با پیروزی انقلاب اسلامی در 22 بهمن 57 تنها نظام سیاسی رژیم شاهنشاهی فرو ریخت و تا استقرار نظام فراگیر اسلامی در حوزه های مختلف فرهنگ، اقتصاد و ... فاصله بسیار بود. در این میان دانشگاه از وضعیت بغرنجی برخوردار بود و جریانهای اسلامی دانشگاه در تلاش بودند تا این دستگاه فرهنگ ساز کلیدی را نیز در راستای آرمانها و اهداف انقلاب اسلامی ملت ایران سامان بخشند. دانشگاهی که در فضای آشفته انقلاب به پایگاهی برای گروهکها و سازمانهای انحرافی چپ تبدیل گشته بود.
در این ایام درگیریهای متعدد و گسترده ای در دانشگاه های مختلف کشور بوقوع پیوسته بود تا اینکه حضرت امام (ره) در پیام 13 ماده ای خود بمناسبت آغاز سال 1359 به مسئله اسلامی شدن دانشگاه های کشور اشاره داشتند.
در بند 11 این پیام تاریخی که می توان آن را سرآغاز انقلاب فرهنگی در دانشگاه ها دانست، آمده است: « باید انقلابی اساسی در تمام دانشگاه های سراسر ایران بوجود آید تا اساتیدی که در ارتباط با شرق و یا غربند تصفیه گردند و دانشگاه محیط سالمی شود برای تدریس علوم عالی اسلامی. باید از بدآموزی رژیم سابق در دانشگاه های سراسر ایران شدیدا جلوگیری کرد زیرا تمام بدبختی جامعه ایران در طول سلطنت این پدر و پسر از این بدآموزی بوجود آمده است. اگر ما تربیتی اصولی در دانشگاه داشتیم، هرگز طبقه روشنفکر دانشگاهی ای نداشتیم که در بحرانی ترین اوضاع ایران در نزاع و چند دستگی با خودشان باشند و از مردم بریده باشند و از آنچه که بر مردم می گذرد چنان آسان گذرند که گویی در ایران نیستند. تمام عقب ماندگیهای ما به خاطر عدم شناخت صحیح اکثر روشنفکران دانشگاهی از جامعه اسلامی ایران بود و متاسفانه هم اکنون هم هست. »
این پیام امام دانشجویان مبارز مسلمان در دانشگاه های کشور را که آن روز در قالب انجمنهای اسلامی فعالیت می کردند بر آن داشت که برای تحقق عملی نظرات حضرت امام اقدام نمایند. بلافاصله جلساتی تشکیل شد که در آن محوریت با انجمن اسلامی دانشگاههای علم و صنعت و تربیت معلم بود و در این بین دو نظر وجود داشت.
1- برخی می گفتند اساسا باید دانشگاه ها منحل و مجدداً براساس معیارهای انقلابی تاسیس شوند.
2- برخی دیگر می گفتند باید اصلاح ساختار اداری و آموزشی صورت بگیرد و برای این منظور پیشنهاد تعطیلی موقت از سه روز و یک هفته تا بیشتر را جهت اصلاح سیستم مدیریتی و متون آموزشی می دادند و سرانجام طرحی جهت تعطیلی موقت دانشگاه ها با عنوان انقلاب فرهنگی تهیه و در دستور کار انجمنهای اسلامی دانشجویان قرار گرفت. در این فاصله رایزنی هایی نیز با برخی بزرگان سیاسی در حال انجام بود که بعضاً موافقت یا مخالفت می کردند و هنوز تصمیم قطعی بر اجرای طرح حاصل نشده بود.
در این حین در تاریخ 29/1/59 شورای انقلاب که ریاست آن را بنی صدر که تازه به عنوان رئیس جمهور انتخاب شده بود برعهده داشت، اطلاعیه ای صادر کرد و به کلیه گروه ها سه روز مهلت داد که دفاترشان را در دانشگاه ها تعطیل کنند و اعلام کرد دانشگاه ها نیز حداکثر تا 15 خرداد به کار خود ادامه دهند و امتحانات پایان ترم را برگزار کنند تا پس از تعطیلی تحولات لازم در دانشگاه ها به وجود آید.
در همین فاصله و در روز اول اردیبهشت اعضاء انجمنهای اسلامی به دیدار امام که بطور موقت در یکی از منازل دربند شمیران اقامت داشتند، رفتند و امام برای آنها سخنرانی و از حرکت دانشجویان برای ایجاد تحول در دانشگاهها حمایت کردند. دانشگاه ها تا 15 خرداد ترم را به پایان رساندند و یک هفته پس از آن حضرت امام(ره) در تاریخ 23 خرداد فرمان تشکیل ستاد انقلاب فرهنگی را صادر و با نصب یک شورای هفت نفره ماموریت آن را برای ایجاد تحولات لازم در دانشگاه ها مشخص کردند. این هفت نفر عبارت بودند از: محمدجواد باهنر، مهدی ربانی املشی، حسن حبیبی، عبدالکریم سروش، شمس آل احمد، جلال الدین فارسی و علی شریعتمداری.
دانشگاه ها تا آذر ماه سال 61 تعطیل بود و در این مدت سعی گردید تا تغییر و تحولاتی در جهت اسلامی شدن ساختار، جهت گیریها و متون آموزشی دانشگاهها صورت گیرد که هر چند بطور کامل محقق نشد ولیکن گامهای موثری در این مدت برداشته شد.
و سرانجام دانشگاه ها در تاریخ 27/9/61 مصادف با روز وحدت حوزه و دانشگاه با پیام رئیس جمهور، حضرت آیت الله خامنه ای بازگشایی گردید. در بخشی از این پیام آمده است:« ملت ایران دانشگاهی را بست که علاوه بر وابستگی عمیق به بیگانگان در زمینه تحقیق و علم و فن، در ارتباط با مردم نیز آشکارا به میدان عرضه بدخواهی ها و بددلیها بدل شده بود و علیرغم بروز و ظهور آثار انقلاب اسلامی در بسیاری از مظاهر اجتماعی، هنوز راهی جدا از خلق می پیمود. اسلام به مفهوم کامل کلمه در دانشگاه ها غریب و مهجور بود، عینیتهای اجتماع در محیط دانشگاه ها بازتاب و انعکاس چندانی نداشت، حرکت و قیام مردم، این عضو جدا مانده از پیکر اجتماع را دوباره بدان پیوند زد و فریاد پرطنین ملت، تبدیل دانشگاه استعماری و وابسته را به دانشگاه اسلامی و مستقل با قاطعیت هر چه تمام تر خواستار شد.»