موج سوم نفوذ آموزشی برای امام خمینی(ره) آنچنان حائز اهمیت بود که از سال 1357 تا 1367 بارها ارزش آزادسازی مراکز علمی از نفوذ غرب‌زدگان و تفکرات انحرافی را مطرح می‌کردند و در وصیت‌نامه سیاسی الهی خویش نیز همه را از بازگشت نفوذ بر حذر داشته بودند: «بر ملت و دولت جمهوری اسلامی است در همه اعصار، که نگذارند عناصر فاسد دارای مکتب‌های انحرافی یا گرایش به غرب و شرق در دانشسراها و دانشگاه‌ها و سایر مراکز تعلیم و تربیت نفوذ کنند... .»(موسوی‌خمینی، 1380: 60ـ61)
نگرانی آینده‌نگرانه امام خمینی(ره) متأسفانه خیلی زود نشانه‌هایش از سال‌های 1369 به بعد بروز کرد. مقام معظم رهبری این نشانه‌ها را ارتجاع روشنفکری نامید. بازگشت بخشی از روشنفکری به دشمنی با دین و اعتقادات مذهبی، شیفتگی و خودباختگی در برابر غرب، اعتقاد به جهان‌بینی سکولار و برگشتن به دوران بیاعتنایی به همه سنت‌های اصیل و بومی و تاریخ و فرهنگ جامعه از جمله این نشانه‌ها است.(1377/2/22)
بر این اساس، حساسیت امام خمینی(ره) بی‌دلیل نبود؛ بلکه حکایت از واقعیتی داشت که قدرت‌های غربی بر آن امید بسته‌اند و همچنان آن را حفظ و بازتولید می‌کنند.
نظریه «نای» در کتاب «قدرت نرم» به این واقعیت اشاره دارد که تحصیل در دانشگاه‌های آمریکایی شیوه تفکر و زوایه دید دانشجویان خارجی را تحت تأثیر قرار می‌دهد و آنها هنگام بازگشت علاقه‌مندند که نهادها و سازمان‌های شبیه آنچه را که در آمریکا مشاهده کرده‌اند، در کشور خود ایجاد کنند. ارتباط این افراد با طرز تفکر آمریکایی از طریق انجمن‌های فارغ‌التحصیلی، کنفرانس‌های علمی رسمی و غیررسمی حفظ می‌شود.
در همین راستا، مؤسسه «بروکینگز» اذعان می‌کند که تعاملات شخصی و آموزشی از مؤثرترین شیوه‌هایی است که آمریکا برای برقراری ارتباط با جوامع خارجی در اختیار دارد. «دولت ما باید در سطح جهان اعلام کند که آمریکا پذیرای دانشجویان، گردشگران، تاجران، محققان و سایر مهمان‌های خیرخواه آمریکا است و این تعهد را باید به طور آشکار با انواع ویزای کاری دایم و موقت با درآمد بالا نشان دهد.»(مرسلی،۱۳۹۴: 166ـ165)
البته لازم به یادآوری است که نفوذ آموزشی به معنای این نیست که همه فارغ‌التحصیلان این برنامه‌ها تماماً و صددرصد هویت آمریکایی یا لیبرال دموکراسی را جایگزین هویت و شخصیت ملی خود خواهند کرد؛ اما اگر افراد محدودی هم این ارزش‌ها را در خود درونی کنند، موفقیت بزرگی به شمار می‌آید.