گاه بین مسئولان اختلافاتی پیش می‌آمد که حضرت امام از ورود به این مسائل در گام اول پرهیز می‌کردند و ترجیح می‌دادند مسائل از طریق گفت‌وگوی افراد حل و فصل شود. شهید بزرگوار محمدعلی رجایی نقل می‌کند[...]
حضرت امام خمینی(ره) در مقام رهبر جامعه اسلامی، از آنجا که خود را به رعایت قانون ملزم می‌دانستند، در بسیاری از امور که مستقیم به ایشان مربوط نبود، به هیچ وجه دخالت نمی‌کردند. گاه بین مسئولان اختلافاتی پیش می‌آمد که حضرت امام از ورود به این مسائل در گام اول پرهیز می‌کردند و ترجیح می‌دادند مسائل از طریق گفت‌وگوی افراد حل و فصل شود. شهید بزرگوار محمدعلی رجایی نقل می‌کند: «در قضیه اختلاف بر سر تعیین بعضی از وزرا [که بین شهیدرجایی، نخست‌وزیر با بنی‌صدر، رئیس‌جمهور وقت اختلاف بود] برادران‌مان آقایان موسوی‌اردبیلی و مهدوی‌کنی اطلاع دادند که خدمت امام رفته‌اند و درباره وزرایی که من انتخاب کردم خدمت امام گفته‌اند. امام فرموده‌اند: من دخالت نمی‌کنم، بروید با هم بنشینید و به تفاهم برسید.»
در اوایل سال 1367 که کار شورای بازنگری قانون اساسی آغاز شده بود، مرحوم آیت‌الله مشکینی که رئیس این شورا بودند، سؤالی از امام درباره متمم قانون اساسی پرسیدند. امام(ره) در جواب ایشان نوشتند: «پس از عرض سلام خواسته بودید نظرم را در مورد متمم قانون اساسی بیان کنم. هرگونه آقایان صلاح دانستند عمل کنند من دخالتی نمی‌کنم.»
در همین راستا حجت‌الاسلام والمسلمین سیدهادی خسروشاهی که مدتی نمایندگی امام را در وزارت ارشاد بر عهده داشت، نقل می‌کند: «یکی از مسائلی که در ارشاد مطرح بود، مسئله امتیاز نشریات بود، یعنی دادن اجازه انتشار به افراد، یا احزاب و سازمان‌های سیاسی و مذهبی. می‌دانیم که در آن ایام 70 تا 80 نشریه و روزنامه چپ‌گرای مارکسیستی، لنینیستی، مائوئیستی، مستقل و غیرمستقل، سوسیالیستی و مانند اینها منتشر می‌شد، غیر از نشریات اسلامی که به نظر من ضعیف‌تر از همه آنها بودند. بعضی از این سازمان‌ها برای اینکه نشریات‌شان قانونی باشد درخواست مجوز کرده بودند و در وزارت ارشاد کمیته‌ای برای بررسی پرونده‌ها تشکیل می‌شد که علاوه بر نماینده امام، نماینده دادگستری، نماینده شورای انقلاب و معاونت مطبوعاتی وزارت ارشاد و گاهی هم وزیر وقت و یکی دو نفر دیگر که نام‌شان دقیقاً یادم نیست، در آن شرکت می‌کردند. اینها اگر شرایط درخواست‌کننده اخذ امتیاز را کامل می‌دیدند، تصویب می‌کردند و اجازه انتشار به آن نشریه یا مجله و روزنامه داده می‌شد. از جمله نشریاتی که درخواست امتیاز و اجازه نشر کردند، روزنامه «مجاهد»، روزنامه «کارگر» بابک زهرایی، روزنامه «مردم» حزب توده، روزنامه «خلق» متعلق به مائوئیست‌ها و یک روزنامه دیگر‌ـ که الآن نامش خاطرم نیست‌ـ بود، یعنی پنج گروه و سازمان سیاسی بودند که روزنامه رسمی می‌خواستند... من پرونده این پنج درخواست حزبی‌ـ سیاسی را با خود به قم بردم، و معمولاً پنج‌شنبه‌ها به قم می‌رفتم و خدمت امام می‌رسیدم، گزارش امور را می‌دادم و ایشان رهنمودهایی می‌دادند. این پرونده‌ها را با خود بردم و توضیح دادم تا امام نظر خود را بفرمایند. ایشان خیلی روشن و شفاف فرمودند که «به اینها نمی‌توان اطمینان کرد.» این بیان، نوعی عدم موافقت بود، ولی من قانون مصوبه شورای انقلاب را که با خود برده بودم، خدمت ایشان دادم و عرض کردم که مطابق این قانون عمل کنم یا نظریه به ظاهر غیرموافق حضرت‌عالی را مراعات کنم؟!
ایشان مصوبه شورای انقلاب را که یک صفحه بود، دقیق خواندند که شرایط آن این بود: ایرانی باشد، 18 سال داشته باشد، سابقه کیفری نداشته باشد، لیسانس داشته باشد و از این دست چیزهای مطبوعاتی که شرایط گرفتن امتیاز بود. ایشان آنها را که خواندند، برای اینکه دخالتی در نفی مصوبه شورای انقلاب نکنند‌ـ که این نکته بسیار مهمّ است‌ـ پرونده‌ها و آن مصوبه شورای‌عالی را که در جلوی‌شان بود با دست خود به سوی من کشیدند و فرمودند: پس شما این موضوع را از من نپرسید. شما به تکلیف خودتان عمل کنید و البته تکلیف من هم این بود که به قانون شورای انقلاب عمل کنم؛ چون ایشان نهی صریح نکردند و مرا آزاد گذاشتند.»
امام(ره) حتی در حوزه‌های نظامی و امنیتی نیز مادامی که مسئولان کارها را به درستی تدبیر کرده و به اعلام نظر مستقیم و صریح ایشان نیازی نبود، در امور دخالت نکرده و تدبیر را به مسئولان امر می‌سپردند. از جمله وقتی آقای هاشمی‌رفسنجانی بر اساس حکم امام(ره) جانشینی فرماندهی کل قوا را به عهده داشتند، بعضی از دانشجویان و طلاب از چگونگی رفتن‌شان به جبهه و جمع بین درس و جبهه و تعیین اولویت هر یک از امام سؤال می‌کردند، سؤال را که به عرض ایشان رساندم، فرمودند: «بگویید از آقای هاشمی سؤال کنند.»
امام(ره) بر روی استقلال مسئولان و تقسیم کار قانونی تأکید داشتند، لذا خود نیز در امور ایشان دخالت نمی‌کردند و به مرزهای قانونی ترسیم شده پایبند بودند. میرحسین‌موسوی، نخست‌وزیر دوران دفاع مقدس تأکید دارد: «امام از دخالت در وظایف دستگاه‌ها ابا داشته و همین روش باعث پختگی و رشد دستگاه‌ها و دولت شد. امام(ره) به شدت به نظم در امور معتقد بودند و مراجعاتی که به دفتر ایشان می‌شد، همیشه از طریق دستگاه‌های ذی‌ربط و مسئول به جریان انداخته می‌شد. بنده ندیدم دفتر ایشان خود را درگیر وظایف دستگاه‌های دولتی بکند. حتی به یاد نمی‌آورم جز در یک مورد امام در مورد انتصاب یک فرد به یک پست یا برکناری او دخالت کرده باشند و در تشکیل دولت توصیه‌ای در مورد بودن یا نبودن فردی بکنند و آن مورد استثنایی هم وزیر اطلاعات بود. در این مورد هم ایشان اسمی را مطرح ننمودند و فقط به بنده تذکر دادند که وقتی در مورد فرد یا افرادی به نتیجه رسیدم، با ایشان مشورت نمایم. در مورد تشکیل کابینه در معرفی وزرا به مجلس هر وقتی مشکلی پیش آمد و موضوع از طریق عادی حل نمی‌شد، ایشان حل مشکل را به شورایی محول می‌فرمودند.» وی تأکید دارد: «دخالت‌های امام در کار دولت همیشه در موارد استراتژیک بود. یک بار اختلافی بین وزرا در دولت پیش آمد، امام فقط فرمودند آنهایی که نمی‌توانند با هم بسازند، جای دیگری خدمت کنند.»