در آخرین نماز جمعه سال ۱۳۶۳بنا بود رئیس‌جمهور، یعنی سیدعلی خامنه‌ای خطبه‌های نماز جمعه را بخواند، دشمنان تهدید کردند که نماز جمعه را می‌زنند. مرتضایی‌فر، مسئول صوت و شعار در نماز جمعه می‌گوید: «در حال ایراد خطبه‌ها بودند که انفجار صورت گرفت. من یک لحظه به اشتباه فکر کردم که منافقان ایشان را هدف قرار داده‌اند که خوشبختانه اینطور نبود. موج و حرارت انفجار به جایگاه هم رسید؛ ولی به ایشان آسیبی نرسید. با اینکه صدای انفجار بلند بود و بر تمام فضای دانشگاه اثر گذاشته بود؛ اما ایشان مکان سخنرانی را ترک نکردند.»
آقای خامنه‌ای: «اول خیال کردیم موشک یا بمباران هوایی است. نگران شدم که نماز جمعه به هم خواهد خورد. معلوم می‌شود ما هم مردم‌مان را درست نشناخته بودیم. خدا می‌داند که این صف‌ها تکان نخورد. یک تکه جا این انفجار واقع شد و چند لحظه همان جا یک هیاهویی شد. بعد شهدا و مجروحان را بردند؛ اما مردم همانجا نشستند و نماز جمعه و خطبه‌ها ادامه پیدا کرد.»
مرتضایی‌فر: «ایشان در عین حال اصرار داشتند که به صحبت خود ادامه دهند... از قبل می‌دانستم که امام خمینی تمامی نماز جمعه‌های تهران را به طور مستقیم از طریق رادیو گوش می‌کردند و اگر مشکلی هم بود، آن را تذکر می‌دادند. آن روزهم که این اتفاق افتاد احساس کردم الان امام(ره) گمان می‌کنند که حتما اتفاقی برای حضرت آیت‌الله خامنه‌ای افتاده است. بنابراین سریع در جایگاه قرار گرفتم و سه بار این جمله را بیان کردم: «لطفا توجه کنید! رئیس محترم جمهوری اسلامی ایران، هم‌اکنون به خطبه‌های عالمانه خود ادامه می‌دهد.»
ناگفته‌هایی از انفجار سال 1363 در نماز جمعه تهران