تشکیل حکومت اسلامی شاید بیش از همه برای افرادی نگران‌کننده بود که ایدئولوژی‌های متفاوتی را از اسلام اتخاذ کرده بودند یا آنکه به طور التقاطی متأثر از ایسم‌های غربی، اعم از لیبرالیسم، مارکسیسم، سوسیالیسم، ماتریالیسم، اگزیستانسیالیسم و... بودند. تصور آنان از حکومت اسلامی، حکومت تکفیری بود که اجازه فعالیت به هیچ جریان فکری غیراسلامی نخواهد داد. به همین دلیل است که در فضای بین‌المللی پیش از پیروزی انقلاب اسلامی این فضای مسموم پیچیده شد که با به قدرت رسیدن اسلام‌گرایان، آزادی عقیده و بیان در این کشور محدود شده و فعالیت گروه‌های غیراسلامی محدود خواهد شد.
این خط تهاجمی تبلیغاتی بازتاب خود را در پرسش‌های خبرنگارانی نشان داد که به دیدار امام(ره) در پاریس می‌آمدند. برای نمونه، وقتی خبرنگار روزنامه هلندی «دی وُلت كرانت» از امام(ره) می‌شنوند: «در جمهوری اسلامی كمونیست‌ها نیز در بیان عقاید خود آزادند» این پاسخ با تعجب و شگفتی پرسشگر همراه می‌شود! نماینده سازمان عفو بین‌الملل نیز در دیداری دیگر از امام(ره) می‌پرسد: «آیا در حكومت اسلامی، ماركسیست‌ها آزادی عقیده و آزادی‌بیان عقیده دارند؟» و جواب می‌شنود: «در حكومت اسلامی همه افراد دارای آزادی در هر گونه عقیدهای هستند، ولكن آزادی خرابكاری را ندارند.»
بسیاری از شاگردان و همراهان امام(ره) نیز در باب آزادی عقیده در نظام اسلامی صحبت کرده و مرزهای آن را شفاف کرده‌اند. در نگاه علامه مرتضی مطهری، «معتقدات بشر بر یکی از دو پایه می‌تواند باشد: گاهی پایه اعتقاد بشر یک تفکرِ آزاد است. انسان با یک عقل و فکر آزاد از روی تأمل و اندیشه واقعی عقیدهای را برای خود انتخاب می‌کند؛ ولی گاهی عقیدهای به بشر تحمیل می‌شود، از هر راهی؛ ولو از راه تقلید آباء و اجداد؛ و بعد انسان به آن عقیده خو می‌گیرد و آن عقیده بدون آنکه با قوه تفکر او کوچک‌ترین ارتباطی داشته باشد، در روح او مستقر می‌گردد. اولین خاصیت و اثر اینگونه عقاید این است که جلوی تفکر آزاد انسان را می‌گیرد و به صورت زنجیری برای عقل و فکر انسان درمی‌آید. اینگونه عقاید عبارت است از یک سلسله زنجیرهای اعتیادی و عرفی و تقلیدی که به دست و پای فکر و روح انسان بسته می‌شود.»
با این تقسیم‌بندی، استاد مطهری به حوزه بحث آزادی عقیده در حکومت اسلامی توجه کرده است و در حالی که در فروردین ماه سال 1358 پرسش‌های متعددی در این باب مطرح است، می‌گوید: «احزاب و افراد در حدی که عقیده خودشان را صریحاً می‌گویند، و با منطق خود به جنگ منطق ما می‌آیند، آنها را می‌پذیریم؛ اما اگر بخواهند در زیر لوای اسلام، افکار و عقاید خودشان را بگویند، ما حق داریم که از اسلام خودمان دفاع کنیم و بگوییم اسلام چنین چیزی نمی‌گوید، حق داریم بگوییم به نام اسلام این کار را نکنید.»
آیت‌الله‌العظمی خامنه‌ای نیز از دیگر شاگردان مکتب فکری حضرت امام(ره) هستند که در طول سال‌های اخیر دیدگاه امام راحل را شرح داده‌اند و نوعی هم‌افقی گفتمانی میان ایشان و حضرت امام(ره) وجود دارد. آیت‌الله‌العظمی خامنه‌ای در خطبه‌های نماز جمعه تهران در سال‌های پایانی دهه 60 ابعاد آزادی عقیده در مکتب امام خمینی(ره) را شرح داده و می‌گویند: «مجموعاً از قراین و شواهد قرآنی و تاریخی و حدیثی استفاده می‌شود که بیان معتَقَد انسان در جامعه اسلامی برای او جایز و آزاد است و هر کسی به شرط اینکه به حدود این آزادی تخطی نکند، می‌تواند عقیده ذهنی خود را چه در زمینه اعتقادات و چه در زمینه امور سیاسی و چه در زمینه سلایق گوناگون اجتماعی بیان کند.»
مبتنی بر این دیدگاه، آزادی عقیده محدودیت‌هایی هم دارد و به واقع هر عقیدهای در جامعه حق گسترش و شیوع و برخورداری از آزادی ندارد که از آن می‌توان با عنوان اندیشه‌های اغواگر و گمراه‌کننده یاد کرد. آیت‌الله خامنه‌ای مرزهای اندیشه‌های اغواگرانه را چنین تبیین می‌کنند: «هر بیان عقیدهای آزاد است، مگر بیان اغواگر و گمراه‌کننده. بیان اغواگر و گمراه‌کننده و به تعبیر رایج ضال یا مضل، کتب مضله یا کتب ضاله، این غیر از بیان باطل و خلاف حق است. گاهی یک مطلبی خلاف حق است، باطل است، اما گمراه‌کننده نیست، کسی را تحت تأثیر قرار نمی‌دهد. مثل مطالب باطل در حوزه‌های علمی، در میان دانشمندان، برای اهل فن و خبرگان، کتاب گمراه‌کننده‌ای که اگر دست یک آدم کم سواد بیفتد، او را اغوا خواهد کرد، برای یک دانشمند وسیله کار است؛ نه فقط اغواکننده نیست، بلکه از او نظر دشمن را به دست می‌آورد و علیه او فکر می‌کند و اندیشه و بیان ابراز می‌کند. پس مضر که نیست، مفید هم هست.»
باور ایشان این است که «اگر كسی در جامعه اسلامی عقیده غیر اسلامی داشت، اما عقیدهای كه او را امر به مخالفت و معارضه با نظام اسلامی نمی‌كند، دارا بودن آن عقیده اشكالی ندارد... کسی را که در جامعه اسلامی عقیده غیراسلامی را داشته باشد، مادام که آن عقیده درصدد معارضه و مبارزه با نظام اسلامی و عقیده اسلامی نباشد.»
همین امر موجب شد تا عملاً نظام اسلامی فرصت‌های بسیاری را برای بیان عقاید در اختیار تفکرات گوناگون قرار دهد. گروه‌های سیاسی با ایدئولوژی‌های متفاوت هر یک تریبون‌های مخصوص به خود را داشته و از آن طریق دیدگاه‌ها و تحلیل‌های خود را از پدیده‌های گوناگون ارائه می‌کردند. دانشگاه‌ها، به ویژه دانشگاه تهران جولانگاه اندیشه‌های گوناگون بود و روزی نبود که ساعت‌ها وقت دانشجویان به گفت‌وگوها و مناظرات و مشاجرات فکری‌ـ سیاسی نگذرد.