سال 1359، سال پرتنشی برای جمهوری اسلامی نوپایی بود که خیلی زود درگیر تجاوز خارجی شده بود. تشنج در عرصه مطبوعات در اواخر زمستان سال 1359 اوج گرفت، آنجا که تشنجات سیاسی با پیوند بنی‌صدر و سازمان مجاهدین خلق و تقابل روزافزون با امام(ره) و جریان انقلابی، از طریق نشریات هدایت و به افکار عمومی تزریق می‌شد. در اسفندماه سال 1359، تعدادی از نشریات سازمان‌های سیاسی و چند روزنامه تعطیل شدند. به دنبال آن، وزارت ارشاد اسلامی در فروردین 1360، طی اطلاعیه‌ای مدیران مطبوعات را به تجدید اجازه انتشار آنها ملزم كرد و از صاحبان چاپخانه‌ها خواست تا از چاپ روزنامه‌ها و مجله‌های فاقد اجازه خودداری كنند. در 17 فروردین ماه 1360، روابط عمومی وزارت دادگستری طی اطلاعیه‌ای به مطبوعات متخلف به شدت اخطار داد. همان روز مدیرمسئول روزنامه «میزان» متعلق به نهضت آزادی به دلیل انتشار مقالات توهین‌آمیز «میثاق» و «از امام تا خط امام» بازداشت و فردای آن روز روزنامه تعطیل شد.
مدتی بعد به توصیه «شورای میانجی‌گری مطبوعات» كه در اواخر اسفند 1359 برای حل اختلاف دولت و مدیران روزنامه‌ها تشكیل شده بود، در شانزدهم خرداد 1360، با حكم دادستانی انقلاب اسلامی تهران، شش روزنامه و نشریه هفتگی وابسته به گروه‌های مخالف به دلیل نشر مقالات تشنج آفرین تا اطلاع ثانوی تعطیل شدند. در بخشی از این اطلاعیه آمده است: «نظر به اینکه روزنامه‌های آرمان ملت، انقلاب اسلامی، جبهه ملی و میزان با نشر مقالات تشنج‌زا و مخل به مبانی اسلامی و حقوق عمومی جامعه نوپا و انقلابی مردم مسلمان ایران بالاخص در زمان جنگ با ایجاد جوّ مسموم و اختلاف انگیز موجب اعتراض و شکایت اقشار مختلف مردم شده‌اند و هیئت سه نفره حل اختلاف نیز تخلف آنها را محرز دانسته است، لذا تا اطلاع ثانوی روزنامه‌های فوق‌الذکر توقیف و موضوع تحت رسیدگی و پیگرد قانونی می‌باشد... ضمناً نشریات (نامه مردم) و (عدالت) که در حال توطئه خزنده علیه جمهوری اسلامی و مبانی مقدس اسلامی می‌باشند نیز تا اطلاع ثانوی توقیف می‌باشند.»
به دنبال اطلاعیه دادستانی کل انقلاب اسلامی در جهت تعطیل شدن چند نشریه، از جمله روزنامه انقلاب اسلامی «ابوالحسن بنی‌صدر» رئیس‌جمهور در اطلاعیه‌ای به شدت نسبت به این موضوع اعتراض کرد. در بخشی از اطلاعیه بنی‌صدر آمده است: «خبر تعطیلی چند نشریه دیگر از جمله روزنامه انقلاب اسلامی را شنیدید. شب گذشته نیز برنامه تلویزیونی دادستان کل کشور را که به منظور لکه‌دار کردن رهبر نهضت ملی ایران دکتر محمد مصدق و خدشه‌دار کردن رئیس‌جمهوری تنظیم شده بود، تماشا کردید. اینها مراحل مختلف حرکتی است که حذف رئیس‌جمهوری منتخب شما را هدف قرار داده است... آنچه اهمیت دارد حذف رئیس‌جمهوری نیست، مهم آن است که غول استبداد و اختناق می‌خواهد بار دیگر حاکمیت خود را به شما مردم به پا خاسته تحمیل کند.»
به این ترتیب در اواخر بهار 1360، تعداد روزنامه‌ها و نشریات دوره‌ای ایران كه در بهار سال 1359 از 200 نشریه تجاوز كرده بود، به 62 نشریه كاهش یافت و از آن پس در تهران، تنها چهار روزنامه روزانه فارسی، شامل دو روزنامه عصر، یعنی «اطلاعات» و «كیهان» و دو روزنامه صبح، یعنی «جمهوری اسلامی» و «صبح آزادگان» به انتشار خود ادامه دادند. در این زمان هشت نشریه هفتگی شامل سروش، جوانان امروز، اطلاعات هفتگی، راه زینب، زن روز، همچنین امت، اتحاد و اتحاد مردم منتشر می‌شدند كه سه نشریه اخیر هم چند ماه بعد تعطیل شدند.
مشی حضرت امام(ره) در تمام این ادوار نه برخورد و حذف، که توصیه و راهنمایی بود. حضرت امام(ره) ضمن تأکید بر حفظ مرزهای آزادی و یادآوری این نکته که عبور از آن موجب تحدید و نفی آزادی و حاکمیت هرج و مرج و فعال شدن ضدانقلاب و بهره‌برداری بیگانگان و در نهایت تضعیف انقلاب اسلامی و تضییع حقوق ملت خواهد شد، تلاش می‌کردند تا مطبوعات را در کانال صحیح نقش‌آفرینی در جامعه و کمک به تحقق و ساماندهی جمهوری اسلامی قرار دهند و توجه به کارکردهای مثبت مطبوعات و شاخص مطبوعه مطلوب را یادآوری کنند. در همین راستا، در خردادماه سال 1360، در جمع اعضای هیئت تحریریه و کارکنان روزنامه کیهان، حضرت امام(ره) خطاب به ایشان می‌فرمایند: «روزنامه‌ها نباید صورت مخاصمه با کسی داشته باشند، صورت ارشاد داشته باشند. مطالب را بگویند. انتقاد باید بشود. تا انتقاد نشود، اصلاح نمی‌شود یک جامعه. عیب هم در همه جا هست؛ سر تا پای انسان عیب است و باید این عیب‌ها را گفت و انتقادات را کرد؛ برای اینکه اصلاح بشود جامعه.» حضرت امام(ره) در دیدار با سرپرست، سردبیران، معاونان، کارکنان و خبرنگاران خبرگزاری جمهوری اسلامی نیز از لزوم خبررسانی آزاد و صادقانه سخن گفته و تأکید می‌فرمایند: «آنچه در خبرگزاری‌ها مهم است کیفیت آن است؛ زیرا هر کدام که به راستی و راستگویی نزدیک‌تر باشند، شوق انسان را به گوش دادن بیشتر می‌کنند. در جمهوری اسلامی، باید صادقانه تمامی اخبار و خصوصاً مسائل مربوط به جنگ و نحوه برخورد دولت‌های بزرگ با ملت ایران، برای مردم بازگو شود.»
از نگاه ایشان، روزنامه‌ها متعلق به مردم است نه طبقات خاص، لذا باید مبتنی بر منافع همه آحاد ملت مطلب بنویسد. در تأکیدات ایشان در دیدار با مسئولان روزنامه‌های کیهان، اطلاعات و جمهوری اسلامی می‌خوانیم: «روزنامه‌ها مال طبقه سوم است، مال طبقه اول نیست و این هم نیست که همه‌اش مال حکومت باشد و از چیزهای حکومتی بنویسید، این صحیح نیست. به نظر من روزنامه‌ها برای همه مردم است و همه مردم در آن حق دارند و می‌شود گفت که گاهی جای دیگران غصب می‌شود.»
سال‌ها بعد حضرت امام(ره) در شرح آنچه در سال‌های 1358 تا 1360 در عرصه مطبوعات اتفاق افتاد، چنین می‌فرمایند: «جمهوری اسلامی از اول که پیروز شد، آزادی را به طور مطلق به همه طوایف داد. نه تنها هیچ روزنامه‌ای تعطیل نشد؛ بلکه هر گروه و حزبی به کارهای خود مشغول بودند، و بعضی از گروه‌ها که ناشناخته بودند، از طرف دولت به کار گماشته شدند. لیکن به تدریج فهمیده شد که اینها یا توطئه‌گرند یا جاسوسی می‌کنند. از طرف دیگر نمی‌شد که انقلاب را رها کنیم، نه اسلام اجازه می‌داد و نه عقل که یک دسته از عنوان دولت یا غیر دولت برای سرنگونی جمهوری اسلامی سوءاستفاده نموده و یا جاسوسی کنند و ما ساکت باشیم.»