یکی از ملاحظات اساسی در نظام جمهوری اسلامی که مبتنی بر نظریه مردم‌سالاری دینی شکل گرفته، مشخص کردن جایگاه «نخبگان» در سلسله‌مراتب تصمیم‌گیری‌هاست. نظریه مخالفی که در برابر نظریه مردم‌سالاری دینی قرار گرفته و رأی و رضایت مردم را در نظام اسلامی کم ارزش می‌بیند، می‌توان با مسامحه «نخبه‌سالاری اسلامی» نامید. در این نظریه، با نوعی بی‌اعتمادی به مردم در تشخیص مسائل مواجه هستیم، به گونه‌ای که همه اختیارات تنها در اختیار نخبگان قرار دارند و مردم از هرگونه تشخیصی ناتوانند و کار را باید به کارشناس سپرد! در این نگاه، همه امور جامعه اسلامی باید به نخبگان سپرده شود و مردم تنها باید در نقش پشتیبان نظر ایشان در صحنه حضور داشته و ایشان را در تصمیمات اتخاذ شده همراهی کنند؛ چرا که بدون همراهی ملت، تصمیمات نخبگان کارایی لازم را نخواهد داشت و عملی نمی‌شود. این در حالی است که در نظریه مردم‌سالاری دینی، تصمیم امور نزد مردم است و نخبگان نقش هدایتگری و مشورت را دارند و در واقع همه‌کاره مردم هستند.
حضرت آیت‌الله‌العظمی خامنه‌ای در عباراتی به صراحت انتخاب‌های گوناگون را از اختیارات و حقوق مردم دانسته و تأکید می‌دارند که فرض و احتمال خطا و اشتباه موجب آن نمی‌شود که مردم را صاحب صلاحیت ندانسته و این حق را در اختیار نخبگان قرار دهیم. ایشان در این باره می‌فرمایند: «اینجا هیچكس- نه رهبری، نه دولت، نه متنفذین حزبی- به مردم ما امر و نهی نمیكند؛ مردم به قدر سعه اطلاعاتِ خودشان تحقیق و مطالعه و مشورت میكنند و فرد مورد نظرشان را برمیگزینند. ممكن است آنچه آخر سر به نظرشان میرسد، درست هم نباشد- اشتباه باشد- اما خودشان هستند كه تصمیم میگیرند؛ و اگر این كار را برای خدا و حاكمیت ارزش‌های الهی بكنند، اجر وافری هم پیش خدای متعال دارند؛ این خیلی اهمیت دارد.»
حضرت امام(ره) نیز در عبارات فراوانی این نگاه (قیم‌مآبانه) را در عرصه‌های گوناگون به نقد کشیده‌اند که مشهورترین آنها در آستانه انتخابات دور سوم مجلس شورای اسلامی بود. ایشان در عباراتی در نقد این نگاه قیم‌مآبانه که معتقد بود مردم باید به افرادی که جناح‌های سیاسی(به عنوان نخبگان و خبرگان سیاسی!) معرفی می‌کنند، رأی دهند، چنین فرمودند: «همانطور که بارها گفته ام، مردم در انتخابات آزادند و احتیاج به قیم ندارند و هیچ فرد و یا گروه و دسته‌ای حق تحمیل فرد یا افرادی را به مردم ندارند. جامعه اسلامی ایران که با درایت و رشد سیاسی خود جمهوری اسلامی و ارزش‌های والای آن و حاکمیت قوانین خدا را پذیرفته‌اند و به بیعت و این پیمان بزرگ وفادار مانده‌اند، مسلم قدرت تشخیص و انتخاب کاندیدای اصلح را دارند.»