هیئت عالی نظارت مجمع تشخیص مصلحت نظام پس از بررسی مجدد مصوبه مجلس درباره مناطق آزاد و ویژه، از پابرجا بودن ایرادات سابق و عدم تغییر مصوبات در راستای رفع مغایرت‌ها خبر داد.
مجمع تشخیص مصلحت نظام پس از بررسی مجدد مصوبات مرتبط با گسترش مناطق آزاد و ویژه در نامه‌ای به شورای نگهبان از پابرجابودن ایرادات سابق هیئت عالی نظارت مجمع خبر داد. بررسی‌ها نشان می‌دهد، در متن نامه هیئت عالی نظارت مجمع تشخیص مصلحت نظام به شورای نگهبان با اشاره به پابرجا بودن مغایرت طرح ایجاد ۸ منطقه آزاد تجاری- صنعتی با بند ۱۷ سیاست‌های کلی اقتصاد مقاومتی (مبنی‌بر اصلاح نظام درآمدی دولت با افزایش سهم درآمد‌های مالیاتی) و بند ۱۱ سیاست‌های کلی اقتصاد مقاومتی، بر توسعه حوزه عمل به جای توسعه جغرافیایی مناطق آزاد تأکید شده است.
در ادامه ایجاد ۱۳ منطقه ویژه اقتصادی ذیل لایحه پیشنهادی دولت از سوی مجمع تشخیص مصلحت نظام با بند ۱ جزء «د» سیاست‌های کلی آمایش سرزمینی مغایر عنوان و به عنوان بستر بروز فرصت نابرابر و تبعیض شناخته شده است.
در بخش دیگری از این نامه آمده است: با توجه به اینکه مصوبه اخیر مجلس شورای اسلامی، متضمن تغییری در راستای رفع مغایرت‌ها و عدم انطباق فوق‌الذکر نیست، هیئت عالی نظارت بر نظر سابق خود تأکید مجدد دارد.
از طرفی مصوبه ناظر بر طرح ایجاد ۹۰ منطقه ویژه اقتصادی نیز که پیش‌تر به دلیل حجم گسترده تغییرات در لایحه دولت، تفکیک شده و به شکل طرح درآمده بود، با تابلوی مغایرت با بند ۱ جزء «د» سیاست‌های کلی آمایش سرزمینی از سوی مجمع تشخیص مصلحت نظام مواجه شده است.
اول مهر سال ۱۳۹۷، هیئت عالی نظارت مجمع تشخیص مصلحت نظام مطابق بند دوم اصل ۱۱۰ قانون اساسی (نظارت بر حُسن اجرای سیاست‌های کلی نظام) با ارسال نامه‌ای به شورای نگهبان مصوبه مجلس مبنی‌بر ایجاد هشت منطقه آزاد تجاری- صنعتی و ۱۰۳ منطقه ویژه اقتصادی را با بند ۱۱ و ۱۷ سیاست‌های کلی اقتصادی مقاومتی و بند یک جزء «د» سیاست‌های کلی آمایش سرزمینی مغایر دانست.