نماز عید فطر دو رکعت است. اقامه آن همانند نماز صبح است با این تفاوت که به جای سوره توحید در رکعت اول سوره اعلاء و در رکعت دوم سوره الشمس خوانده شود، رکعت اول ۵ و رکعت دوم ۴ قنوت دارد. در قنوت نماز عید فطر هر دعا و ذکری گفته شود قبول است، اما بهتر است این دعا خوانده شود:
اللّهُمَّ اَهْلَ الْکِبْرِیاَّءِ وَالْعَظَمَهِ وَاَهْلَ الْجُودِ وَالْجَبَرُوتِ وَاَهْلَ الْعَفْوِ وَالرَّحْمَهِ
خدایا‌ای اهل بزرگی و عظمت و‌ای شایسته بخشش و قدرت و سلطنت و‌ای شایسته عفو و رحمت
وَاَهْلَ التَّقْوی وَالْمَغْفِرَهِ اَسْئَلُکَ بِحَقِّ هذَا الْیَومِ الَّذی
و‌ای شایسته تقوی و آمرزش از تو خواهم به حق این روزی که
جَعَلْتَهُ لِلْمُسْلِمینَ عیداً وَلِمُحَمَّدٍ صَلَّی اللّهُ عَلَیْهِ وَ الِهِ ذُخْراً وَشَرَفاً وَمَزِیْداً
قرارش دادی برای مسلمانان عید و برای محمد صلی الله علیه و آله ذخیره و شرف و فزونی مقام
اَنْ تُصَلِّیَ عَلی مُحَمَّدٍ وَ الِ مُحَمَّدٍ وَاَنْ تُدْخِلَنی فی کُلِّ خَیْرٍ
که درود فرستی بر محمد و آل محمد و درآوری مرا در هر خیری که
اَدْخَلْتَ فیهِ مُحَمَّداً وَ الَ مُحَمَّدٍ وَاَنْ تُخْرِجَنی مِنْ کُلِّ سُوَّءٍ اَخْرَجْتَ
درآوردی در آن خیر محمد و آل محمد را و برونم آری از هر بدی و شری که برون آوردی
مِنْهُ مُحَمَّداً وَ الَ مُحَمَّدٍ صَلَواتُکَ عَلَیْهِ وَعَلَیْهِمْ اَللّهُمَّ اِنّی اَسْئَلُکَ
از آن محمد و آل محمد را - که درود‌های تو بر او و بر ایشان باد - خدایا از تو خواهم
خَیْرَ ما سَئَلَکَ مِنْهُ عِبادُکَ الصّالِحُونَ وَاَعُوذُ بِکَ مِمَّا اسْتَعاذَ مِنْهُ
بهترین چیزی را که درخواست کردند از تو بندگان شایسته ات و پناه برم به تو از آنچه پناه بردند از آن
عِبادُکَ الْمُخلَصونَ
بندگان شایسته‌ات