یکى از اصلى ترین مسائل موجود در نشست اخیر ناتو در بخارست،مخالفت یونان با عضویت مقدونیه در ناتو بود.این مسئله سبب شعله ور شدن اختلافات موجود میان دو کشور شده است.
عضویت مقدونیه در ناتو به دلیل وتوى یونان رد شده است . آنتونیو میلوشوسکى وزیر امور خارجه مقدونیه در یک کنفرانس خبرى در بخارست با ناخرسندى از عدم موفقیت مقدونیه در دریافت دعوتنامه عضویت در سازمان پیمان آتلانتیک شمالى (ناتو) کشورهمسایه خود یعنى یونان را در این امر مقصر قلمداد کرد.
وزیر امورخارجه مقدونیه تصریح نموده است که یونان از امروز مسوولیت هرگونه بى ثباتى احتمالى در منطقه را مىبایستى بطور کامل بر عهده بگیرد. اختلافات یونان و مقدونیه بر سر نام این جمهورى است . تازهترین پیشنهاد متیونیمس میانجیگر سازمان ملل متحد در رفع اختلافات یونان و مقدونیه انتخاب نام جمهورى مقدونیه -اسکوپیه براى مقدونیه است که رهبران مقدونیه به رغم ناخرسندى آن را بخاطر عضویت درناتو قبول کرده بودند. این اختلافات که حدود هفده سال به درازا کشیده، روابط دوکشور را تحت الشعاع خود قرار داده است .
دولت یونان از قبل تهدید کرده بود که اگر این اختلاف میان دو کشور در چارچوب مذاکره و تفاهم حل وفصل نشود اجازه عضویت مقدونیه در ناتو را با استفاده از حق وتوى خود نمىدهد. یونان با نام جمهورى مقدونیه براى این کشور جدا شده از یوگسلاوى سابق مخالف است و آن را برگرفته از نام یک استان خود مىداند. یونان از آن بیم دارد که اطلاق این نام به کشور مذکور درآینده موجب تحریک جدایى طلبان از منطقه مقدونیه در خاک خود شود و به همین لحاظ خواهان تغییرى حتى جزیى در نام این کشور است . عدم موفقیت مقدونیه در کسب دریافت دعوتنامه عضویت در سازمان پیمان آتلانتیک شمالى (ناتو) موجب ناخرسندى رهبران سیاسى وحزبى و شخصیتهاى حقوقى اسکوپیه شده است .
چند تن از استادان دانشکده حقوق دانشگاه اسکوپیه در واکنش به مخالفت یونان با عضویت مقدونیه در ناتو به دولت پیشنهاد کردهاند که از دولت یونان نزد یک نهاد بینالمللى قضایى شکایت کند. این استادان حقوق مقدونیه براین عقیدهاند که مخالفت یونان باحضور کشورشان در ناتو و حتى عضویت این کشور در اتحادیه اروپا باعث عقب ماندگى کشور و کند شدن روند پیوستن به ساختارهاى اروپایى و فراآتلانتیکى و حتى جذب سرمایهگذاران خارجى شده است. تحلیلگران سیاسى مقدونیه براین عقیدهاند شکست مقدونیه در کسب عضویت ناتو به روند بىثباتى در این کشور دو میلیون نفرى که بیش از یک سوم آن را آلبانیایى تباران تشکیل مىدهند، منجر مىشود.
از سوى دیگر،یاپ دو هوپ شفر دبیرکل ناتو در کنفرانس خبرى در بخارست ضمن تایید پذیرش کرواسى وآلبانى در سازمان پیمان آتلانتیک شمالى (ناتو) گفت : موافقت کردیم که دعوتنامه عضویت را براى مقدونیه پس از یافتن راه حلى تفاهم آمیز درمورد نام این کشور ارسال نماییم . عضویت کرواسى و آلبانى در ناتو مى تواند در مناسبات آتى آنها با روسیه تاثیرگذار باشد.این در حالیست که روسیه به شدت با گسترش ناتو به شرق مخالف بوده و این مخالفت خود را به عاوین مختلف ابراز نموده است.این در حالیست که موافقت اعضاى ناتو با طرح استقرار سیستم دفاع موشکى ایالات متحده آمریکا در خاک اروپا سبب نارضایتى شدید مسکو شده است.