فتنه 88 باعث تحميل خسارات زيادي اعم از سياسي، اقتصادي، مادي و معنوي براي كشورمان در داخل و خارج شد. مهمترین این خسارت‌ها عبارت‌اند از:
الف. تشويش اذهان عمومي و ايجاد شكاف در بين مردم؛ زیرا در ابتدا، بسياري از كساني كه به موسوي رأي داده بودند، با واقعي دانستن ادعاي تقلب، به گمان خود براي گرفتن حق رأي خود به خيابان‌ها ريختند!
ب. اميدواري دشمنان نظام به برخی جریانات داخلی؛ شايد مهم‌ترين كاركرد فتنه براي دشمنان جمهوری اسلامی، سوءاستفاده و اميدواري آنان برای ضربه‌زدن به نظام از داخل بود. فتنه‌گري‌هاي سران فتنه و فتنه‌گران از يك جهت ديگر نيز حائز اهميت است و آن اينكه براي اولين بار در طول بيش از 32 سال كه از پيروزي انقلاب مي‌گذشت، تمامي دشمنان زخم‌خورده نظام اعم از داخلي و خارجي و حتي برخي كشورها، علناً وارد اين فتنه شدند، تا به اين بهانه نظام اسلامي را به زير كشند. اتحاد و انسجامي كه تاكنون عليه هيچ حكومتي نه در ايران كه در هيچ جاي دنيا نيز شاهد نبوديم.
ج. خسارات مالي و مادي فتنه؛ بنا بر اسنادي كه در اعترافات فتنه‌گران دستگير شده اعلام شد، گروه زيادي از اراذل اجاره‌اي، منافقان، كمونيست‌ها و بهايي‌ها برابر يك برنامه از قبل تعيين شده و در قبال دريافت وجوهي طي هشت ماه آشوب و اغتشاش، خسارات بسياري به كشور وارد كردند كه آتش زدن اتوبوس‌هاي شهري، بانك‌ها، مساجد، سطل‌هاي زباله، اماكن دولتي و عمومي و... بخشي از خسارات ميداني فتنه‌گران بود كه اگر خساراتي چون؛ تعطيلي مراكز دولتي در مركز شهر اعم از بانك‌ها، ادارات و حتي مراكز خريد و... را به آن اضافه كنيم، قطعاً رقم بسيار زيادي خواهد شد. البته همه اينها تنها بخشي از خسارات ظاهري وارد شده به كشور مي‌باشد، حال اگر خساراتي را كه اين آشوب‌ها براي كشور در عدم عقد قراردادهاي سرمايه‌گذاري خارجي به بار آورد، اضافه كنيم ارقام بالاتري را در بر خواهد گرفت. از زاويه‌اي ديگر، غرب و آمريكا به اين بهانه و جهت حمايت از فتنه‌گران حتي تا امروز، تحريم‌هاي گسترده‌اي در داخل و يا خارج عليه كشورمان اعمال كرده و مي‌كنند که از این راه نیز خسارات مادی زیادی به کشور وارد آمده است.
د. تخريب چهره نهادها، شخصيت‌ها و مراكز قانوني نظام؛ ازجمله خسارت‌های مهم فتنه 88، تخريب چهره نهادها و مراكز قانوني‌اي چون سپاه، بسيج، شوراي نگهبان، ولايت‌فقيه، صدا و سيما و... بود. سران فتنه و فتنه‌گران، بيشترين حجم تخريب و ترور شخصيتي خود را بر روي اين نهادها به‌ويژه سپاه و بسيج مصروف داشتند. در پس پرده تخريب چهره اين نهادهاي انقلابي، اهدافی نظیر؛ بي‌اعتماد كردن مردم به نهادهاي انقلابي و قانوني، به انفعال كشاندن نهادهاي انقلابي، سرنگوني نظام یا حداقل روی کار آوردن جریانی وابسته به غرب در کشور و... مدنظر فتنه‌گران و حاميان خارجي آنان بود.
ن. بازی با حيثيت نظام در خارج از کشور؛ فتنه‌گران با ادعاهاي بدون سندي چون؛ تقلب در انتخابات، دستگيري گسترده مخالفان نظام، كشتار مخالفان، عدم آزادي سياسي، تجاوز و شكنجه و... با حيثيت نظام بازي كردند و از اين راه فشار زيادي بر نظام اسلامي در سطح جهانی وارد كردند.
و. افزایش امید دشمن به بی‌ثبات‌سازی سیاسی و براندازی در ایران؛ یکی از پیامدهای فتنه این بود که آمریکا و غرب را به این باور رساند که اگر راهکار ایجاد و تقویت گروهک‌های تروریستی نتوانست راهبرد بی ثبات‌سازی را در ایران عملیاتی کند، جریان فتنه ارزش سرمایه‌گذاری دارد و این ظرفیت را خواهد داشت که بی‌ثبات‌سازی را فراتر از راهبرد تغییر رفتار و درواقع، تغییر نظام دنبال کند.
ه. افزایش فشارها و تشدید تحریم‌ها؛ به این موضوع در ادامه اشاره می‌کنیم.
ی. باج‌خواهی در پرونده هسته‌ای ایران؛ تا قبل از فتنه شاهد روند عقب‌نشینی‌های آمریکا در آستانه انتخابات با سرعت بیشتری بودیم، به گونه‌ای که 20 خرداد 88 در حالی که تنها دو روز به برگزاری انتخابات ریاست جمهوری در ایران مانده بود، باراک اوباما به رهبر معظم انقلاب نامه نوشت و به صراحت اعتراف می‌کند که بدون جمهوری اسلامی مسائل منطقه و بین‌الملل حل نخواهد شد. اتفاقات پس از انتخابات سال 1388 گرچه ارتباطی به فعالیت‌های هسته‌ای نداشت ولیکن کشورهای غربی، آشوب‌های داخلی را بهانه افزایش فشار در برنامه هسته‌ای کشورمان کردند و حمایت ایالات متحده و تروئیکای اروپایی از عوامل فتنه که اوج آن با «الهام‌بخش دانستن موسوی» توسط اوباما علنی شد، نشان داد آمریکا و متحدانش در 1+5 فتنه را رهیافتی برای بازگشت به شرایط گذشته یافته‌اند.
سعید جلیلی، دبیر شورایعالی امنیت ملی ایران سه ماه پس از وقوع فتنه؛ یعنی در 18 شهریور 88 بسته پیشنهادی دوم ایران را به نمایندگان 1+5 در تهران تحویل داد و سرانجام پس از 17 ماه تعلیق مذاکرات، در مهرماه 88، مذاکرات در ژنو برگزار شد که در این نشست قرار بر مذاکره پیرامون بسته پیشنهادی بود، اما طرف غربی بجای بسته پیشنهادی، از ایران خواست تا موضوع مبادله سوخت 5/3 درصد-یعنی 1200 کیلوگرم اورانیوم 5/3 درصد را در مقابل 120 کیلوگرم صفحات سوخت 20 درصد برای مصارف رآکتور تهران را مورد بررسی قرار دهد.
18 روز بعد در نشست وین یک پیش‌نویس تهیه و تحویل ایران شد و ایران در پاسخ پیش نویس، طی نامه‌ای اعلام کرد درباره مبادله شرایطی باید لحاظ شود: «اولا هرگونه مبادله باید همزمان انجام شود، ثانیا باید این مبادلات در خاک ایران انجام شده و ثالثا هرگونه مبادله باید تدریجی انجام شود یعنی مبادلات در طول یک محدوده زمانی 15 ماهه انجام پذیرد.» پس از این نامه ناگهان موضع طرف مقابل تغییر کرد! و آنان با هرگونه تبادل همزمان مخالفت کردند. بسیاری از تحلیلگران دلیل این رفتار را اینگونه دانستند که آمریکا با سوءاستفاده از فتنه داخلی، ایران را یک کشور ضعیف می‌پندارد و به دنبال ایجاد فضاهایی است که ایران را محترمانه مجبور به «باج‌دهی» کند.