سرانجام به‌دلیل سنگ‌اندازی‌های عجیب دولت هند و فشارهای گسترده نیروهای امنیتی نیجریه شیخ زکزاکی «درمان ذلیلانه در هند» را رها و به نیجریه بازگشت.
سه‌شنبه هفته گذشته (۲۲ مرداد ۱۳۹۸) بر‌اثر فشار گسترده افکار عمومی جهانی دولت نیجریه مجبور شد به حکم دادگاه این کشور تن داده و به شیخ ابراهیم زکزاکی و همسرش اجازه خروج از این کشور را برای درمان بدهد. عصر سه شنبه هم خبر رسید که هواپیمای حامل رهبر جنبش اسلامی نیجریه و همسرش در «فرودگاه ایندیرا گاندی» دهلی‌نو بر زمین نشست. اما به دلیل فشارها و محدودیت‌های گسترده‌ای که در بیمارستان به زکزاکی و همسرش تحمیل شد، شیخ تصمیم گرفت به نیجریه بازگردد.
خود شیخ روز چهارشنبه در پیامی که برای خانواده‌اش فرستاده بود تصریح کرده بود که: «در اینجا ما در امنیت نیستیم و جانمان در خطر است و فقط از زندانی به زندان دیگر منتقل شده‌ایم. من ۱۳ سال از عمرم را در زندان سپری کرده‌ام اما هیچ‌گاه مانند بازداشتی که الان در این بیمارستان هستم ندیده‌ام. حتی از یک اتاق به اتاق دیگر اجازه نداریم که حرکت کنیم.»
وی روز پنج شنبه 24 مرداد نیز با انتشار یک پیام ویدئویی به تشریح کارشکنی‌های صورت‌گرفته توسط دولت نیجریه پرداخته و گفته ترجیح می‌دهد به کشورش خودش بازگردد و از آنجا در صورت امکان به کشور دیگری برود که شرایط درمان مهیا باشد.
رهبر شیعیان نیجریه در این پیام عنوان می‌کند که مقام‌های نیجریه‌ای بر‌خلاف برنامه از پیش تعیین‌شده ابتدا قصد داشته‌اند وی را به بیمارستان دیگری منتقل کنند. فرستادگان دولت نیجریه بعدا نیز اطلاعات غلطی در مورد پرونده سلامت وی در اختیار مقام‌های هندی قرار داده‌اند و همین امر روند درمان را مختل می‌کند. شیخ مقاومت این را هم گفته که پزشکان هندی به او گفته‌اند از بیماری او و مراحل درمانی که طی شده هیچ اطلاعاتی به آنها داده نشده لذا روند آزمایشات باید از ابتدا آغاز شود! به گفته شیخ زکزاکی، پزشکان هندی حتی از اینکه در بدن او گلوله وجود دارد نیز بی‌اطلاع بودند!
رهبر بزرگ و مظلوم مسلمانان نیجریه حتی گفته: «دولت هند تنها دو ساعت به ما وقت داد تصمیم بگیریم که آیا شرایط بیمارستان را می‌پذیریم یا می‌خواهیم به نیجریه بازگردیم. به آنها گفتیم که این شرایط را نمی‌پذیریم و ترجیح می‌دهیم که به کشور خودمان بازگردیم». پیش از این هم دختر و چند منبع نزدیک به شیخ زکزاکی گفته بودند که وی عملا در بیمارستان محبوس شده و روند درمانی او نیز آغاز نشده است.
روز پنج شنبه همچنین وزیر اقلیت‌های دینی دولت مرکزی هند با شیخ ابراهیم زکزاکی، ملاقات کرد. «سید مختار عباس نقوی که خود شیعه است به همراه یکی از معاونانش با حضور در اتاق ۴۲۶۲ بیمارستان «مدانتا» دهلی نو از نزدیک با شیخ ابراهیم زکزاکی، ملاقات و گفت‌وگو کرد. نزدیکان شیخ زکزاکی امیدوار بودند پس از این دیدار محدودیت‌ها برداشته و امکان حضور پزشکان معتمد برای درمان دبیرکل جنبش اسلامی نیجریه فراهم شود اما در عمل چنین اتفاقی نیفتاد و شیخ مجبور شد هند را ترک کند.
«ابراهیم موسی» سخنگوی جنبش اسلامی نیجریه نیز ضمن تایید خبر پایان حضور شیخ زکزاکی در هند و بازگشت او به نیجریه، از احتمال اعزام او به یک کشور جدید به منظور درمان خبرداده است. به گفته موسی، دولت نیجریه و مقام‌های بیمارستان «مدانتا» در هند علیرغم موافقت اولیه با درخواست‌های شیخ زکزاکی، اجازه ندادند که پزشکان او در روند درمان حضور داشته باشند. وی افزود: «اگر شیخ برگردد، ما جست وجو برای یک کشور جایگزین (به منظور درمان) را آغاز می‌کنیم. همانطور که شیخ گفت، ما مالزی، ترکیه یا اندونزی را انتخاب خواهیم کرد».