با تدوین قانون اساسی و رسمیت یافتن آن پس از همه‌پرسی مردمی در آذرماه 1358، حدود اختیارات ولی فقیه در قانون اساسی مشخص شد. حضرت امام(ره) مدتی پس از تصویب قانون اساسی در گفت‌وگو با «حامد الگار» نویسنده و متفکر مسلمان آمریکایی ابعاد نظریه ولایت فقیه را شرح داد و درباره شئون و اختیارات ولایت فقیه گفت: «اینکه در این قانون اساسی یک مطلبی‌ـ ولو به نظر من یک قدری ناقص است و روحانیت بیشتر از این در اسلام اختیارات دارد و آقایان برای اینکه خوب دیگر خیلی با این روشنفکرها مخالفت نکنند یک مقداری کوتاه آمدند‌ـ اینکه در قانون اساسی هست، این بعض شئون ولایت فقیه هست، نه همه شئون ولایت فقیه. از ولایت فقیه آن طوری که اسلام قرار داده است، به آن شرایطی که اسلام قرار داده است، هیچ کس ضرر نمی‌بیند.» (1358/10/7) این باور امام(ره) موجب نشد که حضرت امام به آنچه در قانون آمده تمکین نکنند، بلکه بالعکس با همه توان‌شان در چارچوب قانونی که وضع شده بود، پیش رفتند و خود به بزرگ‌ترین حامی قانون بدل شدند.
حضرت امام(ره) تلاش کردند در طول یک دهه رهبری و زعامت خود بر جامعه اسلامی در چارچوب قانون نظام اسلامی به وظایف خود عمل کنند و اقدامی فراتر از آن انجام ندهند؛ اما در ادامه روند کار جمهوری اسلامی و با گذر از چالش‌های ابتدایی پیروزی انقلاب اسلامی و ایجاد ثبات در نظام سیاسی پس از خروج ضدانقلاب از حاکمیت، به تدریج مشخص شد که قانون اساسی ضعف‌ها و نقص‌های قانونی دارد که عملاً امکان مدیریت برتر نظام سیاسی به وسیله آن ممکن نیست. از سوی دیگر، روند تحولات سیاسی به نحوی پیش رفت که کشور با چالش‌ها و بحران‌های جدی مواجه شد که عبور از آن نیازمند تدابیری قانونی بود و از طریق قانون اساسی ممکن نبود. دو عامل اصلی در این میان، یکی مواجهه تمام قد جمهوری اسلامی با ابرقدرت‌های جهانی شرق و غرب بود که انقلاب اسلامی را خار چشم خود می‌دیدند و قدرتی بیرون از منظومه استعماری خود را به رسمیت نمی‌شمردند، و دیگری جنگ تحمیلی تمام‌عیاری بود که با محوریت رژیم بعثی و حمایت همه‌جانبه همان قدرت‌های استعمارگر دنبال می‌شد. این شرایط موجب شد تا گاه جمهوری اسلامی مطابق آنچه در قانون اساسی دیده شده بود، دچار نوعی کارآمدی و بن‌بست شود. در این وضعیت راه خروج از بن‌بست چه بود؟!
در اینجا حضرت امام(ره) با نظریه‌پردازی برآمده از آموزه‌های اسلامی، از نظریه «ولایت مطلقه فقیه» سخن گفتند که به شرح حدود و اختیارت ولایت فقیه اختصاص داشت. مطابق این ایده، ولایت مطلقه فقیه برای حفظ نظام اسلامی و آنچه مصلحت جامعه اسلامی و حکومت اسلامی از آن یاد می‌شود، می‌تواند تصمیماتی فراقانونی گرفته و جمهوری اسلامی را از قرار گرفتن در بن‌بست برهاند تا در اولین فرصت، تغییرات قانونی برای تأمین مصلحت ممکن شود.
این منطق پیش از آنکه در عرصه تحقق قانون اساسی جاری باشد، در اجرای احکام شرعی اسلامی لحاظ می‌شود. مطابق این نظر، حکومت شعبهای از ولایت مطلقه رسول اکرم(ص) و از احکام اولیه است و حاکم اسلامی مقید به احکام فرعیه الهی، همچون نماز و روزه و حج نیست و رهبر جامعه اسلامی مطابق با مصلحت نظام اسلامی می‌تواند برخی از این امور را تا رفع مصلحت تعطیل کند. ایشان معتقدند، دین در دنیای پرآشوب امروز، باید بتواند از پس حل معضلات و مشکلات جامعه برآید و از آنجا که به اصل مترقی «حفظ نظام از اهم واجبات است» معتقدند، اذعان دارند که ولیفقیه جامع‌الشرایط، مبسوط‌الید بوده و امور فرعی شرعی نمیتوانند حاکم اسلامی را محدود کنند. بنابراین، با صراحت اعلام می‌دارند: «(حکومت) می‌تواند هر امری را چه عبادی و یا غیر عبادی که جریان آن مخالف مصالح اسلام است، از آن مادامی که چنین است جلوگیری کند.»(1366/10/16)
نمونه‌ای از این اطلاق اختیارات در این رهنمود حضرت امام(ره) آشکار می‌شود: «در اموال مشروع، اگر ولی امر تشخیص داد که این قدر که هست نباید باشد، برای مصالح مسلمین می‌تواند تصرّف کند... این روشنفکرهای ما نمی‌فهمند که ولایت فقیه یعنی چه! یکی‌اش تحدید این امور است. مالکیت را در عین حال که شارع مقدس محترم شمرده است، لکن ولی امر، می‌تواند همین مالکیت محدودی که ببیند خلاف صلاح مسلمین و اسلام است، همین مالکیت مشروع را محدودش کند. به یک حدّ معینی و با حکم فقیه، از او مصادره بشود.» (1358/10/13)
حضرت امام(ره) در بسط ابعاد حکومت اسلامی و شرح الزامات مدیریتی آن خطاب به اعضای شورای نگهبان چنین میگویند: «تذکری پدرانه به اعضای عزیز شورای نگهبان میدهم که خودشان قبل از این گیرها، مصلحت نظام را در نظر بگیرند، چراکه یکی از مسائل بسیار مهم در دنیای پرآشوب کنونی، نقش زمان و مکان در اجتهاد و نوع تصمیمگیریهاست. حکومت، فلسفه عملی برخورد با شرک و کفر و معضلات داخلی و خارجی را تعیین میکند و این بحثهای طلبگی مدارس که در چارچوب تئوریهاست، نه تنها قابل حل نیست که ما را به بنبستهایی میکشاند که منجر به نقض ظاهری قانون اساسی میگردد. شما در عین اینکه باید تمام توان خودتان را بگذارید که خلاف شرعی صورت نگیرد‌ـ و خدا آن روز را نیاورد‌ـ باید تمام سعی خودتان را بنمایید که خدای ناکرده اسلام در پیچ و خمهای اقتصادی، نظامی، اجتماعی و سیاسی متهم به عدم قدرت اداره جهان نگردد.»(1367/10/8) ایشان همچنین با تأکید بر نقش دو مؤلفه مهم «زمان» و «مکان» در اجتهاد به این نکته مهم اشاره میکنند که «هدف اساسی این است که ما چگونه میخواهیم اصول محکم فقه را در عمل فرد و جامعه پیاده کنیم و بتوانیم برای معضلات جواب داشته باشیم.»(1367/12/3) گفتنی است، برخی که معتقدند فقهای جامع‌الشرایط و حکومت اسلامی فراتر از چارچوب احکام شرعی اولیه و ثانویه دارای اختیارات نبوده و محدود و مقید به احکام فرعیه الهیه است، در تبیین اینکه چگونه مشکلات و مسائل مستحدثه جدید در حکومت اسلامی را میتوان حل کرد، موفق نبودهاند.