مقام معظم رهبری در بیاناتی که در مراسم بیعت نخست وزیر وقت و هیات وزیران با معظم له پس از رحلت جانگداز امام راحل داشتند، به برخی از ویژگی های نظام سیاسی در مکتب امام خمینی (ره) اشاره فرمودند.
1- طراحی نظام سیاسی براساس اندیشه دینی و مقتضیات زمانی؛ یکی از شاخص های اصلی مکتب سیاسی طراحی شده از سوی امام خمینی (ره) این بود که حضرت امام با آن بینش راسخ و خلاق اعتقادی و سیاسی، نظام سیاسی را براساس «اندیشه دینی و مقتضیات زمانی» طراحی و ابتنا نمودند. امام خمینی (ره) در دوران تبعید از موضع یک فرد طراح و خلاق فکری، طرح یک نظام و حکومت جدیدی را ریختند که هیچ گونه سابقه ای از آن در پیش چشم جهانیان و مسلمانان وجود نداشت. «بنای اسلامی، با توجه به نیازهای دنیای جدید ومسائلی که در دنیا مطرح است؛ ترکیب این مسائل، می شود طراحی یک نظام.»
2- جامع نگری و نگاه جهانی؛ نگاه بین المللی و جهانی مکتب سیاسی امام (ره) به همراه جامع نگری آن شاخص دیگر این مکتب است. گستره گیرندگان و مخاطبان پیام رهایی بخش امام تنها ملت ایران نبود و امام با آگاهی و جامعیتی که در شخصیت خود داشتند، بشریت را مخاطب پیام و مکتب سیاسی خویش قرار دادند. البته «تفاوت امام با کسانی که برای خود رسالت جهانی قائلند، این است که مکتب سیاسی امام با توپ و تانک و اسلحه و شکنجه نمی خواهد ملتی را به فکر و به راه خود معتقد کند.» در حالی که امروزه آمریکایی ها با ادعای رسالت جهانی برای خود، کشتار و قتل عام مردم در کشورهای مختلف را به عنوان ابزار توسعه ارزشهای منحط خود برگزیده اند.
اما مکتب پویای اسلام و مکتب سیاسی امام (ره) که برگرفته از آن می باشد، فکر درست و سخن تازه خود را با تبیین و استدلال در فضای ذهن بشریت امروز رها می سازد تا همانند نسیم بهاری و لطافت عطر گلها شامه اذهان و افکار آماده در سراسر دنیا را نوازش نماید. مسلما در این بین ملتی که شامه درست و قوه مفکره صحیح داشته باشند، از آن بیشتر بهره می برند. از همین روی است که فلسطینی ها و لبنانی ها پیروزی های پی در پی خود بر اشغالگران سرزمین های اسلامی را مرهون و مدیون مکتب سیاسی امام می دانند و توده های امت اسلامی با نام اسلام احساس عزت و افتخار می نمایند. «این همان نگاه بین المللی و جهانی مکتب امام به مسائل بشر است که البته مخصوص دنیای اسلام هم نیست.»
3- همسو نمودن معنویت و سیاست؛ سومین شاخص مکتب سیاسی امام (ره) عدم انفکاک دین و معنویت از سیاست است. انقلاب اسلامی بر پایه اصول مستحکمی بنا شد که هم اجرای عدالت را مورد نظر قرار داد، هم آزادی و استقلال را و هم معنویت و اخلاق را در صدر سیاست نشاند و بر این اندیشه خام شکل گرفته در شرق و غرب که دین را یا افیون حکومت و توده یا غیر کارآمد و دست و پاگیر در حکومت دنیایی می پنداشتند، مهر بطلان کشید و دین را معیار و شاقول درستی سیاست و سیاست را در خدمت دین و بشر قرار داد، یعنی «کار سیاسی باید متدینانه باشد. همه چیزهایی که در شرع حرام است، به توان دو در کار سیاسی باید مورد توجه قرار گیرد و معتبر شمرده شود. کار سیاسی باید به دور از بی پروایی باشد.» احیای روح دینی جوامع اسلامی، تقویت ایمان مردم و مقید کردن سیاست به معنویت و دیانت کار بزرگ امام خمینی (ره) در عصر حاضر است.