با دستگیری گروهک فرقان خط ترور در انقلاب اسلامی به پایان نرسید و سازمان مجاهدین خلق خیلی زود و پس از تشدید اختلافات با امام(ره) و انقلاب سردمدار خط خشونت و ترور در کشور شد. طی سال‌های 1357 تا 1360، سازمان کوشید تا هواداران و اعضایش را علیه نیروهای مذهبی، حزب‌اللهی‌ها و روحانیون بشوراند و با تزریق کینه در قلب آنها، نیروهای خود را برای روز موعود آماده کند. همان‌گونه که «رضا چلنگر» یکی از اعضای سازمان در این باره می‌گوید: «مسئول ما، ما را نسبت به افراد مذهبی و حزب‌اللهی حساس می‌کرد و می‌گفت چهارچشمی آنها را بپایید، منازل‌شان را پیدا کنید، اینها دشمنان سازمان هستند. همه باید در دادگاه خلق محاکمه شوند.»
منافقین خیلی زود هدف شلیک‌های خود را از مسئولان و چهره‌های شناخته شده سیاسی‌ـ انقلابی به سمت مردم کوچه و خیابان تغییر دادند. پس از اعلام مبارزه مسلحانه از سوی سازمان مجاهدین خلق (منافقین) در خرداد 1360 و به دنبال تحلیل‌های سازمان مبنی بر افزایش هزینه‌ها به نظام جمهوری اسلامی، عملیات‌هایی در قالب «کشتار دسته‌جمعی» و «قتل عام همه» از سوی بخش ویژه سازمان کلید خورد. در این عملیات‌ها، فقط افرادی هدف قرار گرفتند که غیر مسلح بودند. رجوی در این باره می‌گوید: «مرحله دوم از تابستان ۱۳۶۱ تا پایان سال ۱۳۶۲ ادامه یافت. در این مرحله نوبت به بدنه نظام رسید؛ یعنی زدن سر انگشتان رژیم (مقصود رجوی از سرانگشتان رژیم نیروهای سپاه، بسیج، حزب‌اللهی و کلیه افرادی که به نحوی با جمهوری اسلامی ارتباطی داشتند، بوده است) و اینجاست که قطع دست و پای اجرایی جمهوری اسلامی اهمیت پیدا می‌کند.»
در این قبیل عملیات‌ها فقط هدف، انجام ترور بود و این موضوع اهمیتی نداشت که قربانی ترور چه فرد یا شخصی باشد؛ از این رو عمده اهداف این ترورهای کور مردم عادی، شهروندان بی‌دفاع، رهگذران، مسافران وسایل حمل‌ونقل عمومی و... بودند. سازمان منافقین بدون پرده‌پوشی، موارد و نمونه‌هایی از ترورهای شهروندان عادی را در ارگان خود ذکر و از این عملیات تروریستی با عناوینی، مانند «اعدام انقلابی» و «آتش قهر خلق» یاد می‌کرد. نمونه‌ای از این جنایات، حادثه خونین 25 مهرماه 1360 (مصادف با روز عید غدیر خم) است. منافقین که سابقه کودک‌کشی را در کارنامه خود داشتند، با منفجر کردن یک اتوبوس که حامل مردم عادی در شیراز بود، دو کودک را به شهادت رسانده و عده‌ای دیگر را به شدت مجروح کردند.
یکی دیگر از سلسله جنایت‌های سازمان با عنوان «عملیات مهندسی» تحت نظر بخش ویژه سازمان شکل گرفت که طی این عملیات منافقین که مبتنی بر شکنجه‌های سخت، شنیع و طاقت‌فرسا بود، تعدادی از پاسداران به شکل وحشتناکی به شهادت رسیدند. بدون شک، در میان همه قربانیان عملیات مهندسی، وحشیانه‌ترین و دلخراش‌ترین شکنجه‌ها روی طالب طاهری و محسن میرجلیلی، دو پاسدار کمیته‌های انقلاب اسلامی صورت گرفت؛ شکنجه‌هایی که حتی اعضای بخش ویژه سازمان نیز سعی داشتند از زیر بار آن شانه خالی کنند و مسئولیت آن را برعهده نگیرند. «مهران اصدقی» که خود از فرماندهان بخش ویژه و عملیات مهندسی بود نیز پس از کلی‌گویی و به حاشیه رفتن در بازجویی‌ها، سرانجام لب به اعتراف گشود که شرح آن در کتاب «عملیات مهندسی» آمده است.
سازمان منافقین از عملیات‌های تروریستی نیروهایش در داخل ایران از زبان «علی زرکش» که در آن مقطع فرماندهی سیاسی‌ـ نظامی سازمان در ایران را بر عهده داشت، به ترور مردم بی‌گناه چنین اعتراف می‌کند: «از۳۰ خرداد ۱۳۶۱ تا ۳۰ خرداد ۱۳۶۲، حداقل ۲۸۰۰ تن از مزدوران رژیم بر اثر آتش رزمندگان مجاهد سازمان[منافقین] به هلاکت رسیده‌اند که ۴۰ تن از آنان از نیروهای پاسدار بوده‌اند.» آنچه در این گزارش‌ها بیش از هر نکته دیگری به چشم می‌آید، اعترافات سازمان (منافقین) در کشتار مردم عادی و غیر نظامی است؛ چرا که بنا به تصریح سازمان (منافقین) از میان ۲۸۰۰ نفر، تنها ۴۰ نفر عضو سپاه پاسداران بودند و نیروی نظامی به شمار می‌آمدند و مابقی را شهروندان غیر نظامی تشکیل می‌دادند.
بعدها مسعود رجوی طی مصاحبه‌ای با نشریه عرب‌زبان «المصور»، تعداد کل شهروندان ایرانی را که از ابتدای ورود سازمان به مرحله مسلحانه تا انتهای سال ۱۳۶۲ به دست نیروهای سازمان به قتل رسیدند، بیش از ۶ هزار نفر اعلام می‌کند و در عمل، مسئولیت خون بیش از ۶ هزار نفر از قربانیان سازمان (منافقین) را بر عهده می‌گیرد!
خط ترور به یاران امام(ره) محدود نشد؛ بلکه خود رهبر انقلاب اسلامی نیز بدون شک در صدر فهرست ترور قرار داشت. منافقین بارها برای ترور امام اقدام کردند که البته هر بار به لطف خدا و هوشیاری محافظان ناکام ماندند. از جمله نقشه‌های ترور امام(ره) از سوی مسعود کشمیری، عامل انفجار ساختمان نخست‌وزیری و شهادت شهید رجایی و باهنر دنبال می‌شد که ناکام ماند. مرحوم حجت‌الاسلام احمد خمینی در این باره نقل کرده است: «آن شخص که با منافقین کار می‌کرد، یعنی کشمیری، بنا بود یک چمدان مواد منفجره را بیاورد و در کنار حضرت امام بگذارد؛ در زمانی که ریاست‌جمهور، رئیس مجلس و نخست‌وزیر و وزرا خدمت حضرت امام آمدند [از محل] سه راه بیت حضرت امام آمدند و گفتند آقای کشمیری با یک ساک هست که در آن ساک وسایل و چیزهایی که بناست یادداشت کنند قرار دارد؛ گفتم نه ما اجازه نمی‌دهیم. کشمیری از ترس اینکه نکند مسئله روشن شود به عنوان اعتراض همراه کیفش برگشت. همان کیف در نخست‌وزیری جلوی مرحوم رجایی و باهنر گذاشته شد و آنجا را منفجر کرد و این دو شهید بزرگوار را از ما گرفت.»