با شروع کار دولت شهید رجایی، حزب بعث عراق جنگ تحمیلی را آغاز کرد. در مباحث گذشته تا حدودی به برخی از موضوعات و نقش دولت در جنگ تحمیلی اشاره شد؛ اما گفتنی است، برخی از موارد آن با اختصار بیان می‌شود.
1ـ بنی‌صدر همچنان محور اختلافات باقی بود. هنگامی که طرح‌های او به ویژه در عملیات آزادسازی هویزه شکست خورد، دیگر جنگ را جدی نمی‌گرفت و بیش از هر مسئله‌ای دنبال مذاکره با متجاوزان بود و می‌گفت برویم سر میز مذاکره با دشمن بنشینیم. وی با این عنوان به امام(ره) پیشنهاد پایان جنگ را می‌داد. بنی‌صدر چون با مجلس ، دولت شهید رجایی و اعضای شورای عالی دفاع و نهاد سپاه پاسداران و سایر مسئولان کشور نمی‌توانست هماهنگ شود، کشمکش و اختلاف را سرعت بیشتری داده بود؛ به گونه‌ای که در یک بن‌بست راهبردی درمانده شده بود و با گروهک‌های سیاسی مسلح هم‌صدایی می‌کرد و به آنها چراغ سبز نشان می‌داد که عاقبت به آن سمت غلتید.
2ـ تعطیلی مراکز صنعتی و اقتصادی دولت هم معضل دیگری بود که با بمباران کارخانه‌ها و مراکز تولیدی و صنعتی، به تعطیلی آنها انجامیده بود. از آنجایی که در شرایط جنگی مراکز صنعتی و تولیدی یک هدف برای دشمن به شمار می‌آمد و خطر بالقوه‌ای هم برای دیگر کارخانجات و مناطق مسکونی به شمار می‌رفت، حتی بسیاری از کارخانه‌هایی که از حملات دشمن در امان بودند، به دلیل نرسیدن مواد اولیه از انجام کار بازمانده بودند.
3ـ شرایط جنگی گروهی را به فکر کسب سود انداخته بود و به عبارتی برای‌شان فرصت سودآوری فراهم شده بود؛ احتکار اجناس و ایجاد کمبود با هدف گران‌تر کردن قیمت کالاها یکی از اقدامات آنان بود. از این رو مقابله با احتکار و مجازات محتکران به منزله سیاست رسمی نهادهای دولتی و انقلابی قانونی شد؛ برای نمونه، حاکم شرع دادگاه‌های امور صنفی اخطار داد به کسانی که گران‌فروشی می‌کنند و بیش از حدی که شرعاً برای اجناس تعیین شده، اجناس خود را بفروشند، طبق مصوبه شورای عالی قضایی [وقت] جنس آنها حراج می‌شود و سود غیر شرعی اجناس مصادره شده و ده برابر سود نامشروع جریمه خواهند شد. همچنین، کسانی که اجناس را احتکار کنند، کالای آنها به نفع بیت‌المال حراج شده و ۱۰ درصد بهای جنس به عنوان جریمه از آنها اخذ خواهد شد؛ در صورتی که احتکارکننده دستگیر شود، افزون بر مجازات‌های دیگر، تصویر وی از سیمای جمهوری اسلامی پخش خواهد شد.
4ـ مبارزه با فساد و گران‌فروشی و کسانی که در مراکز دولتی تولید و توزیع اجناس حضور داشتند و با فعالیت‌های غیرقانونی اقتصاد کشور را مختل می‌کردند. برای نمونه، با دستگیری راننده یک تانکر که به فروش غیرقانونی بنزین دولت پرداخته بود، راز یک باند بزرگ فروش بنزین قاچاق که چند نفر از کارکنان پالایشگاه تهران با آنها همکاری داشتند، فاش شد و تحقیقات وسیعی برای شناسایی و دستگیری این باند آغاز شد.