مهم‌ترین دلایل این امر عبارتند از:
1. مقاومت نکردن دولت و ارتش در برابر طالبان. دلیل مقاومت نکردن ارتش در برابر طالبان به این امر برمی‌گردد که عمده اعضای ارتش طالبان، از قوم پشتون هستند و از این نظر، با طالبان اشتراک قومی دارند و بنابراین، تعارض منافعی با طالبان احساس نمی‌کردند.
2. پیشروی‌های خیره‌کننده طالبان، به گونه‌ای که کمتر کسی تصور می‌کرد طالبان با این سرعت افغانستان را تصرف کند.
3. فقدان انسجام سازمانی و تشکیلاتی؛ رهبران جهادی که هر کدام رهبری احزاب و گروه‌های مختلف در سال‌های بعد از پایان اشغال شوروی را در دست داشتند، در سال‌های اخیر به شدت دچار تشتت، ضعف، پراکندگی و عدم‌انسجام شدند.
4. مفاسد و تغییر سبک زندگی رهبران جهادی (عافیت طلبی، دنیاگرایی و زندگی اشرافی) که باعث شد مردم شهرهای مختلف انگیزه‌ای برای جمع شدن دور آنها علیه طالبان نداشته باشند.