آخرین زندان سخت‌تر از قبلی‌ها بود، روزه‌داری ماه رمضان در زندان جسمش را فرسوده و معده رنجورش را رنجورتر کرده بود. ضعف چشمش به سبب شکنجه‌های زندان بیشتر شده بود. محرم 1350 به سفر تبلیغی نرفت؛ اما جلسات تفسیرش به پا بود. برادرش سیدهادی هنوز آزاد نشده بود و ممنوع‌الملاقات بود و او همراه خانواده پیگیر سرنوشت برادرش هم بود و هم در تلاش برای آشتی دادن دکتر شریعتی و استاد مطهری. سال سخت 1350 به روزهای پایانی نزدیک می‌شد. دکتر شریعتی از او خواست زمینه بازگشت آقای مطهری به حسینیه ارشاد را فراهم کند. از او خواسته بود خود او پیش‌قدم شود و در حسینیه سخنرانی کند تا اعتصاب روحانیون برای سخنرانی در حسینیه شکسته شود و بعد زمینه حضور استاد مطهری و دیگران را فراهم کند. آقای خامنه‌ای و دکتر شریعتی رابطه نزدیکی داشتند؛ رابطه‌ای که صمیمیتش مانع انتقاد کردن از برخی اندیشه‌های دکتر نبود. بسیاری از روحانیون از ستایش دکتر آغاز کردند و بعدها به تخطئه شدید دکتر رسیدند؛ اما آقای خامنه‌ای از ابتدا معتدل بود. جواد منصوری می‌گوید سال 1350 که به منزل آقای خامنه‌ای در مشهد رفتم، ایشان گفتند پیش از شما دکتر شریعتی اینجا بوده است. به او تذاکراتی در مورد مسئله ولایت فقیه داده و منابعی را برای مطالعه معرفی کردم. دکتر هم پذیرفته و گفته اگر این مطالبی را که شما به من گفتید می‌دانستم، حرف‌هایی را که قبلا زدم، آنطور بیان نمی‌کردم و جور دیگری می‌گفتم.
موسوی‌تبریزی می‌گوید: «یکی از کسانی که دکتر و تفکراتش را خوب می‌شناخت و اشکالات را خصوصی و منطقی به او می‌گفت آقای خامنه‌ای بود.» او شنیده است گاه دکتر و آقای خامنه‌ای از سر شب تا ساعت‌ها باهم بحث داشته‌اند.
سیدحسین موسوی‌تبریزی، عروج، ص 342