دوم مرداد ۱۳۶۰، محمدعلی رجایی رئیس‌جمهور شد و دولت جدیدی با نخست‌وزیری محمدجواد باهنر در دستور کار قرار گرفت؛ اما عده‌ای از دوستان آقایان رجایی و باهنر نخست‌وزیر شدن باهنر را صلاح نمی‌دانستند؛ چون تحلیل‌شان این بود که موفق نشدن ایشان به معنای شکست روحانیت در اداره کشور است. از طرفی هم تحلیل می‌کردند که نمی‌شود یک روحانی زیردست غیر روحانی قرار بگیرد. در این زمینه جلسه‌ای با حضور رجایی و باهنر برگزار شده و این تحلیل‌ها مطرح می‌شود. آقای باهنر در پاسخ به این جمع می‌گوید: «یقین دارم که کارها را به خوبی انجام می‌دهم و شما هم [آقایان حاضر در جلسه] به جای نگرانی، با من همکاری و همفکری کنید و پیشنهادات و انتقادات خود را در انجام صحیح کارها مطرح کنید.»
در ادامه آقای رجایی هم طی صحبت‌هایی درباره پرسش‌های مطرح شده می‌گوید: «راجع به روحانی بودن ایشان باید بگویم که در مسائل دینی و فقهی من هیچ گاه خودم را برتر از ایشان نمی‌دانم و در برابر روحانیت تابع هستم؛ اما در مسائل اجرایی وقتی قرار شد شخصی مسئولیت اجرایی را بر عهده بگیرد و قانون رعایت شود، در اینجا روحانی و غیر روحانی تفاوتی ندارد. خیال شما هم راحت باشد که اگر کم‌کاری یا اشتباهی از جانب هر کسی باشد، هیچ رودربایستی و مانعی در میان نخواهد بود و من با آن برخورد خواهم کرد تا به کشور آسیب نرسد. شواهد و قراین و اسناد و مدارک فراوانی وجود دارد که آقای رجایی با آقای باهنر از سال‌های قبل از انقلاب با یکدیگر کارهای فرهنگی و آموزشی انجام داده و از نظر مبانی فکری و اعتقادی کاملاً به یکدیگر نزدیک بودند. این همکاری پس از انقلاب اسلامی ادامه داشت و آنها در جریان سیاسی هم‌فکر بودند و هر دو شخصیت شاخص خط امام شناخته می‌شدند. آقای باهنر در مصاحبه‌ای در پاسخ به این پرسش که چرا شما برای نخست‌وزیری انتخاب شده‌اید، گفت: «شاید علت این بوده باشد که با هم از دیرباز در متن جریان‌های انقلابی که به رهبری امام در جامعه انجام پذیرفت، حضور داشتیم و از اولین روزی که پایه شورای انقلاب گذارده شد، به عنوان یکی از اعضای اصلی هم‌رزم مرحوم آیت‌الله بهشتی در شورای انقلاب و در مراحل گوناگون شکل‌گیری جمهوری اسلامی و تبلور خط امام در متن نظام اسلامی بودیم و سوابقی که در زمینه مدیریت‌های فرهنگی و اجتماعی و سیاسی همدوش و با اصیل‌ترین برادران رزمنده و انقلابی و مکتبی و خط امام داشته‌ایم، سبب شده که ما را به این سمت کاندیدا کنند.»
نکته مهم دیگر پس از پیروزی انقلاب ما همواره درگیر اختلافات داخلی بوده است؛ اما در این دوره ریاست‌جمهوری و نخست‌وزیری نشانه‌هایی از اختلاف جناح‌بندی دیده نمی‌شود و به هیچ‌وجه اختلافات گذشته وجود ندارد. افزون بر آن خودشان عامل وحدت داخلی و ایجاد ثبات هستند و از مسائل راهبردی‌شان به شمار می‌آید.
به این ترتیب اساسی‌ترین گام برای تشکیل دولت آرمانی انقلاب اسلامی بود و این نوید را می‌داد که پس از کشمکش‌های طولانی بین جناح‌های سیاسی در ساختار رسمی اجرایی کشور، دوره ثبات سیاسی و تفاهم و همکاری رسیده است؛ البته متأسفانه دشمن این فرصت را از نظام گرفت.