طالبان اگرچه ابتدا در پاکستان شکل گرفت، اما طالبان پاکستان با طالبان افغانستان فرق دارد؛ طالبان پاکستان گرایش‌های وهابی دارد و به القاعده نزدیک است. همچنین، طالبان پاکستان یک گروه کاملاً محلی است که توسط دولت پاکستان محدود شده است و درصدد تشکیل دولت هم نیست. با این حال، با وجود ریشه‌ی مشترک طالبان پاکستان و افغانستان و اشتراکات متعدد ایدئولوژیک میان این دو، اما طالبان در افغانستان نه تنها گرایش وهابی ندارد، بلکه درصدد تشکیل دولت است و بنابراین، هیچ‌گاه دامنه‌ی فعالیت‌های آن محدود به منطقه‌ی خاصی از افغانستان نبوده است.