از جمله موضوعات مورد توجهی که اذهان عمومی را در همان ابتدای پیروزی انقلاب اسلامی به خود مشغول کرده بود، نگاه رهبران و بزرگان انقلاب اسلامی به مسئله «تحزب» بود و پاسخ به این پرسش که آیا در حکومت دینی جایگاهی برای تحزب دیده شده است یا خیر؟
در پاسخ به این پرسش باید گفت، شکل‌گیری احزاب با باورها و اعتقادات فکری‌ـ سیاسی متنوع، هیچ گاه با مخالفت امام(ره) همراه نبود. امام(ره) ضمن آنکه مخالفتی با شکل‌گیری احزاب نشان نمی‌دادند، گاه حتی موافقت خود را نیز در قبال آغاز فعالیت آنان اعلام می‌کردند. حجت‌الاسلام سیدهادی خسروشاهی، از مؤسسان حزب خلق مسلمان درباره چگونگی شکل‌گیری این حزب می‌گوید: «با توجه به شرایط سیاسی خاص پس از پیروزی انقلاب و برای جلوگیری از هر گونه تفرقه و کار خارج از چارچوب قانون، به پیشنهاد آیت‌‌الله سید‌کاظم شریعتمداری، اینجانب همراه مرحوم شیخ غلامرضا گلسرخی، در «قم» به خدمت امام خمینی رسیدیم و موضوع تأسیس حزب را با ایشان در میان گذاشتیم که پس از استماع آرا و نظرات ایشان، و واگذاری امر به خود ما از طرف معظم‌له و انجام امری که «تکلیف شرعی» تشخیص می‌‌دهیم، تشکیل حزب خلق مسلمان به طور رسمی اعلام شد و حزب علاوه بر تهران، در شهرستان‌ها هم شعباتی دائر کرد و به فعالیت پرداخت.»
درباره تأسیس حزب جمهوری نیز آقای هاشمی‌رفسنجانی در نامه‌ای که خطاب به حضرت امام(ره) نوشت، نقل می‌کند: «ما حزب جمهوری اسلامی را با مشورت با شخص جناب‌عالی و گرفتن قول مساعدت و تأیید غیرمستقیم‌ـ من شخصاً در مدرسه علوی با شما در این باره مذاکره کردم‌ـ تأسیس کردیم و با توجه به اینکه قانون اساسی، تعداد احزاب را پذیرفته، فکر می‌کنیم یک حزب اسلامی قوی برای تداوم انقلاب و حکومت اسلامی ضرورت دارد و جناب‌عالی هم روزهای اول در تهران و قم مکرراً تأیید فرمودید.» البته امام(ره) از همان ابتدا نیز در باب تأسیس حزب ملاحظاتی داشتند که به مؤسسان حزب جمهوری اسلامی انتقال دادند. آقای هاشمی در این باره می‌گوید: «وقتی امام به ایران آمدند و بعد از تشکیل دولت موقت، من خدمت ایشان رفتم، بحث تحزب را با ایشان شروع کردم و گفتم: دیدید که نهضت آزادی با تحزب نیم بند خود، دولت را تشکیل داد و نیروهای خط امامی هیچ تشکلی ندارند؟ ایشان کمی فکر کردند و قبول کردند... ایشان احساس کردند که جای یک تشکیلات در بدنه نیروهای مردمی خالی است. مسئله دولت را هم دیدند. من از طرف رفقا مأمور شده بودم که با ایشان بحث جدّی کنم. بعد از چند دقیقه‌ای که صحبت کردیم؛ پذیرفتند و گفتند: «بروید تشکیل بدهید.» بعداً هم به صور مختلف تأیید کردند و حتی پول دادند و بالاتر از اینها، اجازه فرمودند سهم امام برای هزینه‌های فرهنگی و تربیتی حزب صرف شود.»
به هر حال با نظر مثبت امام(ره)، فعال شدن احزاب و گروه‌های گوناگون می‌توانست به فرصتی برای توسعه سیاسی نظام نوپای اسلامی تبدیل شود؛ اما به دلیل فقدان مبنایی مشخص برای فعالیت‌های سیاسی، نبود فرهنگ تحزب تکوین یافته در میان فعالان سیاسی، عدم تدوین قانون اساسی و قانون احزاب، رشد خوی قدرت‌طلبی و ترجیح منافع جناحی ـ سیاسی بر منافع ملی، نفوذ بیگانگان در احزاب سیاسی، تعلقات برخی احزاب به بیگانگان، بنیان‌های فکری کاملاً متفاوت و متضاد بین احزاب، فقدان تجربه لازم در رقابت سیاسی قانونی و... این تکثر احزاب به تهدیدی علیه نظامی بدل شد که هنوز مرحله تأسیس و ساماندهی خود را طی می‌کرد!
احزاب و گروه‌های سیاسی در ماه‌های ابتدایی پیروزی انقلاب اسلامی به عاملی برای ایجاد بلوا و ناآرامی بدل شده بودند و هر روز داستان جدیدی به راه می‌انداختند. اولین اقدامات تروریستی را همین گروه‌هایی کلید زدند که طلبکار آزادی بودند. ترور سپهبد قرنی و استاد شهید مرتضی مطهری اولین اقدامات خائنانه‌ای بود که در فضای آزاد سیاسی انجام شد. پس از شهادت استاد مطهری بود که حضرت امام(ره) ضمن اظهار تأسف و تأثر از شهادت شاگردشان فرمودند: «ما آزادی بیان، برای گفتن، برای نوشتن، می‌‌دهیم؛ لكن برای توطئه اجازه نخواهیم داد. و توطئههای شما را، و شما را اگر توطئه كنید، دفن خواهیم كرد.»
چند ماه بعد در روز یكشنبه ۲۱ مرداد ۱۳۵۸ حزب «جبهه دموکراتیک ملی» به بهانه مخالفت با توقیف روزنامه آیندگان خیابان‌های مرکزی پایتخت را به آشوب کشاندند؛ در حالی که در این ایام کردستان ایران روزهای به شدت ناآرامی را می‌گذراند و حزب دموکرات کردستان ایران با گشودن آتش گلوله به کشتار مردم بی‌گناه کرد و نیروهای نظامی و انتظامی روی آورده بود. درست در روزی که محاصره پاوه تنگ شده و شهر در حال سقوط بود، حضرت امام(ره) با احزاب و گروه‌های سیاسی فتنه‌گر اتمام حجت کردند و با لحنی هشدارگونه و با قاطعیت تمام فرمودند: «ما یک حزب را، یا چند حزب را، که صحیح عمل می‌کنند می‌گذاریم عمل بکنند، و باقی همه را ممنوع اعلام می‌کنیم، و همه نوشته‌جاتی که اینها داشته‌اند و برخلاف مسیر اسلام و مسیر مسلمین است، ما همه اینها را از بین خواهیم برد. ما بعد از اینکه فهماندیم به اینها که شماها دیکتاتور هستید، ما آزادی‌خواه بودیم و شما نگذاشتید، ما آزادی دادیم و شما نگذاشتید این آزادی باقی بماند، حالا که این طور شد، ما انقلابی با شما رفتار می‌کنیم.»
آنچه موجب شد تا حضرت امام(ره) چنین مواضع تند و قاطعی را در برابر گروهکی تجزیه‌طلب که خود را یک حزب سیاسی معرفی می‌کرد، بگیرد، نه حزب بودن آن و مواضع صرف سیاسی‌اش، بلکه دست بردن به اسلحه و اقدام عملی بود که با هدف براندازی و تجزیه سرزمینی آغاز شده بود. به واقع، دیگر با یک حزب سیاسی با کارکردهای تعریف شده مواجه نبودیم، بلکه نیروی مسلحی به میدان آمده بود که با تفنگ سخن می‌گفت، نه با تحلیل سیاسی یا بیانیه حزبی و تنها خود را به نام یک حزب سیاسی آراسته بود!