آنچه در ماجرای ذرت‌های آلوده دیده نشد موضوع هدر رفت منابع عمومی بود به طوری که ۱۹۵ میلیارد و ۷۵۰ میلیون تومان، ارزش این محموله است که بر اساس برآورد انجام شده مجلس، برای امحای آن باید ۲۰۰ میلیارد تومان نیز هزینه کرد.
در موضوع ورود ۱۴۵ هزار تن ذرت‌های آلوده به کشور، فارغ از بحث سلامت جامعه و اینکه این محموله در بازار توزیع شده یا نشده به موضوع مهم دیگری توجهی نشده است.
در کنار موضوع سلامت جامعه آنچه را نیز که باید توجه داشت منابع مالی است که برای واردات این محصولات هزینه شده به طوری که با در نظر گرفتن رقم ورود ۱۴۵ هزار تن ذرت آلوده به کشور سرمایه عظیمی از منابع بیت المال به هدر رفته است.
نرخ هر کیلوگرم ذرت ۱۳۵۰ تومان است (نرخ مصوب) که با یک ضرب ساده در ۱۴۵ هزار تن ذرت آلوده مشخص می‌شود معادل ۱۹۵ میلیارد و ۷۵۰ میلیون تومان از منابع مالی از دست رفته است؛ از طرفی باید توجه داشت برای امحای این محموله نیز باید هزینه کرد به طوری که بر اساس اعلام رئیس کمیسیون اصل ۹۰ مجلس شورای اسلامی ۲۰۰ میلیارد تومان هزینه امحای این محموله است تا به محیط زیست آسیبی وارد نشود.
امیر خجسته نائب رئیس کمیسیون اصل ۹۰ و رئیس فراکسیون مبارزه با مفاسد اقتصادی مجلس شورای اسلامی، اما در این ارتباط مسائل دیگری نیز بیان کرده است به طوری که او میزان ذرت آلوده وارد شده به کشور را ۵۰۰ هزار تن می‌داند.