انقلاب نوپای اسلامی از همان ابتدا با مخالفانی جدی مواجه بود که با تغییر رژیم ستمشاهی منافع‌شان را از دست رفته می‌دیدند. در صدر اینها، کشورهای استعمارگر غربی، آمریکا و رژیم صهیونیستی قرار داشتند که نقشه‌های متوهمانه آنان در خاورمیانه نقش بر آب شده بود[...]
انقلاب نوپای اسلامی از همان ابتدا با مخالفانی جدی مواجه بود که با تغییر رژیم ستمشاهی منافع‌شان را از دست رفته می‌دیدند. در صدر اینها، کشورهای استعمارگر غربی، آمریکا و رژیم صهیونیستی قرار داشتند که نقشه‌های متوهمانه آنان در خاورمیانه نقش بر آب شده بود. بنابراین، برای براندازی نظام اسلامی استفاده از هر حربه‌ای را مجاز دانسته که از جمله آنها تلاش برای کودتا بود. کودتا البته نیازمند ایادی داخلی بود و در این میان بقایای رژیم منحوس پهلوی و گروه‌های سیاسی قدرت‌طلب بهترین یاوران بیگانگان بودند. در بررسی ابعاد کودتاهای طرح‌ریزی شده در سال‌های ابتدایی پیروزی انقلاب اسلامی، ردّ پای گروه‌های سیاسی‌ای به چشم می‌خورد که همواره نظام اسلامی و حضرت امام(ره) را به برخوردهای حذفی و خشونت‌آمیز متهم می‌کردند.
هنوز چند روزی از پیروزی انقلاب نگذشته بود که اسرار کودتای «سپهبد رحیمی» که قرار بود در شب 22 بهمن صورت گیرد، کشف شد و به اطلاع مردم رسید. در اوضاع نابسامان آن روزها، فضا چنان برای کودتاچیان فراهم بود که آیت‌الله طالقانی به طور رسمی اعلام کرد: «شرایط از 28 مرداد 1332 بدتر است.» در ماه‌های بعد هم روند رو به بهبود نبود. اوضاع آن گونه پیش رفت که نخست‌وزیر دولت موقت گفت: «دشمنان ما جبهه مشترکی تشکیل دادند» و وزیرامورخارجه دولت موقت به طور رسمی اعلام کرد: «آمریکا می‌خواهد در ایران کودتا کند.»
از جمله این گروه‌های سیاسی پیشگام در این زمینه «سازمان مجاهدین خلق» بود که با همه توان برای کسب قدرت و حذف جریان خط امام(ره) به میدان آمده بود و در این مسیر از همه حربه‌ها برای حذف رقیب استفاده می‌کرد. ناکامی مجاهدین خلق از ورود به انتخابات ریاست‌جمهوری که با مخالفت امام(ره) از ورود مسعود رجوی به رقابت انتخاباتی به دلیل مخالفت با قانون اساسی صورت گرفت، موجب شد تا مجاهدین سناریوی حذف امام(ره) را از طریق طراحی کودتایی دنبال کنند. سران این تشکل کودتایی را تنظیم کردند و با این هدف شوم که تا انقلاب تثبیت نشده و بازوهای اجرایی و نظامی آن قوام نگرفته است و کشور نیز در التهاب و نگرانی از سلامتی امام و آینده نامعلوم (از لحاظ رهبری) به سر می‌برد، قدرت را با اقدامات خشن و خونین به دست گیرند! کودتا با عنوان «عملیات بزرگ» مبتنی بر اشغال مراکز مهمی، چون رادیو و تلویزیون، نخست‌وزیری، زندان اوین، بیمارستان قلب تهران و... از سوی نیروهای سازمان مجاهدین طراحی شده بود. این طرح که به صورت نامه و سندی درون گروهی بود و مرحوم شهید آیت‌الله قدوسی، دادستان کل انقلاب در مصاحبه مطبوعاتی مورخ چهارشنبه 8 اسفند 1358 آن را افشا کرد، چنین بود:
«به نام خدا و به نام خلق قهرمان ایران/ عملیات بزرگ هر لحظه که بچه‌ها آمادگی و بسیج لازم را داشته باشند [شروع خواهد شد]، درنگ جایز نیست. رادیو و تلویزیون و نخست‌وزیری و زندان اوین باید به طور همزمان به تسخیر نیروهای انقلابی مسلمان در بیاید. بیمارستان مهدی رضایی [قلب تهران] نیز به منظور جلوگیری از هرگونه صدمه احتمالی به [امام] خمینی باید به محاصره کامل نیروهای انقلابی در آید. در لحظه شروع عملیات، واحد تسخیرکننده نخست‌وزیری، مرا هم همراه خودش بردارد (اصطلاح رمزی)، همین امروز چطور است؟ ستاد ارتش باید به وسیله نظامیان انقلابی تسخیر شود.»
شهید آیت‌الله قدوسی به دلیل حساسیت مسئله و لزوم پیگیری آن، از قرائت بقیه سند مذکور خودداری کرد؛ اما بی شک، لو رفتن ماجرا و ناتوانی در اجرا از جمله عواملی بود که سبب شد این اقدام تنها در حد آرزو و ایده باقی مانده و عملاً ناکام بماند.
سناریوهای گروه‌های خشونت‌طلب برای کودتا ادامه داشت و نقشه‌های فراوانی در اذهان دشمنان امام(ره) گذشت که هم به دلیل ناتوانی در اجرا و هم فراهم نشدن شرایط محقق نشد و سندی از آن انتشار نیافت. برای نمونه، حجت‌الاسلام والمسلمین محمدی‌ری‌شهری ماجرایی را نقل می‌کند که بیان آن خالی از لطف نیست: «در خردادماه سال ۱۳۶۰ روزی آقای غفوری، استاندار وقت خراسان، از من وقت ملاقات خواست و پس از هماهنگی به محل سکونتم (واقع در پادگان دوشان‌تپه) آمد و گفت: «همراه آقای بنی‌صدر با هواپیما به تهران می‌آمدیم، هنگامی که به قله دماوند رسیدیم، بنی‌صدر رو به من کرد و گفت: به ری‌شهری بگو به همین روشنی که اکنون قله دماوند را مشاهده می‌کنیم، می‌بینم که عمامه‌ات را بر گردنت انداخته‌اند و در خیابان‌های تهران او را می‌گردانند.» این پیغام نشان می‌داد، او در جریان کودتایی علیه نظام است و به موفقیت آن کودتا اطمینان دارد، من تلفنی این ماجرا را به آقای هاشمی‌رفسنجانی اطلاع دادم. اهمیت موضوع ایجاب می‌کرد که هرچه زودتر پیغام بنی‌صدر را به اطلاع امام(ره) برسانم. به دفتر امام رفتم‌ـ گویاـ همین وقت بود که شهید باهنر (رضوان‌الله تعالی علیه) نیز در دفتر امام بود و وی درباره تغییر موضع بیت امام نسبت به بنی‌صدر مطالبی اظهار کرد. چند روز پس از این پیغام، خدمت امام رسیدم و پیغام بنی‌صدر به خود را به اطلاع ایشان رساندم، اما احساس کردم که گویا امام باز هم می‌خواهد با او مدارا کند. آنچه در خاطر دارم این است که فرمود: «نگران نباشید اگر اصلاح نشد در نیم روزی مشکل را حل خواهم کرد.»»
نمونه دیگر را می‌توان در خاطرات خانم کیان کاتوزیان، همسر اصغر حاج صدر سیدجوادی، از افراد شناخته شده لیبرال و نزدیک به دولت بازرگان جست‌وجو کرد. وی نقل می‌کند: «سه روز قبل از هفتم اردیبهشت 1360 و مخفی شدن دائمی، سه افسر جوان ارتش با درجه سرهنگی به دیدارش(صدر سیدجوادی) آمده بودند. هر سه نفرشان تحصیل‌کرده و بسیار باشعور بودند... صحبت بسیار کردند و بعد... افرادی در اختیار دارند که می‌توانند در مدت 24 ساعت در تهران کودتا کنند و سران رژیم را بازداشت کرده تحویل عدالت بدهند... بعد از تمام این حرف‌ها تقاضایی که داشتند کمک مالی بود هم برای اجرای نقشه و هم برای تأمین زندگی خانواده‌های‌شان که از آنها دور بودند. اصغر گفت حرف‌های شما تمام درست، ولی من از نظر مالی دستم بسته است و هیچ بده و بستانی با کسی ندارم. اما می‌توانم با مجاهدین خلق تماس بگیرم و کمک نیروهای جوان و نظامی آنها را به جریان اضافه کنم.»
چند ماه پس از کشف و خنثی‌سازی کودتای نقاب، در فروردین ماه 1361 خبر کشف کودتای دیگری در مطبوعات کشور بازتاب گسترده‌ای یافت. طراحان کودتا قصد داشتند با انفجار محل اقامت حضرت امام(ره)، مراکز انقلابی مانند سپاه، کمیته و سایر نهادها را تصفیه کنند. در رأس این اقدام «صادق قطب‌زاده» قرار داشت که پیش از این وزیر امور خارجه دولت موقت و عضو شورای انقلاب و مدیرعامل صداوسیما بود. بر اساس اسناد و مدارک موجود، صادق قطب‌زاده برای تحقق هدف خود یک سال و نیم تلاش کرد و با برخی از کشورهای منطقه، نظامیان دوره پهلوی و روحانیون مخالف نیز ارتباط برقرار کرد. وی حتی رابطی را به عربستان فرستاد تا برای انجام کودتا پول بگیرد. قطب‌زاده در اعترافاتش درباره نحوه طراحی کودتا می‌گوید: «من یکی از دوستانی را که در آنجا منزلی بغل منزل امام داشت، معرفی کردم. اینها رفتند و آن منزل را دیدند. در مراجعت وقتی نشستیم صحبت کردیم، گفتند این منزل محل بسیار مناسبی است برای انفجار...، آمدند گفتند که سازمان ما تصمیم گرفته آنجا را از دو طریق بکوبد: یکی با توپخانه و یکی هم احیاناً با انفجار از داخل منزل امام.» قطب‌زاده هدف از انجام کودتا را این‌گونه بیان می‌کند: «هدف از بین بردن همه سران حکومت من جمله امام. من در بدو امر دو نوع حالت روانی در برخورد با قضیه داشتم. یکی مسئله آری یا نه. منتها متأسفانه در وهله اول من گفتم خیلی خوب این مسئله را بررسی کنیم و ببینیم که چه کار می‌شود کرد و «نه» نگفتم. آنها رفتند و نقشه را بررسی کردند و هفته بعد آمدند و گفتند که ما فکر کردیم که هم نقشه کوبیدن آنجا باشد و هم به حالت خونخواهی امام.»
در این کودتا، شخصیت‌های سیاسی دیگری نیز نقش داشتند که مشهورترین آنان آیت‌الله سیدکاظم شریعت‌مداری بود. قطب‌زاده در بازجویی‌های خود درباره با خبر بودن سید کاظم شریعت‌مداری از انجام کودتا می‌گوید: «در بین مراجع فقط با واسطه با شخص آیت‌الله شریعت‌مداری، مسئله در میان گذاشته شده بود،... [با] دو واسطه‌ای که صحبت شده بود با ایشان، من از طریق آن دو واسطه مطلع شده بودم که این مطالب، مسئله اصل براندازی به‌نظر ایشان رسیده بود.»
بر اساس همین اعترافات قطب‌زاده بود که جامعه مدرسین حوزه علمیه قم در جلسه مورخ 1361/1/31 صلاحیت نداشتن آیت‌الله شریعت‌مداری را در زمینه مرجعیت اعلام کرد تا وی از صحنه مرجعیت حذف شود و لذا وی تا زمان مرگ در کنج عزلت روزگار سپری کرد.