روش ها و مکاتب فکری از یکدیگر تأثیر می پذیرند و بر هم تأثیر می گذارند. بر این اساس اگر بخواهیم در ادامه مطالب پدیدارشناسی به ارتباط این روش با دیگر روش ها اشاره کنیم، باید متذکر شویم که همان طور که گذشت پدیدارشناسی، وجود را در پرانتزی قرار می دهد تا بتواند اشیا را توصیف نماید. این امر تا حدی در مقابل اصالت وجود اگزیستانسیالیسم قرار می گیرد. پدیدارشناسی از یک طرف با روش های اثبات گرایانه و از طرف دیگر با تبارشناسی پسا تجددگرایانه جمع نمی شود، اما با هرمنوتیک هماهنگی دارد. پدیدارشناسی از این جهت در مقابل تاریخ گرایی است که برداشت مقطعی از یک موضوع دارد. پل ریکور فرانسوی هرمنوتیک پدیدارشناسانه خود را در مقابل نیچه، مارکس و فروید قرار می دهد. به اعتقاد او، این سه نفر ضد پدیدارشناسی هستند. فوکو هم نقاد پدیدارشناسی محسوب می شود.
پدیدارشناسی همچنین با اثبات گرایی، روانشناسی گرایی و علم گرایی مخالف است. روانشناسی جزءنگر است و قوانین اجتماعی را به قوانین روان شناختی و فردی تقلیل می دهد. روانشناسی شکل تجربی و احتمالی دارد و از این جهت با پدیدارشناسی در ستیز است. آگاهی روانشناسی ممکن است به صورت درونی و منقطع از داده های تجربی باشد، ولی پدیدارشناسی، آگاهی پنداری را حاصل احوال روانی و داده های تجربی تلقی می کند. در روانشناسی تقدم میدان بر سازمان یا آگاهی محرز است و در پدیدارشناسی تقدم فاعل.
روش پدیدارشناسی هم مانند هر روشی دارای ضعف ها و قوت هایی است. آگاهی از کارآیی ها و محدودیت های یک روش در استفاده از آن روش برای سامان بخشی به یک مقوله علمی کمک شایانی می نماید. یکی از استفاده های روش پدیدارشناسی در ایران در برخی جریان های روشنفکری جامعه قابل ملاحظه است. به عنوان مثال رضا داوری در نقد غرب، نگرشی پدیدارشناسانه دارد. وی در کتاب «فلسفه در بحران»، بر اساس مبانی پدیدارشناسی هایدگر معتقد است تمدن غرب پشت به حق کرده و جبرتاریخی و توطئه بر آن حاکم است. به اعتقاد او، تاریخ غرب شکل دورانی دارد. برخی معتقدند روش پدیدارشناسان نوعی مغلق گویی و دور شدن از مبنای تجربه است، چرا که آنها معرفت به ذات پدیدار را شرط می دانند. به اعتقاد دکتر داوری، ذات غرب خودمداری و انسان محوری است و این امر از رنسانس شروع شد، در حالی که رنسانس بر دوش خداپرستان بود، اما در خصوص محدودیت های این روش باید گفت که قلمرو پدیدارشناسی در عمل نامحدود است و نمی توان آن را در محدوده علم خاصی قرار داد. بنابراین نمی توان مانع کسی شد که ادعای پدیدارشناسی دارد، به شرط آن که نگرش به گونه ای با ریشه کلمه پدیدارشناسی ربط داشته باشد، لذا پدیدارشناسی را نمی توان روشی دانست که به دقت تعریف شده است چه رسد به این که سیستمی فلسفی با ساختاری قطعی محسوب شود. محدودیت دیگری که فراروی پدیدارشناسی به نظر می رسد، عبارت از این مسئله است که در برداشتن برداشت پیشینی در محقق و شهودهای ذاتی متنوع است و در واقع به یک نتیجه نمی انجامد. پس پدیدارشناس عملاً از توصیف خارج می شود و به ساختارها و تحلیل آنها می پردازد.