سازمان مجاهدین انقلاب بر خلاف تحلیل خاتمی، عدم حضور در انتخابات را حکم تاییدی بر رد صلاحیت خود میداند و معتقد است اگر در انتخابات کاندیدا نشوند، برای همیشه عدم تایید صلاحیت خود را پذیرفتهاند.سید محمد خاتمی چندی پیش خواهان جلوگیری از ورود تندروها به لیست ائتلاف اصلاحطلبان شده بود، اما اعضای سازمان مجاهدین انقلاب بر خلاف تحلیل خاتمی عدم حضور در انتخابات را حکم تاییدی بر رد صلاحیت خود میدانند و معتقدند اگر در انتخابات کاندیدا نشوند، برای همیشه عدم تایید صلاحیت خود را پذیرفتهاند.تحلیل خاتمی بر این بود که این افراد در عرصه انتخابات فعالیت کنند، اما کاندیدا نشوند. در عین حال سازمان مجاهدین میگوید اگر رد صلاحیت هم بشویم باید در انتخابات کاندیدا شده و حرف خود را بزنیم؛ چرا که نمیتوانیم از برخی تصمیمات شورای نگهبان و رد صلاحیتها بگذریم.در آستانه ثبت نام کاندیداها قرار بود اعضای مشارکت، سازمان مجاهدین و نهضت آزادی در سه زمان مشخص برای ثبت نام اقدام و فضایی را برای پررنگ جلوه دادن حضور خود بوجود آورند، اما نهضت آزادی و مشارکتیها به جز چهرههای متعادل و نزدیک به خاتمی، برای ثبت نام حضور نیافتند و فقط اعضای سازمان مجاهدین ثبت نام کردند که عدم حضور این دو گروه موجب ناراحتی سازمان مجاهدین شده است.همچنین از سوی دیگر آقای خاتمی نیز از این که سازمان مجاهدین برخلاف این مشی اقدام کرده بود، راضی به نظر نمیرسد.