در 11 مرداد ماه 1360، مصادف با روز عید فطر، مراسم تنفیذ ریاست‌جمهوری محمدعلی رجایی در حسینیه جماران برگزار شد و امام خمینی(ره) حکم ریاست‌جمهوری ایشان را تنفیذ کردند.در روز 12 مرداد 1360، یعنی یک روز پس از تنفیذ، مراسم تحلیف رئیس‌جمهور در مجلس شورای اسلامی برگزار شد و با طی مراحل قانونی و رعایت همه مقررات مندرج در قانون اساسی، وی رسماً رئیس‌جمهور شد. با توجه به اهمیت و حساسیت زمان، مراحل قانونی طی شد و شهید رجایی همان روز تحلیف در مجلس، یعنی 12 مرداد 1360 در نخستین اقدام رسمی خود در مقام ریاست جمهوری، دکتر محمدجواد باهنر را برای کسب رأی اعتماد نمایندگان مجلس به عنوان نخست‌وزیر به مجلس شورای اسلامی معرفی کرد و طی نامه‌ای نوشت: «بر اساس اصل 174 قانون اساسی، برادر مجاهد و دانشمند متعهد محمدجواد باهنر را به عنوان نخست‌وزیر معرفی می‌نمایم. امید است با شناختی که اکثراً از ایشان داریم و با توجه به کارآیی‌هایی که در انجام وظایف محوله در سمت‌هایی از قبیل وزارت آموزش‌وپرورش از خود نشان داده‌اند، مورد تأیید اکثریت قاطع نمایندگان محترم قرار گیرند.»
آقای هاشمی‌رفسنجانی، رئیس وقت مجلس در جلسه یکصدونودم مجلس، یعنی روز 13 مرداد 1360، نامه رئیس‌جمهور وقت را قرائت کرد و طی سخنانی گفت: «آیین‌نامه‌های داخلی صراحت دارد که نامه رئیس‌جمهور در مجلس قرائت می‌شود و بحثی روی آن انجام نخواهد گرفت و جلسه بعد که فردا خواهد بود، بدون بحث با رأی مخفی نسبت به نخست‌وزیر جدید رأی‌گیری به عمل خواهد آمد. در بین این دو جلسه، مجلس می‌تواند برای مشورت‌های خصوصی نمایندگان یک جلسه غیررسمی و غیرعلنی داشته باشد... در دستور فردا فقط رأی‌گیری در مورد اظهار تمایل مجلس نسبت به آقای دکتر باهنر انجام خواهد شد.» آقای هاشمی‌رفسنجانی در خاطرات سال1360 خود یادآور شده که عده‌ای از نمایندگان مجلس به دلیل معمم و روحانی بودن شهید باهنر با نخست‌وزیری وی مخالف بودند و آورده است: «آخر وقت[ روز سه‌شنبه13مرداد]جلسه غیررسمی و غیرعلنی برای مشورت در امر نخست‌وزیری آقای باهنر داشتیم. عده‌ای از دوستان به دلیل روحانی‌بودن و ادعای کم‌تحرک بودن ایشان مخالف بودند و عده‌ای به خاطر عدم‌مشورت قبلی با آنها... .»
مجلس شورای اسلامی در روز 14 مرداد 1360 درباره نخست‌وزیر پیشنهادی آقای رجایی مشورت کردند و سپس رأی‌گیری صورت گرفت و از مجموع 168 نفر نماینده حاضر در مجلس، 130 نفر رأی موافق، 14 نفر رأی مخالف و 24 نفر رأی ممتنع دادند.
آقای هاشمی‌رفسنجانی در خاطرات روز 14 مرداد سال1360 نوشته است: «اول وقت به مجلس رفتم برای اینکه قبل از شروع جلسه، وضع آرای نمایندگان را نسبت به نخست‌وزیری آقای باهنر بسنجیم و فکری بکنیم که وضع بدی پیش نیاید.»
گفتنی است، 29 نفر از نمایندگان اعتبارنامه‌شان تصویب نشده بود و حق رأی نداشتند. اینها با ارسال نامه به رئیس مجلس موافقت خودشان را اعلام کردند. در ضمن آنهایی هم که مخالف بودند حرف درست و حسابی نداشتند و حتی لیبرال‌های مجلس هم با نخست‌وزیری آقای باهنر موافق بودند و نگرانی آقای رجایی به دلیل مخالفت‌های احتمالی نمایندگان مجلس برطرف شد. به این ترتیب، هماهنگی خیلی خوبی بین مجلس، رئیس‌جمهور و نخست‌وزیر انجام گرفت که آینده روشنی را نوید می‌داد.