زمان برگزاری دومین دوره انتخابات مجلس شورای اسلامی در حالی در فروردین ماه سال 1363 فرا می‌رسید که جنگ به روزهای سخت خود نزدیک شده بود. جنگ و درگیری بخشی از شهرهای مرزی عملاً برگزاری انتخابات در این مناطق را غیرممکن کرده بود. بنابراین، انتخابات حوزه‌های جنگ‌زده برای مهاجران آن شهرها در حوزه‌های مجاور برگزار شد.
در بعد سیاسی نیز گروهک‌ها و جریان‌های ضدانقلاب نفوذی نیز پس از حوادث خونین سال 1360 و آشکار شدن ماهیت انحرافی آنها برای ملت، از صحنه سیاسی کشور حذف شده بودند. در این دوره از انتخابات اعضای اصلی و وابسته به نهضت آزادی ایران نیز که پیش از این در مجلس اول نماینده بودند، به دلیل عملکرد ناصواب و همسویی با ضدانقلاب و بیگانگان جایی در میدان انتخابات نداشتند و خط تحریم را در پیش گرفتند. بنابراین، جامعه روحانیت مبارز و حزب جمهوری اسلامی به منزله گروه‌های فعال و تأثیرگذار صحنه سیاسی، بازیگر میدان انتخابات دور دوم مجلس بودند.
با حذف جریان اپوزیسیون، به تدریج از ابتدای دهه 60 اختلافات بین نیروهای خط امام(ره) شکل گرفت و تقریباً تمامی تشکل‌های سیاسی در این دوره را با انشقاق مواجه کرد. یک جریان با محوریت اکثریت جامعه روحانیت، اکثریت اعضای جامعه مدرسین حوزه علمیه قم، طیف راست حزب جمهوری، طیف راست سازمان مجاهدین انقلاب، حزب مؤتلفه و برخی تشکل‌های وابسته به بازار در یک گروه قرار می‌گرفتند. در مقابل جریان‌های حامیان دولت موسوی، طیف چپ جامعه روحانیت، اعضای چپ سازمان مجاهدین انقلاب، دفتر تحکیم وحدت و انجمن‌های اسلامی معلمان و مدرسین دانشگاه‌ها قرار داشتند. این اختلافات در نهایت به ارائه دو فهرست در تهران منجر شد و دفتر تحکیم وحدت در برابر جامعه روحانیت تهران فهرستی مستقل ارائه کرد که البته از مشترکات فراوانی نیز برخوردار بود.
سرانجام مرحله اول انتخابات با میزان مشارکت حدود 65 درصد برگزار شد که در مقایسه با دور گذشته 13 درصد افزایش داشت و این نشان می‌داد، تحریم انتخابات از سوی اپوزیسیون و ضدانقلاب نه تنها تأثیری بر حضور ملت نداشته، بلکه موجب افزایش حضور نیز شده بود.
نتایج نیز از توفیق نسبی هر دو جناح به یک اندازه در این انتخابات حکایت داشت، به گونه‌ای که جناح چپ 12 کرسی و جناح راست 18 کرسی را در تهران به دست آورد. در سراسر کشور نیز توزیع آرا به همین گونه بود، به نحوی که در مجموع مجلسی متوازن با حضور دو طیف اصلی در جریان خط امام(ره) شکل گرفت.