«مجمع تشخیص مصلحت نظام» از جمله نهادهایی است که مبتنی بر مقتضیات نظام اسلامی شکل گرفت. در قانون اساسی مصوب سال 1358، نهادی با این عنوان در نظام تصمیم‌گیری کشور گنجانده نشده بود؛ اما به تدریج مسائلی پیش آمد که ضرورت شکل‌گیری آن را پررنگ کرد.
حضرت امام(ره) در تاریخ 17 بهمن 1366 ه.ش با صدور فرمانی، مجمع تشخیص مصلحت نظام را تأسیس فرمودند. آنچه باید به آن اشاره کرد، این است که مجمع تشخیص مصلحت نظام در سخت‌ترین دوران انقلاب اسلامی (اواخر سال 1366) که سرنوشت جنگ تحمیلی با توجه به حضور نظامی آمریکا در خلیج‌فارس و درگیری مستقیم با رزمندگان اسلام و وضعیت سخت اقتصادی کشور به روزهای حیاتی نزدیک میشد، تأسیس شد. در این زمان، نامه‌ای خطاب به حضرت امام(ره) نوشته شد که پای آن را آیت‌الله عبدالکریم موسوی (رئیس دیوان‌عالی کشور)، آیت‌الله سیدعلی خامنه‌ای (رئیس‌جمهور)، حجت‌الاسلام والمسلمین احمد خمینی، مهندس میرحسین موسوی (نخست‌وزیر) و حجت‌الاسلام والمسلمین اکبر هاشمی‌رفسنجانی (رئیس مجلس شورای اسلامی) امضا کرده بودند. متن نامه چنین بود:
«بسمه تعالی/ محضر مقدس رهبر عظیم‌الشأن، حضرت آیت‌الله العظمی امام خمینی(دامت برکات وجوده الشریف)
در سایه اظهارات اخیر آن وجود مبارک، از لحاظ نظری مشکلاتی که در راه قانونگذاری و اداره جامعه اسلامی به چشم می‌خورد برطرف شده و همان گونه که انتظار می‌رفت این راهنمایی‌ها مورد اتفاق نظر صاحب‌نظران قرار گرفت. مسئله‌ای که باقی مانده، شیوه اجرایی اعمال حق حاکم اسلامی در موارد احکام حکومتی است. در حال حاضر، لوایح قانونی ابتدا در وزارت‌خانه‌های مربوط و سپس در کمیسیون مربوط در دولت، و سپس در جلسه هیئت دولت مورد شور قرار می‌گیرد و پس از تصویب در مجلس، معمولاً دو شور در کمیسیون‌های تخصصی دارد، که با حضور کارشناسان دولت و بررسی نظرات متخصصان، که معمولاً پس از اعلام و انتشار به کمیسیون‌ها می‌رسد، انجام می‌شود. معمولاً یک لایحه در چند کمیسیون، به تناسب مطالب، مورد بررسی قرار می‌گیرد و دو شور هم در جلسه علنی دارد، که همه نمایندگان و وزرا یا معاونان وزارت‌خانه‌های مربوط در آن شرکت می‌کنند و به تناسب تخصص‌ها اظهارنظر می‌کنند و پیشنهاد اصلاحی می‌دهند. اگر کار به صورت طرح شروع شود، گرچه ابتدا کارشناسی دولت را همراه ندارد، ولی در کمیسیون‌ها و جلسه عمومی، همانند لوایح، کارشناسان مربوط نظرات خود را مطرح می‌کنند. پس از تصویب نهایی، شورای نگهبان هم نظرات خود را در قالب احکام شرعی یا قانون اساسی اعلام می‌دارد که در مواردی مجلس نظر آنها را تأمین می‌نماید و در مواردی از نظر مجلس قابل تأمین نیست، که در این صورت مجلس و شورای نگهبان نمی‌توانند توافق کنند. همین‌جاست که نیاز به دخالت ولایت فقیه و تشخیص موضوع حکم حکومتی پیش می‌آید. اگرچه موارد فراوانی از این نمونه‌ها در حقیقت اختلاف ناشی از نظرات کارشناسان است که موضوع احکام اسلام یا کلیات قوانین اساسی را خلق می‌کند. اطلاع یافته‌ایم که جناب‌عالی در صدد تعیین مرجعی هستید که در صورت حل نشدن اختلاف مجلس و شورای نگهبان، از نظر شرع مقدس یا قانون اساسی یا تشخیص مصلحت نظام و جامعه، حکم حکومتی را بیان نماید. در صورتی که در این خصوص به تصمیم رسیده باشید، با توجه به اینکه هم اکنون موارد متعددی از مسائل مهم جامعه بلاتکلیف مانده، سرعت عمل مطلوب است.»
متن نامه به خوبی معضلات آن روز نظام اسلامی را آشکار می‌کرد که فقدان قانونی مشخص، موجب بن‌بست در تصمیم‌گیری و قانونگذاری شده بود. در پاسخ به این نامه، حضرت امام(ره) مرقوم داشتند: «در صورتی که بین مجلس شورای اسلامی و شورای نگهبان شرعاً و قانوناً توافق حاصل نشد، مجمعی مرکب از فقهای محترم شورای نگهبان و حضرات حجج اسلام: خامنه‌ای، هاشمی، اردبیلی، توسلی، موسوی‌خوئینی‌ها، و جناب آقای میرحسین‌موسوی، و وزیر مربوط، برای تشخیص مصلحت نظام اسلامی تشکیل گردد؛ و در صورت لزوم از کارشناسان دیگری هم دعوت به عمل آید و پس از مشورت‌های لازم، رأی اکثریتِ اعضای حاضرِ این مجمع مورد عمل قرار گیرد. احمد در این مجمع شرکت می‌نماید تا گزارش جلسات به اینجانب سریع‌تر برسد.»(1366/11/17)
مشخص بود که این تصمیم، تصمیمی موقت و از باب ضرورت باشد و در صورت مساعد شدن شرایط، راه‌اندازی چنین نهادی باید روند قانونی خود را طی کرده و در قانون اساسی گنجانده شود.
با پایان یافتن وضعیت بحرانی جنگ تحمیلی و تغییر اوضاع، زمان برای قانونی شدن مجمع تشخیص مصلحت فرا رسیده بود. در این زمان، جمعی از نمایندگان مجلس شورای اسلامی نامه‌ای به حضرت امام(ره) نوشتند و در این زمینه تعیین تکلیف شد. در بخشی از این نامه که با موضوع کیفیت کار شورای تشخیص مصلحت تدوین شده بود، می‌خوانیم:
«در ابتدای تشکیل هیئت مذکور، مسیر کار چنین ترسیم شده بود که مصوبه مجلس پس از اظهارنظر منفی شورای نگهبان، برای اصلاح به مجلس برگردد، مجلس پس از نظر مجدد آن را به شورای نگهبان برگرداند. آنگاه، چنانچه لازم تشخیص داده شد برای اصلاح نهایی به شورای تشخیص مصلحت ارجاع گردد؛ ولی هم اکنون بعضاً این شورا قانونگذاری نیز می‌نماید و مهم‌تر اینکه تقدیم لوایح قانونی به این شورا خالی از جمیع مقدمات مقرراتی است که یک لایحه قانونی از طریق متعارف دارد: طرح لایحه در هیئت دولت و تصویب آن توسط آنان و امضای نخست‌وزیر و وزرای مربوطه؛ و تقدیم آن به مجلس؛ و بحث در کمیسیون‌ها در جلسه علنی در دو شورا. طبیعی است که با این روند هر کس، حتی مقامات غیرمسئول، میتواند با تقدیم پیشنهادی به شورای تشخیص مصلحت برای کشور قانون جدیدی ایجاد کند؛ حتی قوانین مصوبه کشور را نقض نماید و این میتواند علاوه بر بیخاصیت شدن مجلس، تناقض‌های فراوان در قوانین کشور نیز ایجاد نماید.»
حضرت امام(ره) در پاسخ به این نامه نوشتند: «مطلبی که نوشتهاید کاملًا درست است. ان‌شاءاللّه تصمیم دارم در تمام زمینهها وضع به صورتی درآید که همه طبق قانون اساسی حرکت کنیم. آنچه در این سال‌ها انجام گرفته است در ارتباط با جنگ بوده است. مصلحت نظام و اسلام اقتضا می‌کرد تا گرههای کور قانونی سریعاً به نفع مردم و اسلام باز گردد.»(1367/9/7)