ماه‌های آخر سال ۱۳۵۸، تقویم تاریخ انقلاب در وضعیت کاملاً حساسی قرار گرفته بود؛ چرا که شهرها و بخش‌های متعدد استان‌های مرزی ایران درگیر اغتشاشات گروه‌های سیاسی مسلح ضد انقلاب بود و تمامیت ارضی کشور در معرض خطر تجزیه قرار داشت. از طرفی ارتش و نظام دفاعی کشور اوضاع نابسامان و به هم ریخته‌ای داشت. در آن روزهای بحرانی، وضعیت جسمانی امام خمینی(ره)، رهبر کبیر انقلاب مساعد نبود و ایشان در بیمارستان بستری بودند؛ به همین دلیل حضرت امام(ره)، آیت‌الله خامنه‌ای و مرحوم هاشمی‌رفسنجانی را مأمور راه‌اندازی شورایی برای فرماندهی کل قوا کردند. آقایان پس از چند جلسه با مسئولان وقت نظام به این نتیجه رسیدند که با توجه به تهدیدهای خارجی و ناامنی‌های داخلی بر حسب ضرورت، رئیس‌جمهور به سمت فرماندهی کل نیروهای مسلح منصوب شود. در همین راستا، حضرت امام(ره) به منظور برخوردار شدن نظام از تمرکز قوا این راهکار را پذیرفتند و در تاریخ 30 بهمن 1358 طی پیامی حکم ذیل را صادر فرمودند: «جناب آقای بنی‌صدر، رئیس جمهور ایران. در این مرحله حساس که احتیاج به تمرکز قوا بیشتر از هر مرحله‌ای است، جناب‌عالی به نمایندگی اینجانب به سمت فرماندهی کل نیروهای مسلح به ترتیبی که قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران تعیین کرده است، منصوب می‌شوید. » (صحیفه امام، جلد دوازدهم، ص 157)
البته منظور کلی از سپردن این مسئولیت به بنی‌صدر انعکاس آن در سطح نظام بین‌الملل بود تا جایگاه رئیس‌جمهور را در موضع‌گیری‌ها مهم بدانند و حمایت رهبری بر همگان معلوم شود. اما بنی‌صدر با این حکم هم نسبت به تمرکز قوا با مسئولان وقت نظام هماهنگ نشد و تهدیدات خارجی و داخلی را جدی نگرفت؛ به ویژه در آغاز سال ۱۳۵۹ بروز حوادث مهمی، چون قطع رابطه با آمریکا، حمله ناموفق آمریکا در طبس، روی کار آمدن صدام حسین در حاکمیت عراق و آرایش نظامی گرفتن ارتش بعثی در مرزهای ایران به خوبی گویای جدی بودن تهدیدات بود؛ اما وی در پاسخ به هر گزارشی در این زمینه می‌گفت، عراق جرئت نمی‌کند به مرزهای ایران تجاوز کند؛ چون مجامع بین‌المللی او را محکوم می‌کنند. به این ترتیب، بنی صدر با ذکر چنین جملاتی از کنار تهدیدات عبور می‌کرد. وقتی هم که در روز 31 شهریور 1359 جنگ تحمیلی آغاز شد، او و مشاورانش معتقد بودند باید دزفول را حفظ کرد تا استان خوزستان سقوط نکند؛ به همین دلیل جایگاهی برای او در دزفول آماده و وی در آنجا مستقر شد با این شعار که «ما زمین می‌دهیم و زمان می‌گیریم»؛ این در حالی است که در آن روزها داشتیم هر دو را از دست می‌دادیم و بخش‌های مهمی از پنج استان در جنوب غرب و شمال غرب در اشغال متجاوزان قرار گرفته بود. همچنین، جمعیت کثیری از مردم شهر و روستاها در بیابان‌ها آواره شده بودند و نیروهای مردمی درگیر جنگ بودند؛ در این وضعیت، وی راهکار مقابله با دشمن متجاوز تا بن دندان مسلح را جنگ کلاسیک می‌دانست. این امر با توجه به وضعیت آن روزهای کشور غیر ممکن بود و تجربیات و عملکرد بنی‌صدر هم، چنین مسئله‌ای را ثابت کرد که عملیات‌های او را جداگانه به بحث خواهیم گذاشت.