با جسم نحیف و رنج‌دیده‌ای که داشت، کاری کرد کارستان. او یک تنه بار محنت و گره‌های ذهنی و رفتاری جمع بسیاری از اسیران ایرانی را به دوش می‌کشید و آنان را در حریم حق ثابت قدم می‌داشت. سیدعلی‌اکبر ابوترابی با پایمردی خویش بسیاری از مأموران و حتی فرماندهان اردوگاه‌های عراق را جذب کرد، تا جایی که برخی از ایشان به هنگام آزادی به او گفتند: «ما در اسارت تو بودیم و نه تو در اسارت ما!»
مردی که تن رنجورش تازه داشت روزهای زندان دوران پهلوی را فراموش می‌کرد، آماده جنگی شد که شیاطین شرق و غرب با علم کردن دیوانه‌ای به نام «صدام حسین»، در غرب و جنوب ایران، آتش خانمان‌سوزی را برافروخته بودند. سیدعلی‌اکبر ابوترابی، «درست در آغاز جنگ تحمیلی، از قزوین با لباس رزم، رو به سوی جبهه آورد و در کنار شهید دکتر مصطفی چمران در ستاد جنگ‌های نامنظم به سازماندهی نیروهای مردمی پرداختند و شخصاً به مأموریت‌های شناسایی رزمی و دشوار می‌رفتند. آزادی منطقه پرحادثه و خطرناک «دُبِّ حُردان» به فرماندهی وی در رأس یک گروه متشکل از یکصد رزمنده سر از پا نشناخته، یکی از اقدامات ایشان است.»
روز ۲۶ آذر سال ۱۳۵۹ آقای ابوترابی برای تکمیل شناسایی، مأموریت می‌یابد در منطقه تپه‌های الله‌اکبر شناسایی انجام دهد تا نیروهای ستاد جنگ‌های نامنظم آماده عملیاتی گسترده شوند؛ اما بر اثر اشتباه یکی از دو نفر همراه وی، در حالی که هفت کیلومتر از نیروهای خودی دور شده و تا فاصله ۲۰۰ متری دشمن پیشروی کرده بودند، در بازگشت دشمن آنها را شناسایی کرده و در حالی که خود می‌توانست از دام دشمن رها شود و بگریزد، به دلیل تلاش برای نجات همرزمان خود که در نقطه‌ای دورتر پنهان شده بودند، خود در دام دشمن اسیر شد.
آن روزهایی که سیدعلی‌اکبر ابوترابی، در شکنجه‌گاه‌های عراق، الگویی از صبر و مقاومت را به نمایش گذاشته بود، در جمهوری اسلامی ایران، شایعه شد که ایشان به شهادت رسیده است. مجالس بزرگداشت و سخنرانی‌های شخصیت‌هایی، چون شهید رجایی و تعطیلی و عزای عمومی در شهرستان قزوین و ابلاغ تسلیت امام خمینی(ره) ابعادی از شخصیت این عالم عامل را روشن کرد و دولت عراق نیز، از این طریق ایشان را به عنوان یک روحانی سرشناس شناسایی کرد.
با تمام سختی‌ها و گرفتاری‌های که پی از شناسایی شدن می‌دید؛ اما هیچ گاه از آن آرمان الهی و دینی خودش کوتاه نمی‌آمد. مشکلات و مصائب را به جان می‌خرید تا پرچم اسلام و دینداری همیشه در فراز بماند. اهمیت این مسئله در ابعاد زندگی او به قدری روشن و مبرهن بود که در این خصوص می‌نویسند: «در زمان جنگ ایران و عراق هنگامی که صلیب سرخ برای بازدید و سرکشی از اسرای ایرانی به داخل اردوگاه اسرای ایرانی می‌رود، پس از بازدید از اردوگاه و آسایشگاه‌ها سراغ حاج سیدعلی‌اکبر ابوترابی رفته و از او درباره شکنجه افسران عراقی می‌پرسد.»
حاج علی‌اکبر در جواب آنها می‌گوید: «هر کجا شرایط مخصوص به خودش را دارد. گرمای کرسی در زمستان زیر برف خوب است. زندان هم زندان است و اردوگاه هتل نیست.»
آن روز نمایندگان صلیب سرخ می‌روند بدون اینکه گزارشی علیه عراقی‌ها نوشته باشند. فردا صبحش فرمانده عراقی دستور می‌دهد حاج علی‌اکبر را به اتاقش ببرند. وقتی او را می‌بیند، می‌پرسد: «من خودم کسی هستم که بارها تو را شکنجه کردم، اما تو هیچ حرفی نزدی.»
حاج علی‌اکبر در آن لحظه چیزی نمی‌گوید و بعدا در میان باقی اسرا اینگونه بیان می‌کند: «من هرچه فکر کردم علیه کشور و مسئولان عراق شکایتی کنم، دیدم انصاف نیست. بالاخره ما دو کشور مسلمان هستیم و داریم با هم می‌جنگیم. این مقطع از جنگ هم تمام می‌شود و دائمی نیست، اما نخواستم شکایت یک کشور مسلمان را پیش کفار ببرم و در روز قیامت نتوانم پاسخگو باشم.»
سرانجام پس از گذشت ده سال، سیدعلی‌اکبر ابوترابی، که بحق «سیدآزادگان» لقب گرفته بود، با عزت و سربلندی به میهن اسلامی بازگشت. سید پس از آزادی، به جای آنکه پس از سی سال مبارزه و تلاش طاقت‌فرسا استراحت کند، راهی دشوارتر را در پیش‌رو گرفت. ابوترابی همراهی آزادگان و پیگیری مشکلات آنان را وظیفه خود می‌دانست و در این مسیر، هیچ سختی و مشکلی مانع او نمی‌شد. ابوترابی دوران پس از اسارت را در کنار مصیبت‌زدگان، بر بالین بیماران و افراد ناتوان، در مجالس دعا و معنویت، در حال سرکشی و تفقد از آزادگان و جانبازان و ایثارگران و پیگیری دردها و مشکلات آنان گذراند و برای خدمت به بندگان خدا، لحظه‌ای را از دست نداد. سفرهای شبانه‌روزی به شهرها و روستاهای کشور و رسیدگی به حال دردمندان و نیازمندان، روش همیشگی او بود. بیشتر ایام را در این مدت حدود ده سال پس از آزادی، در حال روزه سپری کرد و از خواب خود کم کرد تا شب‌ها نیز به سراغ نیازمندان گمنام برود. ایشان پس از اینکه از اسارت آزاد شد، با حکم رهبر معظم انقلاب در جایگاه نماینده ولی فقیه در امور آزادگان قرار گرفت و تمام سعی خویش را به کار بست تا آزادگان، مایه عزت و تقویت نظام جمهوری اسلامی باشند.
حجت‌الاسلام علی‌اکبر ابوترابی بی‌خود نبود که به سید اسرای ایرانی معروف شده بود. او در روزهایی امید کسانی بود که هیچ کسی را در غربت نداشتند و تحت سخت‌ترین شرایط بودند. سرانجام این مرد بزرگ در حالی که راهی حرم حضرت علی‌بن موسی‌الرضا(ع) بود، در ۱۲ خرداد سال 1379 بر اثر یک سانحه رانندگی از دنیا رحلت کرد. پدر مرحوم ابوترابی هم همراه او بود و پیکر هر دو در حرم امام هشتم(ع) به خاک سپرده شد.