برخی کارشناسان حوزه تاریخ انقلاب اسلامی نسبت به تعلل مراکز مسئول و مؤسسات تاریخی در پاسخگویی و ارائه مستندات به شبهات مطروحه علیه امام خمینی(ره) انتقاد کردند. آنها معتقدند، جریان ضد انقلاب سناریوی امام‌زدایی را در جامعه به ویژه میان نسل جوان عملیاتی کرده و باید به سرعت با این سناریو مقابله کرد. در ماه‌های اخیر جریان ضد انقلاب مطالب شبهه‌برانگیزی را درباره دوران پهلوی اول و دوم منتشر کرده و ادعاهایی را به امام(ره) و انقلابیون نسبت می‌دهند، اما پاسخی مستند نسبت به این ادعاها ارائه نشده است! در خاطرات منتشر شده از «ابراهیم یزدی» از فعالان نهضت آزادی آمده است، دفتر امام خمینی(ره) در واکنش به پیشنهاد یاسر عرفات‌ـ پس از اشغال لانه جاسوسی در ایران‌ـ برای میانجیگری میان ایران و آمریکا، بیانیه تندی را صادر کرد. ابراهیم یزدی همچنین در بخشی از خاطرات خود مدعی شده است، حضرت امام(ره) پس از پیروزی انقلاب طی حکمی به مهندس بازرگان گوشت‌های یخ‌زده وارداتی را حرام و توزیع و مصرف آن را خلاف شرع اعلام کرده بودند که یزدی با مراجعه به حضرت امام(ره) و ارائه استدلال‌هایی نظر امام را در این باره تغییر داده است! مسئولان دفتر حفظ و نشر آثار امام(ره) نسبت به این ادعاها هیچ واکنشی نشان ندادند و تنها «حمید انصاری» قائم مقام مؤسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی(ره) در این باره گفته است، مدارک جمع‌آوری شده از سوی این مؤسسه هنوز کامل نیست و نمی‌توانیم به این ادعا جواب دهیم!