روزهای پایانی شهریور 1360، همواره با انفجار و ترور همراه بود؛ به گونه‌ای که یک هفته پس از انفجار دفترنخست‌وزیری، دادستانی کل انقلاب اسلامی هدف قرار گرفت و یکی دیگر از شخصیت‌های ممتاز انقلاب، یعنی آیت‌الله قدوسی به شهادت رسید. عامل انفجار هم شناسایی شد که یکی از عناصر شبکه نفوذی گروهک تروریستی منافقین به نام «محمود فخارزاده‌کرمانی» 25 ساله از اهالی مشهد بود. او در 1358 از هواداران منافقین بود که در بازداشتگاه موقت دادستانی حبس شد؛ اما به دلیل آنکه در دوران دبیرستان در انجمن اسلامی فعالیت‌های تبلیغی برای انقلاب و امام(ره) داشته، پس از اظهار ندامت آزاد شد و پس از مدتی در دبیرخانه دادستانی انقلاب مشغول کار شد. وی حدود 15 ماه با کارکنان دادستانی که اغلب از طلبه‌های مدرسه حقانی بودند همراه بود و مسئول دبیرخانه دادستانی کل شده بود؛ حتی شنیده شد که فخارزاده گفته بود، هر نامه فوری و سری که می‌آید، خیلی سریع به من برسانید که مبادا دیر شود. او با این ترفندها خیلی زود توانست مجموعه کارکنان دادستانی را مجذوب خود کند. یکی از کارکنان دادستانی که او را از نزدیک می‌شناخت، در مصاحبه‌اش می‌گوید: «یادم هست که وقتی اتفاق هفتم تیر افتاد، فخارزاده چطور داشت مثل مار گزیده به خودش می‌پیچید و اشک می‌ریخت. لباس سیاه پوشیده بود و می‌گفت عجب فاجعه بزرگی اتفاق افتاد.»
یکی از مسئولان دادستانی انقلاب در مصاحبه‌اش می‌گوید: «پس از انفجار نخست‌وزیری افرادی مثل شهید لاجوردی و آقای محسن رضایی(مسئول اطلاعات وقت سپاه پاسداران) به دادستانی آمدند، جلسه‌ای با آیت‌الله قدوسی داشتند و مطرح کرده بودند که آقای فخارزاده گرایش انحرافی دارد و صلاح نیست در دادستانی بماند. یکی دو روز بعد هم اعلام کردند که اصلاً این فرد باید دستگیر شود. روز پنج‌شنبه بود و به من اعلام کردند که صبح شنبه فخارزاده را می‌برند. شما سرپرستی دبیرخانه را بر عهده بگیر. خیلی تعجب کردم. پرسیدم یعنی کار فخارزاده به اینجا رسیده که ببرندش؟ گفتند: «بله ولی هیچ‌کس نباید بداند.»اما او در جریان قرار گرفته بود؛ لذا از فرصت تعطیلی بعدازظهر پنج‌شنبه و جمعه استفاده کرد و به دلیل اعتمادی که نگهبانی به او داشت، موفق شد مواد منفجره را از بیرون به داخل دادستانی منتقل کند و با یکی دیگر از همراهانش در سقف طبقه همکف که زیر دفتر شهید قدوسی بود، جاسازی کند. گفته می‌شود سقف هم آکوستیک بوده و آنها را باز کرده و بمب را زیر پای شهید قدوسی کار گذاشته است. این‌طور که مسئولان انتظامی اعلام کردند، بمب جاسازی شده از بمب‌های راه دور بوده است. فخارزاده از ساعت 6 صبح به آنجا آمده و منتظر آیت‌الله قدوسی بوده است که ساعت 8:10 آیت‌الله قدوسی در دفتر کارش حاضر می‌شود و چند دقیقه بعد ناگهان صدای انفجار می‌آید. آیت‌الله قدوسی بر اثر انفجار از طبقه بالا به پایین پرتاب می‌شود، بلافاصله ایشان را ابتدا به بیمارستان ارتش منتقل می‌کنند. بعد به بیمارستان شریعتی که پس از چند ساعت به شهادت می‌رسد.
نیروهای دادستانی انقلاب تلاش کردند تا فخارزاده را دستگیر کنند؛ اما متأسفانه ردّ پایی از او به دست نیامد.