پس از فتح تهران که مشروطه خواهان از هر سو به تهـران هجوم آوردند و حکـومت استبـداد محمدعلـى شـاه را سرنگـون کردند، بـه واسطه انحرافات زیادى که در میان ایشان وجود داشت منزل شیخ فضل الله نورى را که از رهبران اصلى مشروطیت و از نخستین قیام کنندگان براى ایجاد عدل و برچیدن بساط ظلم بود محاصره کردند .
تاریخ نویسان ، حوادثى را که در خانه شیخ گذشت ، چنین نوشته اند :
« یک نفر از سفارت روس وارد شد و با حاج شیخ مذاکره و او را دعوت به سفارتخانه نمـود . حاج شیخ جواب داد :مسلماننباید پناهنده کفر
شود، آن هم مثل من .بعد آن شخـص اظـهـار کرد که اگر حاضر نمى شوید بیایید بیرق را بالاى سر در خانه نصب نمایید و بـیـرق را نشان داد و اجازه خواست سر در عمارت قرار دهند .در این قسمت هم حاج شیـخ فضل الله جـواب داد که اسلام زیر بیرق کفر نخـواهد رفت .آن شخص
گفت :بـراى شما خطر جانى خـواهد داشت ، . جواب دادند :زهى شرافت و آرزومندم».
شیخ که مى تـوانست همچـون محمدعلـى شاه و بسیارى از رجال به سفارتخانه اى پناهنده شود و جان خـود را از خطرات محفـوظ بدارد،
ترجیح داد تا در منزل بماند و زیر بار ننگ نـرود درحالى که حق با او بود .وقتى اطرافیان شیخ به او پیشنهاد کردند که در خانه اى پنهان شود و بعد مخفیانه به عتبات برود گفت :« اگر من پایـم را از این خانه بیـرون بگذارم ، اسلام رسوا خواهـد شد».
او در مقابل پیشنهاد دیگرى که خواستند به سفارتى پناهنده شود با خونسردى پرچم خارجى را که برایش فرستاده بودند، نشان داد و فرمود :
« این را فرستاده که من بالاى خانـه ام بـزنـم و در امان باشم .آیا رواست که من پس از هفتاد سال که محاسـنـم را براى اسلام سفیـد کـرده ام حـالا بیایم و بروم زیر بیرق کفر؟»
پس از این گفت وگوها شیخ همه اطـرافیان را مرخص کـرد تا مبادا به ایشان آسیـبـى بـرسد. سرانجام در ٨ مرداد ١٢٨٨مرجع تقلید شیعه را
به وسیله ٧٠ نفر مجاهد !دستگیر و با درشکه به اداره نظمیه بردند و زندانى کـردند .حکم اعدام شیخ از قبل توسط انگلیسى ها صادر شده بود،
لکن براى صحنه سازى سه روز او را نگاه داشتند و سپـس او را تـوسط شیـخ ابـراهیـم زنجـانـى ، روحانى نمایى بى سواد و لامذهب و چند نفر از ایادى انگلیـس ، حـدود یک ساعتـى بـازجویـى کردند .در این بازجویى شیخ به زنجانى گفت :
«تو کوچک تر از آنى که مرا محاکمه بکنى » و مجدداً گفت :
«.عالم را با جاهل بحثى نیست »
او را در روز میلاد حضرت على (ع)به کاخ گلستان بردند و بار دیگر به بازجویى پرداختند . شیخ در جلسه دادگاه برخاست و خطاب به یپرم
خان ارمنى گفـت :« مشروطه تا ابدالدهر حـرام خـواهد بـود، مـؤسسـان ایـن مـشـروطه ، هـمـه لامـذهـبـیـن صـرف هـسـتـنـد و مـردم را فـریـب دادهاند.»
جالب اینجاست که وقتى محاکمه صورت مى گرفت ، در بیرون مشغول آماده سازى جایگاه اعدام وى بودند .مـوقعى که مى خواستنـد او را براى اعدام ببرند اجازه خواندن نماز عصر به وى ندادند و ایشان را به سوى جایگاه اعدام راهنمایى کردند .وى وقتى به در نظمیه رسید رو به آسمان کرد و گفت :« افوض امرى الى الله ان الله بصیر بالعباد » و زمان حدود یک ساعت و نیم به غروب روز سیزده رجب ١٣٢٧ قمرى بود .وقتى به پایه دار در میدان توپخانـه نـزدیک شد، برگشـت و مستخدم خود را صدا زد و مهرهاى خود را به او داد تـا خــرد کـنـد، مـبـادا بـعـداز او بــه دســت دشمنانش بیفتد و بـراى او پرونده سازى کننـد . پس از آن آقا عصا و عبایـش را به میان جمعیت انداخت و روى چهارپایه رفت و قریب ده دقیقه براى مردم صحبت کرد و فرمود :
«خدایا، تو خودت شاهد باش که من آنچه را که باید بگویم به این مردم گفتم ...خدایا تو خودت شاهد باش که من براى این مردم به قرآن تو قسم یاد کـردم ، گفتنـد قـوطى سیگـارش بود خدایا تو خـودت شاهد باش که در این دم آخـر باز هـم بـه این مـردم مى گویم کـه مـوسس ایـن اساس لامذهبـیـن هـسـتـنـد کـه مـردم را فـریـب داده انـد ...ایــن اســاس مــخــالـف اســلام است .محاکمـه مـن و شـمـا مـردم بماند پـیـش پیغمبر محمدبن عبدالله»
آن گاه عمامه را از سر برداشته و فرمود:« از سر من ایـن عـمـامـه را برداشتنـد، از سـر هـمـه .برخواهند داشت.»
در آستانه اعدام یکى از رجال وقت با عجله براى او پیغام آورد که شما این مشروطه را امضـا کنید و خـود را از کشتن برهانید و او در جـواب
فرمود :
« دیـشـب رسـول خـدا را در خــواب دیـدم ، فرمـودند :فـردا شب میهمان منى و مـن چـنـیـن امضایى نخواهم کرد.»
طـنـاب دار بـه گــردن وى انـداخـتـه شــد و لحظاتى بعد پیکر بى جان آیت الله شیخ فضل الله نورى برفراز دار باقى مانده بـود و دسته موزیـک
شـروع به نـواختـن کـرد و مـردم ک مـى زدنـد و شادى مى کـردند و چه بى احـتـرامى هایى که بـه جنازه شیخ نکردند .
خانواده وى ، جنازه شیخ را مخفیانه به منزل بردند و در اتاقـى درحالى که غسل و کفـن شـده بود گذاشتنـد و آن را تیغـه کردند و بـراى این که
کسى بـویـى نـبـرد مـراسمى ظـاهـرى گـرفتـنـد و جنازه اى غیـرواقعى را در قبرستان دفن کـردند و صورت قبر براى آن ساختند .پس از هیجده ماه که مردم کم کم با خبر شده بـودند و مى آمدند و پشت دیـوار فاتحه مـى خـواندنـد و مـى رفتنـد و احتمال خطر از هـر سـو مـى رفت جنـازه مطهـر شیخ فضل الله را بدون آن که کمترین آسیبى دیده باشد از آن اتاق در آوردند و مخفیانه به قم انتقال دادند و در مقـبـره اى که قبلا در صحـن مـطـهـر تدارک دیده بود، دفن کردند.