پس از فرمان 10 ماده‌ای امام خمینی(ره) در تاریخ 25 اسفند سال 1359 روند کشمکش‌ها به گونه‌ای دیگر رقم خورد، به ویژه در بند ششم آن، که آمده بود: «برای رسیدگی به شکایات نسبت به مسائل جنگ و سایر مسائل مورد اختلاف بین مقامات جمهوری اسلامی، هیئتی مرکب از یک نماینده از طرف رئیس‌جمهور، یکی از سوی منتقدان دولت و یکی از سوی اینجانب تعیین می‌گردد که کوشش در حل شکایات نماید و رأی اکثریت هیئت مذکور معتبر است و در صورت تخلف یکی از مقامات، متخلف را به مردم معرفی کنند و مورد مؤاخذه قرار گیرد.»
پس از پیام امام(ره)، یعنی در تاریخ 26 اسفند 1359، بنی‌صدر با صدور پیامی خطاب به امام خمینی(ره) نوشت: «بیانیه‌ای که صادر فرموده‌اید هم از لحاظ آرامش خاطر مردم و تقویت روحیه و تحکیم بنیاد نظم و انضباط نیروهای مسلح و هم از لحاظ یأس دشمنان خارجی از تزلزل بنیاد جمهوری اسلامی اثری قطعی بر جای می‌گذارد.» وی در ادامه توضیح می‌دهد که دشمنان، بهم ریختگی امور داخلی کشور ما چشم دوخته‌اند. بنی‌صدر در پیام دیگری با شروع سال 1360، اظهار امیدواری می‌کند که سال 1360 سال صلح باشد و به دنبال آن به بحث چالشی دامن می‌زند و افزون بر آن مرحوم حجت‌الاسلام اشراقی، یعنی داماد امام(ره) را به عنوان نماینده خود در هیئت سه نفره حل اختلاف معرفی می‌کند.
از طرف حضرت امام(ره)، مرحوم آیت‌الله مهدوی‌کنی معرفی می‌شود و از طرف آقایان بهشتی، هاشمی‌رفسنجانی و رجایی، مرحوم آیت‌الله شیخ محمد یزدی معرفی شد و هیئت سه نفره به منظور حل اختلاف بین سران قوای نظام جمهوری اسلامی تشکیل و اولین جلسه رسمی آن هم در تاریخ 1360/1/24 برگزار شد.
در اولین جلسه بحث و تبادل نظر شد و در نهایت مصوباتی هم داشت که در بخشی از آن اعلام شد: «کار هیئت طبق دستور امام رسیدگی به تخلفات مقامات، رسیدگی به اقوال و افعال هر کس که در مملکت سبب تشنج می‌شود. رسیدگی به کار جراید و رسانه‌های گروهی بعد از اتمام تحقیقات، ابتدا به متخلف تذکر داده می‌شود و بعد به مردم اعلام می‌شود و در نهایت مسئله به دادستان کل کشور ارجاع می‌گردد تا ایشان پس از طی مراحل قانونی اقدام لازم را انجام دهند.»
دومین جلسه هیئت سه نفره در تاریخ 1360/1/26 تشکیل شد و در نتیجه این نشست اخطار شدید به روزنامه‌ها و مجلات داده شد تا از عنوان کردن مطالبی که موجب تضعیف و توهین تا تشدید اختلافات باشد، خودداری کنند. سه عضو هیئت مجاز بودند به محض احساس ضرورت به حضور امام(ره) برسند و نتیجه کار را به استحضار ایشان برسانند. پس از شروع کار، آیت‌الله مهدوی‌کنی و آیت‌الله اشراقی به حضور امام(ره) رفتند و پس از ملاقات در جمع خبرنگاران اعلام کردند که کار ما منحصر به رسیدگی به تخلفات اختلاف‌آفرینان است. اما با این حال و در شرایطی که تمامی امکانات کشور درگیر جنگ بود و الزاماً دولت باید تمامی توان خود را صرف تدابیر جنگی می‌کرد؛ اما جریان بنی‌صدر و هوادارشان مشکلات را بهانه قرار داده بودند و در اجتماعات و نشریات‌شان فریاد می‌زدند که کشور به بن‌بست رسیده است، در حالی که خودشان به بن‌بست رسیده بودند.