معروف‌ترین خاطره از یک جدایی
آن‌طور که برخی نوشتند در انتخابات مجلس دوم، کاندیداهای جامعه روحانیت مبارز و حزب جمهوری اسلامی اکثر آرا را از آن خود کردند. در مجلس دوم، صف‌بندی جدید نیروهای سیاسی کشور که با حذف گروه‌های مخالف شکل جدیدی پیدا کرده بود، موضوعات جدیدی را فرا روی مجلس قرار داد. در این دوره جریانی که با کنارگذاشتن یک جریان دیگر قدرت بیشتری پیدا کرد به تدریج دچار اختلافاتی درونی شد و در قالب دو جریان فکری (چپ و راست) به چالش با یکدیگر برخاست که این اختلاف فکری تأثیر خود را در بخش‌های دیگر بر جای گذاشت. اختلاف این دو جریان که ابتدا در مواجهه با سیاست‌ها و اقدامات اقتصادی دولت بروز کرد، به‌تدریج به حوزه‌های دیگر نیز سرایت کرد و دو گرایش مهم فکری را در کشور به‌وجود آورد.
این اختلاف فکری که از اواسط سال 60 آغاز شد، به‌تدریج حزب جمهوری اسلامی را دربر گرفت و درنهایت نیز جامعه روحانیت مبارز را به دو گروه تقسیم کرد. شاید یک لیست انتخاباتی بهانه‌ای بیش برای این جداشدن نبود اما برخی مانند آیت‌ا... امام جمارانی بر این موضوع تاکید دارند. این عضو جامعه روحانیون درباره آن زمان چنین گفته است: «دوستانی که اکثریت را داشتند در انتخابات‌های مختلف روی افرادی از یک حزب انگشت می‌گذاشتند و به‌راحتی حاضر به قبول دیگران نبودند. برخی از آنها افرادی را که تابع منش و رفتار آنها نبودند را از لیست کنار می‌گذاشتند اگر چه آن فرد متخصص و متعهد هم بود.
حتی سخن یکی از اعضای اکثریت این بود که خلاف می‌دانم افرادی که شما معرفی می‌کنید را بپذیرم و دیگران به‌دلیل شخصیت این فرد که قابل احترام هست از او تبعیت می‌کردند. ما هم می‌گفتیم در مجلس باید متخصصان هم وارد شوند. اگر مجلس متخصص نداشته باشد که مجلس نیست، حرف ما تخصص در عین تعهد بود.» البته یکطرفه نباید به قاضی رفت و باید دلایل این انشعاب به نقل از اعضای جامعه روحانیت را هم مدنظر داشت. مرحوم آیت‌الله مهدوی‌کنی در زمان حیات خود در باب اختلاف بر سر تعیین مصادیق کاندیداها گفته‌اند: «واقعاً بعضی مسائل را نمی‌شود گفت.
هرچه بود یکی، اختلاف‌سلیقه‌ها بود و یکی، عدم اعتماد. ما به بعضی‌ها اعتماد دینی نداشتیم. معنایش این نیست که آنها را بی دین می‌دانستیم، ولی می‌گفتیم هرکسی که آمد و شعار تندی داد، دلیل دینداری او نمی‌شود و نمی‌توانیم تأییدش کنیم؛ به‌خصوص با رفتارهایی که عده‌ای از آنها در سال‌های اولیه انقلاب داشتند. ما می‌گفتیم در جامعه روحانیت وظیفه ما این است که خطوط را حفظ کنیم و تأیید بعضی از افراد، شکستن این مرزهاست.»
دوستی در عین اختلاف
با جدی شدن این اختلافات از آنجا که اعضای جامعه روحانیت از بزرگان و افراد مورد تایید کشور بودند از روش‌های صحیح و دور از بی‌اخلاقی‌ها موضوع را پذیرفتند و چنین شد که یکی به نام اصولگرایان و دیگری در اردوگاه اصلاح‌طلبی تعریف شد. برای تایید چنین انشعابی آنها از بزرگان کمک خواستنند چنانکه سیدعلی‌اکبر محتشمی‌پور (از اعضای مجمع روحانیون) نقل کرده است: «در این زمان یکی از اعضا و موسوی خوئینی‌ها پیشنهاد انشعاب و تأسیس یک تشکیلات روحانی مستقل از جامعه روحانیت مبارز را مطرح کردند از این رو تصمیم بر این شد که آقای موسوی‌خوئینی‌ها درمورد تشکیل این تشکیلات جدید با امام صحبت کنند و نظر موافق ایشان راجلب نمایند و او در اسفندماه سال ۱۳۶۶ با امام ملاقات کرد و برخلاف آنچه برخی تصور می‌کردند امام با ایجاد انشعاب در جامعه روحانیت موافقت کردند.»
آیت‌الله امام جمارانی هم اینچنین تعریف کرده است: «ما در آن موقع خدمت امام نامه نوشتیم با این مضمون که "ما گروهی از اعضای روحانیت مبارز نظرات متفاوتی را در انتخاب اشخاص و نمایندگان مجلس و رئیس‌جمهور داریم و عده‌ای مخالفت می‌کنند و قائل به حضو افراد خاصی هستند و ما با این ترتیب می‌خواهیم نظرات خودمان را در سیاست کشور به کار بگیریم." امام جمع امضاکنندگان را می‌شناخت و وقتی خدمت امام رسیدیم ایشان گفتند هر جمعی می‌تواند افکار خود را اظهار کند. آن زمان مرحوم حاج احمدآقای خمینی گفته بودند با این انشعاب جمع منسجم روحانیون از بین می‌رود و بعدا نزاع به وجود می‌آید که امام در جواب گفته بودند "انشعاب به‌معنای اختلاف نیست. آقایانی را که من می‌شناسم، جمعی نیستند که پنجه روی هم بکشند و اختلاف ایجاد کنند. آنها دو طرز تفکر متفاوت دارند که قابل جمع نیستند و باید جدا از هم باشند."»
هاشمی پیونددهنده دو طیف
باز هم تاکید می‌شود اعضای جامعه روحانیت و مجمع روحانیون اگرچه در آن زمان از همدیگر جدا شده بودند اما از آنجا که آرامش و پیشرفت کشور برای هر دو گروه شرط اصلی بود در بسیاری از موارد دارای نظر مشترک بودند چنانکه هر دو از آیت‌الله هاشمی در انتخابات ریاست‌جمهوری حمایت کردند و آیت‌الله امام جمارانی اینچنین همگرایی دو تشکل روحانی را تعریف کرده است: «ما هیچ‌گاه ادعا نکردیم که آنها باطل هستند و ما حق. اینکه آقای‌هاشمی به عنوان عضو جامعه روحانیت کاندیدای ما شد به این دلیل بود که اور اصلح می‌دانستیم و آنها هم در اینجا اشتباه نکردند و آقای هاشمی را اصلح دانستند.
اینطور نبود هر موردی را که آنها انتخاب کنند، ما مخالفت کنیم. یقین داشتیم که نظر امام هم همین است. زمانی که آقای هاشمی تازه برای ریاست‌جمهوری مطرح شده بود آقای موسوی‌خوئینی‌ها و یکی دیگر از اعضا خدمت امام رفتند و نظر امام درباره کاندیداتوری ایشان را جویان شدند. امام در پاسخ گفته بودند از آقای هاشمی بهتر چه کسی است؟ آن‌روز این دو عضو جامعه روحانیون طوری قانع شده بودند که آمدند و گفتند رای همه ما آقای هاشمی است».