روز سه‌شنبه هم محمدباقر نوبخت سخنگوی دولت در پاسخ به پرسشی در نشست هفتگی با خبرنگاران توپ را به زمین قوه قضاییه انداخت و گفت باید اجازه داد این قوه خود درباره موارد اتهامی موجود اطلاع دهد.
همین عدم شفافیت درباره علت اصلی این بازداشت سبب شده ناظران سیاسی ایران احتمالات مختلف را در نظر بگیرند و همه پرونده‌های بسته و باز اتهامی گذشته حمیدرضا بقایی را فهرست کنند. مهدی مهدوی آزاد در آلمان یکی از همین ناظران است:
«طی چهار سال اخیر پای آقای بقایی چه به عنوان رئیس سازمان گردشگری و چه به عنوان دبیر شورای عالی مناطق آزاد و چه به عنوان معاون اجرایی رئیس جمهور حداقل به هشت پرونده بزرگ و جدی اقتصادی باز شده. مهمترین این پرونده‌ها که ظاهرا‌ً بحث روز است، همان بحث اختلاس و ارتشاء در مناطق آزاد است که سال ۹۰ به اولتیماتوم تند احمدی‌نژاد رسید. دو پرونده دیگر که این روزها سروصدا کرده یکی بحث صندوق قرض‌الحسنه رجایی است که آقای بقایی این صندوق ۱۲ میلیاردی را ظاهرا‌ً به نام خودش کرده و دولت آقای روحانی یک ماه و نیم پیش از ایشان شکایت کرد. دیگری هم بحث فروش ۴۰۰ میلیارد تومان نفت با دلار سال ۹۲ توسط بنیاد تعاون ناجا است که این روزها بازداشتی هم داشته. دو پرونده دیگر هم هست. یکی افشاگری احمد توکلی در سال ۹۰ درباره یک تخلف ۴۵۰ میلیارد تومانی توسط آقای بقایی و دیگری هم شکایت سه نماینده مجلس آن هم در تیرماه ۹۰ درباره مداخلات مطلقا‌ً غیرقانونی در مناقصات دولتی. در تخلف ۱۶ میلیاردی دانشگاه ایرانیان که البته عدد کمی است برای دولت آقای احمدی‌نژاد هم که نقش آقای بقایی محرز است و در دو پرونده عظیم دیگر، یکی بابک زنجانی و دیگری اختلاس سه هزار میلیاردی، هم نام آقای بقایی به میان آمده. مجموع اینها حمید بقایی را متاسفانه تا الان رکورددار بزرگترین اتهامات (البته اثبات نشده) در دولت تندروی احمدی‌نژاد کرده.»
محمود احمدی‌نژاد در بهار سال ۱۳۹۰ هنگام گشوده شدن پرونده برای حامیان و اعضای کابینه خود گفته بود: «کابینه خط قرمزی است که اگر بخواهند به آنجا دست‌اندازی کنند دیگر من باید وظایف قانونی خودم را انجام دهم.»
اما پیش از حمیدرضا بقایی، محمدرضا رحیمی معاون اول محمود احمدی‌نژاد در دوره ریاست جمهوری او در زمستان گذشته محکوم به بیش از ۵ سال حبس، یک میلیارد تومان جزای نقدی و دو میلیارد و ۸۵۰ میلیون تومان رد مال شد.
به دنبال این رویداد محمود احمدی‌نژاد دفاعی از او نکرد و گفت تخلفات محمدرضا رحیمی مربوط به دوران قبل از معاونت رییس جمهوری بوده.
کاظم کردوانی جامعه‌شناس و تحلیل‌گر سیاسی در آلمان می‌گوید اکنون هم بعید است محمود احمدی‌نژاد در دفاع از حمیدرضا بقایی زبان بگشاید:
«اگر موضع‌گیری یکی از نزدیکان احمدی‌نژاد دیروز را که اعلام کرد بقایی چندان آمد و رفتی به دفتر بعد از ریاست جمهوری احمدی‌نژاد ندارد، اگر این برای ما یک نوع ملاک باشد، من تصورم این است که احمدی‌نژاد یک جور تبری خواهد جست از بقایی.»
اما آیا با چنین فاصله‌گرفتن‌هایی محمود احمدی‌نژاد می‌تواند خط سیاسی خود را احیاء کند؟ مهدی مهدوی آزاد در پاسخ به این پرسش می‌گوید نه:
«از شش یار غار آقای احمدی‌نژاد یکی محمدرضا رحیمی بود که بازداشت شد. یکی اسفندیار رحیم مشایی است که بازداشت او قطعی نشد، اما در کمای خبری است. یکی آقای بقایی است که بازداشت شد. یکی سعید مرتضوی است که در آستانه ورود به زندان اوین است. یکی آقای سعیدلو است که در کمای خبری است و شنیده می‌شود که بازداشت شده و یکی آقای وحیدزاده که رسما‌ً بازداشت شده. دلیل این بازداشت‌ها هرچه که باشد این یعنی تیم آقای احمدی‌نژاد و همراهانش شانس برگشت به قدرت را از دست دادند. این گروه با بی‌آبروترین وجه ممکن از حاکمیت اخراج شده‌اند. اشتهای آقای احمدی‌نژاد برای بازگشت به قدرت البته قابل درک است. طبیعتا‌ً همچنان می‌تواند هوادارانی هم در طبقه تهیدست جامعه داشته باشد. اما پیام آقای خامنه‌ای و حاکمیت به آقای احمدی‌نژاد مشخص‌تر از این حرف‌ها است که جای بحث داشته باشد.»
هنوز جوهر نوشتن خبر بازداشت حمیدرضا بقایی خشک نشده که معاون اول رئیس جمهوری کنونی ایران از نامشخص بودن سرنوشت بیش از ۱۰۰ میلیارد دلار پول حاصل از واگذاری شرکت‌ها و کارخانه‌ها در دولت گذشته خبر می‌دهد. روز سه‌شنبه اسحاق جهانگیری گفت انشا‌ء‌الله این پول در راه پیشرفت کشور خرج شده باشد