الف : تفاوت ماهیتی
1- تفاوت در اهداف: سازمان اولیه متناسب با شرایط سیاسی - امنیتی ابتدای پیروزی انقلاب مبتنی بر اهداف زیر شکل گرفته بود:
«الف- پاسداری، تداوم و گسترش انقلاب اسلامی در ابعاد ایدئولوژیک، سیاسی و نظامی
ب- مقابله با گروههای مخالف انقلاب بالاخص سازمان مجاهدین خلق(منافقین)»
اما سازمان جدید در فضای رکود فعالیتهای حزبی - سیاسی در ابتدای دهه 70 با اهداف اعلامی زیر شکل گرفته است:
« الف: پاسداری از اصول، ارزشها، آرمانها و دستاوردهای انقلاب اسلامی که از جمله آنها نظام جمهوری اسلامی و قانون اساسی می باشد.
ب: تداوم، گسترش و تعمیق انقلاب اسلامی در ایران و جهان.
ج: رشد و ارتقای سطح آگاهی های عقیدتی - سیاسی و تعالی اخلاقی و معنوی توده های مردم و سازماندهی و بسیج آنها به منظور شرکت فعال و واقعی در امور انقلاب، جامعه و سرنوشت خویش.
د: تحقق جامعه ای آباد، آزاد، مستقل و عاری از ستم، استثمار و استضعاف و شرک و نفاق...»
2- تفاوت در مشی: سازمان اولیه متناسب با شرایط آن روزها سازمانی «سه بعدی ایدئولوژیک - سیاسی - نظامی» بود و وجه نظامی و مسلحانه بر دیگر ابعاد آن غلبه داشت. به همین خاطر آنچه در پرونده این سازمان ثبت گردیده بیشتر مقابله نظامی با ضد انقلاب و منافقین است.
اما در اساسنامه سازمان جدید سازمان تشکیلاتی با مشی «عقیدتی - سیاسی» معرفی شده و سازمان در قالب یک حزب سیاسی در تحولات سیاسی کشور حضور داشته است.
3- تفاوت در مکانیزم حضور در صحنه: دیگر تفاوت سازمان جدید و قدیم را باید در نیمه مخفی و نیمه علنی بودن سازمان قدیم و علنی بودن سازمان جدید دانست. سازمان جدید، تشکیلاتی است سراسری و علنی که مبتنی بر چهارچوب قانون احزاب فعالیت کرده و اعضا و هواداران آن مشخص و معین می باشد.
4- تفاوت در میزان انسجام: همانطور که پیش از این اشاره گردید، سرعت تحولات انقلاب و ضرورتهای انقلابی مانع از آن بود که 7 گروه مبارز بتوانند با شناختی دقیق از یکدیگر به ائتلاف برسند بالاخص اینکه اولاً: بسیاری از این گروهها ارتباط مستمر و دقیقی با یکدیگر نداشته و ثانیاً: فعالیتهای آنها مخفیانه و به قصد براندازی رژیم ستمشاهی بود ثالثاً: حوزه جغرافیایی متفاوت فعالیت آنها نیز بر تفرق و تنوع عقاید ایشان افزود و از شکل گیری سازمانی یک دست و یکپارچه مبتنی بر مرامنامه ای مشخص ممانعت نمود. هرچند وجود دشمنی مشترک و فضای سنگین فعالیت ضدانقلاب توانست برای مدتی این افراد را در ذیل سازمان به اقدام مشترک سوق دهد ولیکن با کاسته شدن از تهدیدات ضد انقلاب، زمینه طرح و علنی شدن اختلافات فراهم آمد و در نهایت به استعفای بخشی از اعضای سازمان و انحلال سازمان منجر گردید.
ولیکن سازمان جدید از یکپارچگی و یکدستی لازم برخوردار بوده و اعضای موسس با عبرت آموزی از گذشته، قبل از هرچیز به وحدت اعتقادات و باورها پرداخته و با دقت نظر و سختگیری در عضوگیری توانسته اند سازمان را به یکی از منسجم ترین تشکلهای سیاسی کشور تبدیل نمایند.
5- تفاوت در اعضا: یکی از تفاوتهای مشهود تفاوت در اعضای سازمان است. در سازمان اولیه افراد دیگری از اعضای حاضر در سازمان جدید حضور داشتند که بسیاری از آنها یا از مخالفین فکری اعضای اصلی سازمان امروز بوده و یا بدلائل متعددی در سازمان جدید عضویت نیافتند.
سازمان جدید را باید دارای هسته مرکزی و اعضای پیرامونی دانست که بخش مرکزی آن را کسانی تشکیل می دهند که در سازمان اولیه حضور داشته و مابقی اعضا افراد جدیدی هستند که به عضویت سازمان درآمده اند.
محمد سلامتی بهزاد نبوی محسن آرمین، محمدصادق نوروزی سید مصطفی تاجزاده، پرویز قدیانی، هاشم آقاجری فیض الله عرب سرخی حسین عابد حسن ظریفیان، بهنام شریفی احمد فهیمی فر از جمله این افراد هستند که در هر دو سازمان عضویت داشتند.
ب- تفاوت شکلی
در کنار تفاوتهای ماهوی دو سازمان همنام تفاوتهای شکلی نیز می تواند قابل توجه باشد که به اختصار بدان اشاره می شود.
1- وجود پسوند «ایران»در ادامه نام سازمان جدید مجاهدین انقلاب اسلامی.
2- داشتن ارگان رسمی ویژگی ای است که سازمان اول از آن محروم بود، اما سازمان جدید در مهرماه 1373 نشریه ای را با نام «عصرما» منتشر نمود که در برگیرنده مواضع اصلی سازمان در حوزه های مختلف سیاسی فرهنگی، اجتماعی بود. با توقیف «عصر ما»، سازمان در سالهای 1381 تا 1385 ارگانی نداشت تا اینکه در فروردین این سال نشریه ای با عنوان «عصر نو» جایگزین عصرما گردید.
3- در سازمان پیشین نماینده ای از جانب رهبری انقلاب برای نظارت بر عملکرد سازمان وجود داشت تا مسایل فقهی و سیاسی از طریق ایشان پیگیری شود، ولی در سازمان جدید چنین جایگاهی دیده نشده است.
بهزاد نبوی در پاسخ سوال خبرنگار رادیو گفتگو که از وی پرسید: «سال 70 وقتی که این حزب خواست فعالیتش را شروع نماید نسبت به سازمان سابق چه تغییراتی در خط مشی و استراتژیتان ایجاد کردید ؟» پاسخ می دهد:
«تغییرات شکلی و محتوایی مهمی که می توانم بگویم یکی نام سازمان بود و یک پسوند ایران به آن اضافه کردیم. این پسوند ایران البته الزاماً به آن دلیل نبود که معتقد بودیم این سازمان جدید مربوط به کشور جمهوری اسلامی ایران است و سازمان قبلی رسالت جهانی داشته است. علت تغییر نام حزبی فوق این بود که ما می خواستیم هم نام سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی را برای خودمان حفظ کنیم چون معتقد بودیم آن یک پیشینه و سابقه و تاریخ است برای ما و هم اینکه می خواستیم برخی دوستان سازمان قبلی که با تشکیل این سازمان جدید ممکن بود مخالف باشند اعتراضی نداشته باشند و بگویند این سازمان در سال 1364 توسط امام با انحلالش موافقت شده بنابراین کاری که شما انجام می دهید غیر قانونی است. سازمانی که توسط امام با انحلالش موافقت شده شما دوباره فعال کرده اید در واقع پسوند ایران را گذاشتیم که نام، نام جدید باشد در ضمن هر کسی این نام را می شنود بداند پیشینه این سازمان به کجا برمی گردد و شجره نامه ما مشخص باشد.
نکته دوم اینکه در سازمان اولیه ما گفته بودیم سازمان یک سازمان نیمه مخفی و نیمه علنی است که در سازمان جدید سازمان را علنی اعلام کردیم.
نکته سوم اینکه در سازمان اولیه برای سازمان بعد نظامی قائل شده بودیم ولی در سازمان جدید فقط سازمان را سیاسی و عقیدتی دانستیم دلیلش هم روشن است سازمانی که در اول انقلاب تشکیل شده بود شرایط ایجاب می کرد که حتی شاخه نظامی داشته باشد.
و بالاخره با استفاده از سازمان قبلی سعی کردیم در سازمان جدید شرط انسجام فکری و ایجاد هسته فکری منسجم را به عنوان اصلی ترین مسئله بپذیریم و خلاصه تلاش کردیم از یک سوراخ دوبار گزیده نشویم و این بار سعی کنیم حتماً مبنای همکاری با افراد را انسجام فکری بگذاریم که طبیعی است در اعضای موسس چون بعضاً شاید در سال 70 حداقل 13 سالی بود که با هم ارتباط داشتند و تقریباً این انسجام فکری حاصل بود و برای آینده هم به همین دلیل در مسئله عضوگیری و گسترش سازمان تصمیماتی گرفتیم که مبادا به سرنوشت سازمان قبلی دچار شویم.» (عصرنو شماره 59)