طالبان به شدت مخالف حضور و فعالیت داعش در افغانستان است و اتفاقاً در سال‌های اخیر، نیروی اصلی کنترل‌کننده و مقابله‌کننده با داعش در افغانستان، طالبان بوده است. تفاوت‌های این دو در چند محور است:
1. فکری: داعش وهابی است و رویکرد تکفیری – تروریستی دارد، اما طالبان حنفی مذهب است و رویکرد تکفیری ندارد.
2. رویکرد مبارزاتی: داعش در مبارزه خود، اولویت را به دشمن قریب؛ یعنی مسلمانان غیرهمراه با خود می‌دهد، اما طالبان اولویت مبارزه خود را دشمنان بعید(دشمنان خارجی) می‌داند.
3. نگرش نسبت به خلافت: با وجود تأکید هر دو به احیای خلافت، داعش رویکرد فراملی و جهانشمول به خلافت دارد، اما طالبان رویکرد ملی دارد و صرفاً درصدد ایجاد خلافت اسلامی(امارت اسلامی) در افغانستان است.
4. رویکرد سیاسی: در حالی که داعش هیچ اعتقادی به دیپلماسی و مذاکره ندارد، اما طالبان اخیراً با تشکیل هیئت سیاسی، به مذاکره و دیپلماسی هم روی آورده است.
5. عناصر تشکیل دهنده: اکثریت گروه طالبان پشتون‌های افغانستانی هستند، اما داعش متشکل از افرادی با ملیت‌های مختلف بود.