صحبت‌های حضرت امام(ره) منتشر شد، این بود: «اسلام بیش از هر چیزی به آزادی عنایت دارد و در اسلام، خلاف آزادی نیست، الّا در چیزهایی که مخالف با عفت عمومی است.»
اما بعدها کسانی که در جلسه حضور داشتند یا برخی اعضای سازمان که نوار مخفیانه ضبط شده جلسه توسط سازمان را شنیده بودند، اذعان کردند امام(ره) در این دیدار با قاطعیت صحبت کرده و از آنان خواسته بودند مبتنی بر حرکت ملت ایران در خط اسلام حرکت کنند. بعدها موسی خیابانی، در نواری که چند روز پیش از کشته شدنش پر کرده بود، به این دیدار هم اشاره کرده و گفته بود: «خمینی گفت من تاکنون بر علیه شما حرفی نزده‌ام، اما هر وقت که ببینم که شما خارج از اسلام هستید، خواهم گفت.»
این دیدار با توجه به عملکرد مجاهدین خلق در آن مقطع حتی با انتقادات یاران امام(ره) همراه شد که چگونه آن حضرت حاضر شده‌اند این افراد را به حضور بپذیرند؟! اما منطق امام(ره) از آنجا که مبتنی بر مدارا و هدایت و جذب حداکثری تعریف شده بود، این دیدار را فرصتی برای اثرگذاری و در نهایت اتمام حجت می‌دید؛ بنابراین ایشان در پاسخ به اعتراض منتقدان در جلسه‌ای فرمودند: «یکی اینکه من احتمال می‌دادم که اینها مطلبی داشته باشند که به گوش من نرسیده باشد و بعد بگویند ما مطالبی داشتیم و امام وقت نداد به گوش او برسانیم و اگر می‌گفتیم امام قبول می‌کرد. من چرا باید این فرصت را از اینها بگیرم؟ باید اینها می‌آمدند و می‌گفتند. دوم اینکه من خودم مطالبی داشتم که باید به اینها می‌گفتم به عنوان اتمام حجت، که خدای نکرده بعدها دل خودم نماند که چرا حرف‌هایم را به اینها نگفتم و اینها نگویند که امام حرف‌هایش را به ما نگفته بود و آنها هم آنجا به من قول دادند که حرف‌های مرا برای دوستان‌شان هم نقل کنند.»
هرچند این اولین و آخرین دیدار مجاهدین خلق با حضرت امام(ره) پس از پیروزی انقلاب اسلامی بود، اما حضرت امام(ره) هیچ گاه باب گفت‌وگو را نبستند و تلاش کردند با راهنمایی‌ها و نصیحت‌های‌شان، در جهت حفظ همه گروه‌های سیاسی در دایره نیروهای انقلاب و همسو با اکثریت ملت ایران حرکت کنند؛ اما این جریان‌های سیاسی واگرا بودند که روز به روز خود را از امام جدا کردند! حجت‌الاسلام سیدهادی خسروشاهی که خود از فعالان سیاسی آن دوران است، در این باره می‌گوید: «امام خمینی در هر فرصتی، علاوه بر سفارش‌ها و نصیحت‌های عام و در سخنرانی‌ها برای مردم، به طور خاص هم بنی‌صدر و هم مجاهدین را به نیکی، اصلاح و وحدت و دفاع از انقلاب و اسلام دعوت نمود. اما وقتی هدف، رسیدن سریع به قدرت باشد، این نصایح ثمربخش نمی‌توانست باشد.»
در همین دوران که حضرت امام(ره) مستمر همه گروه‌های سیاسی را به مدارا و گفت‌وگو و پایبندی به قانون دعوت می‌کند، سازمان مجاهدین امام و یارانش را به خشونت‌طلبی متهم کرده و مدعی می‌شود: «این ارتجاع است که اشتهای سیری‌ناپذیری در جنگ‌افروزی و ایجاد کشت و کشتار علیه ملیت‌های تحت ستم ما دارد... نغمه‌های شوم سرکوب را چه جریانی سر می‌دهد؟ و کدام جناح آتش جنگ را هر روز مشتعل‌تر می‌کند؟»
ماه‌ها بعد در روزگاری که زد و خوردها و تظاهرات خیابانی اعضای سازمان مجاهدین خلق اخبار هر روز مطبوعات در بهار سال1360 بود، سازمان طی نامه‌ای در دهم اردیبهشت 1360 خطاب به حضرت امام(ره)، خواستار راهپیمایی به سوی جماران شد! سران سازمان با تحلیل غلطی که داشتند؛ فکر می‌کردند اگر امام این درخواست را بپذیرد، آنها با میلیشیای خود قدرت‌نمایی خواهند کرد و اگر نپذیرد، مردم خواهند گفت سازمان می‌خواست به تفاهم برسد و کشور دچار تفرقه و بحران نشود و امام آن را قبول نکرد!... ولی امام پاسخی دادند که سازمان اگر آن را می‌پذیرفت، همه مشکلات سیاسی برطرف شده و خود نیز مانند بقیه احزاب به فعالیت خود ادامه می‌داد و بالاخره روزی با ابراز حسن نیت به آرزوی خود می‌رسید. امام(ره) در 21 اردیبهشت 1360 در سخنرانی خود گفتند: «آنهایی که این‌طور هم با قلم‌های‌شان علاوه بر تفنگ‌های‌شان با ما معارضه دارند، ما به آنها کراراً گفته‌ایم و حالا هم می‌گوییم که مادامی که شما تفنگ‌ها را در مقابل ملت کشیده‌اید، یعنی در مقابل اسلام با اسلحه قیام کرده‌اید، نمی‌توانیم صحبت کنیم و نمی‌توانیم مجلسی با هم داشته باشیم. شما اسلحه‌ها را زمین بگذارید و به دامن اسلام برگردید، اسلام شما را می‌پذیرد... در آن نوشته‌ای که نوشته‌اید، باز ناشی‌گری کردید و ما را تهدید به قیام مسلحانه کردید. ما چه طور با کسانی که قیام مسلحانه بر ضد اسلام می‌خواهند بکنند، می‌توانیم تفاهم کنیم؟... اسلام دین رحمت است، دین علل است، دیانت قانون است، شما به قوانین اسلام سر بگذارید، گردن فرو بیاورید؛ کشور اسلامی ما همه شما را می‌پذیرد. من هم که یک طلبه هستم، با شما حاضرم که در یک جلسه نه... در ده‌ها جلسه با شما بنشینم و صحبت کنم... و من اگر در هزار احتمال یک احتمال می‌دادم که شما دست بردارید از آن کارهایی که می‌خواهید انجام بدهید، حاضر بودم که با شما تفاهم کنم و من پیش شما بیایم، لازم هم نبود شما پیش من بیایید و حالا هم به موجب حکم اسلام نصیحت به شما می‌کنم شما در مقابل این سیل خروشان ملت نمی‌توانید کاری انجام بدهید... برگردید به دامن اسلام... دست بردارید از قیام مسلحانه... مادامی که اسلحه در دست شماست... تهدید به قیام می‌کنید، ما نمی‌توانیم از شما این طور مسائل را قبول کنیم.»
این اوج صداقت امام(ره) بود که حاضر است ده جلسه با آنها به گفت‌وگو بنشیند و رهبری سازمان اگر صداقت و تعقل داشت، این پیشنهاد امام(ره) را می‌پذیرفت و کار به 30 خرداد 1360 نمی‌رسید.