با تشکیل کابینه محمدجواد باهنر و گرفتن رأی اعتماد وزرای دولت او از مجلس شورای اسلامی، دولت آقای رجایی با شروع جنگ تحمیلی مواجه شد که به دنبال آن بسیاری از مبناهای اقتصادی و اجتماعی دولت تغییر اساسی یافت؛ یعنی جنگ و پیامدهای آن برنامه‌های دولت را تحت‌الشعاع قرار داد.
از آنجایی که آقای باهنر در عرصه پژوهش و تنظیم برنامه‌ها تجربه و مهارت خاصی داشت، موفق شد برنامه جامعی را در همه زمینه‌ها برای دولتش تنظیم کند. البته وضعیت جنگ تحمیلی و فشار دشمنان خارجی، مانند تحریم، محاصره اقتصادی، تهدیدهای امنیتی، مشکلات داخلی و آثار باقی‌مانده از رژیم پهلوی برنامه جامعی را می‌طلبید که الحق و الانصاف از عهده شهید باهنر برمی‌آمد. برنامه‌های او برای اداره کشور و جنگ تحمیلی و وزرا به گونه‌ای تنظیم شده بود که پس از شهادت او تا پایان جنگ چندان دچار تغییر نشد و پاسخگوی نیازمندی‌های کشور و مشکلات ناشی از جنگ بود؛ اما متأسفانه، ابعاد این موضوع چندان مورد توجه قرار نگرفت. برنامه دولت او در پنجاه صفحه تنظیم شده بود که در این نوشته امکان شرح آن نیست؛ اما در این مختصر برخی نکات مهم مربوط به سازمان برنامه و بودجه وقت در تحقق سیاست‌ها و هدف‌های جمهوری اسلامی به طور فشرده ارائه می‌شود:
1ـ بازسازی سازمان برنامه و بودجه با جدیت دنبال شود و تا رسیدن به سازمانی کارا و موافق و منطبق با اهداف جمهوری اسلامی ایران ادامه یابد.
2ـ تجهیز سازمان برنامه با نیروهای مسلمان و متعهد به جمهوری اسلامی و دارای خلاقیت طراحی و برنامه‌ریزی باید با کوشش تمام انجام شود.
3ـ با همکاری مستمر دستگاه‌های اجرایی اقدامات لازم برای کاهش هزینه‌های جاری به نفع هزینه‌های عمرانی و بالا بردن ظرفیت تولیدی کشور صورت گیرد.
4ـ حرکتی سازنده به منظور تحقق ایده «سپردن کار مردم به مردم» صورت پذیرد. در این زمینه اقدامات لازم برای مشارکت هرچه وسیع‌تر مردم در برنامه‌ریزی ده و دهستان، عشایر، شهرستان و در نهایت برنامه‌ریزی ملی انجام خواهد گرفت.
5ـ درباره شرایط موجود و برنامه ضربتی و قریب‌الوقوع، این سازمان خود را موظف می‌داند که هر چه سریع‌تر ظرفیت جذب استان‌ها، شهرها و روستاها را بالا برده و از قدرت جذب در مراکز بزرگ به نفع مراکز کوچک بکاهد. برای تحقق این هدف لازم است قسمتی از بودجه‌های ملی که امکان استانی شدن آنها محرز است، هرچه زودتر استانی شوند که این خود انگیزه و زمینه جذب نیرو در استان‌ها را فراهم می‌آورد و... .
6ـ با توجه به وضعیت اقتصادی حاکم بر مملکت و آگاهی از منابع مالی و همچنین توجه به جنگ تحمیلی باید بودجه جنگی منطبق با شرایط موجود که معرف تحولاتی درخور شرایط است، تهیه و تنظیم شود.
7ـ نظارت دقیق بر اجرای قانون بودجه سال 1360 و تهیه ضوابط اجرایی آن ضروری است؛ به نحوی که حداکثر صرفه‌جویی در هزینه‌های جاری و حداکثر جذب صحیح هزینه‌های عمرانی تحقق پذیرد.